Υπάρχουν δύο κύριες ομάδες αμφίπλευρων (αμφίπλευρα συμμετρικών) ζώων: πρωτοστόμοι και δευτεροστόμοι. Ονομάζονται επίσης superphyla, επειδή το καθένα περιέχει πολλαπλές φυλές ζώων. Τα δευτεροστόμια τείνουν να είναι πιο περίπλοκα και περιλαμβάνουν εχινόδερμα, ημιχορδοειδή, χορδοειδή (όλα τα σπονδυλωτά) και μερικά μικρότερα φυτά. Τα πρωτόστομα περιέχουν σχεδόν οτιδήποτε άλλο, συμπεριλαμβανομένων των αρθρόποδων, των ανελιδών, των επίπεδων σκουληκιών, των μαλακίων κ.λπ. Μερικές μικρές φυλές δεν ταξινομούνται ούτε ως αυτές. Η κύρια διαφορά μεταξύ των δύο ομάδων είναι ο τρόπος με τον οποίο αναπτύσσονται ως έμβρυα: στα πρωτοστόμια, το πρώτο άνοιγμα στο έμβρυο γίνεται το στόμα και στα δευτεροστόμια γίνεται ο πρωκτός.
Οι περισσότεροι επιστήμονες αναγνωρίζουν τουλάχιστον τρεις υπερφυλές εντός των πρωτοστόμων – Lophotrochozoa, Edcysozoa και Platyzoa. Αυτά τα superphyla προτάθηκαν το 1995, το 1997 και το 1998 αντίστοιχα, με βάση μοριακά και μορφολογικά στοιχεία. Τα λοφοτροχόζωα («ζώα που φέρουν λοφίο») ενώνονται με την παρουσία ενός λοφοφόρου, ενός δακτυλίου από πλοκάμια με βλεφαρίδες γύρω από το στόμα τους, που χρησιμοποιείται για να πιάσει τα σωματίδια της τροφής. Τα λοφωτροχόζωα, που μερικές φορές ονομάζονται και τροχόζωα, περιλαμβάνουν περίπου δώδεκα φυλές: Entoprocta, Mollusca, Annelida, Phoronida, Brachiopoda, Nemertea, Chaetognatha, Bryozoa, Myzostomida, Acoela και Gnathostomulida. Η πλειονότητα των λοφωτροχόζωων είναι θαλάσσια, κάτι που είναι λογικό επειδή τα βλεφαροειδή στομα-πλοκάμια για την αρπαγή τροφής είναι πιο χρήσιμα υποβρύχια.
Εκτός από τα λοφωτροχόζωα, μια άλλη κατά κύριο λόγο θαλάσσια υπερφυλή πρωτοστόμων είναι τα πλατυζώα («επίπεδα ζώα»), τα οποία περιλαμβάνουν επίπεδα σκουλήκια και μια σειρά από σημαντικά μικροσκοπικά, πλαγκτονικά ζώα, όπως τα rotifers και τα gastrotrichs. Τα πλατύζωα διακρίνονται είτε από την απουσία coelom (σωματική κοιλότητα) είτε από μειωμένο coelom που ονομάζεται pseudocoel. Κατά μέσο όρο, τα πλατύζωα είναι τα απλούστερα από τα υπερφυτικά πρωτόστομα, αν και απλοί οργανισμοί βρίσκονται επίσης μεταξύ των λοφωτροχόζωων. Παλαιότερα οι Πλατυζώοι θεωρούνταν μέλη των Lophotrochozoa, αλλά οι περισσότεροι επιστήμονες τώρα τους δίνουν τη δική τους ομάδα.
Τα τελευταία πρωτόστομα υπερφυλά είναι τα Ecdysozoa, τα οποία διακρίνονται από την τήξη των εξωσκελετών τους (έκδυση). Το Ecdysozoa είναι το πιο επιτυχημένο και διαδεδομένο από τα πρωτόστομα υπερφυλά, και περιλαμβάνει αρθρόποδα (οστρακόδερμα, έντομα, χηλικά και μυριάποδα), νηματώδεις (στρογγυλούς σκώληκες), αργόσχολους, σκουλήκια βελούδου και αρκετά μικρότερα φυτά. Τα νηματώδη είναι ένα από τα πολυάριθμα ζώα στη Γη, που βρίσκονται σε κάθε δυνατό περιβάλλον, συμπεριλαμβανομένης της Ανταρκτικής, ενώ τα αρθρόποδα περιέχουν τα περισσότερα είδη, πιθανώς πάνω από 7 εκατομμύρια, που αντιπροσωπεύουν περισσότερο από το 90% της ζωικής βιοποικιλότητας στη Γη. Αν και υπάρχουν πολλοί άλλοι οργανισμοί που χρησιμοποιούν κάποια μορφή κελύφους ή εξωτερικής επιδερμίδας, τα Ecdysozoa είναι προφανώς τα πιο αποτελεσματικά εξελικτικά.