Το σκελετικό σύστημα είναι το στήριγμα για το σώμα. Προστατεύει τα όργανα και παρέχει αγκύρωση στους συνδέσμους, τους τένοντες και τους μυς που επιτρέπουν την κίνηση. Παρόλο που και τα δύο αρσενικά και θηλυκά σκελετικά συστήματα περιέχουν τον ίδιο αριθμό οστών, υπάρχουν διαφορές μεταξύ τους. Οι διαφορές μεταξύ των σκελετικών συστημάτων ανδρών και γυναικών είναι δομικές και περιλαμβάνουν περιοχές όπως η λεκάνη, το κρανίο και τα άκρα. Η μάζα και η ανάπτυξη των οστών είναι δύο επιπλέον περιοχές διαφορών στα σκελετικά συστήματα.
Ένας από τους τομείς διαφοράς μεταξύ του σκελετικού συστήματος των ανδρών και των γυναικών είναι η λεκάνη. Το πυελικό οστό και η πυελική περιοχή μιας γυναίκας διαμορφώνονται διαφορετικά από τα αρσενικά, καθώς η πυελική περιοχή ενός θηλυκού είναι κατασκευασμένη έτσι ώστε να επιτρέπει τη διαδικασία τοκετού. Οι γυναικείες πυελικές περιοχές είναι πιο κυκλικές και το πυελικό οστό είναι μικρότερο και ευρύτερο. Οι ανδρικές πυελικές κοιλότητες, αντίθετα, δεν είναι τόσο ρηχές.
Οι δομικές διαφορές μεταξύ του αρσενικού και του θηλυκού σκελετικού συστήματος είναι επίσης εμφανείς στο κρανίο. Ένα μικρό προεξέχον τμήμα που βρέθηκε στο πίσω μέρος του κρανίου, που ονομάζεται εξωτερική ινιακή προεξοχή, είναι πιο εμφανές στο ανδρικό κρανίο από το γυναικείο κρανίο. Τα γνάθια του γυναικείου κρανίου είναι επίσης πιο στρογγυλεμένα, ενώ το αρσενικό γνάθο είναι τετράγωνο. Τα οστά των φρυδιών ενός γυναικείου κρανίου δεν είναι τόσο έντονα όσο αυτά του ανδρικού κρανίου. Αυτές οι όψεις δημιουργούν διακριτικά χαρακτηριστικά που δημιουργούν οπτικές διαφορές στις ανδρικές και γυναικείες δομές του προσώπου.
Τα οστά που κάνουν τα σκέλη των σκελετών δείχνουν επίσης διαφορές μεταξύ των σκελετικών συστημάτων ανδρών και γυναικών. Η ωλένη, η ακτίνα και το βραχιόνιο είναι τα τρία οστά που κάνουν τα χέρια, ενώ η περόνη, η κνήμη και το μηριαίο οστό είναι τα οστά των ποδιών. Στα αρσενικά, αυτά τα οστά είναι γενικά μακρύτερα και παχύτερα από ό, τι στα θηλυκά. Τα οστά των δακτύλων, που ονομάζονται φάλαγγες, είναι επίσης συνήθως μεγαλύτερα στα αρσενικά παρά στα θηλυκά. Ωστόσο, ορισμένοι άντρες έχουν πιο κοντά οστά από τα θηλυκά.
Η συνολική μάζα συμβάλλει στη διαφορά μεταξύ ανδρικού και θηλυκού σκελετικού συστήματος. Οι αρσενικοί σκελετοί είναι συχνά βαρύτεροι και πολύ μεγαλύτεροι. Αν και η μάζα ενός σκελετού μπορεί να είναι ένα γενικό σημείο αναφοράς, δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί μόνο του. Υπάρχουν μερικοί άνδρες που είναι μικρότεροι από τον μέσο όρο και θα έχουν μικρότερους σκελετούς. Επιπλέον, υπάρχουν μερικές γυναίκες με σκελετούς μεγαλύτερους από τον μέσο όρο. Για να προσδιοριστεί αν ένας σκελετός είναι άνδρας ή γυναίκα, πρέπει να ληφθούν υπόψη οι άλλες σημαντικές διαφορές, μαζί με τη γενετική και την εθνικότητα.
Οι διαφορές μεταξύ του σκελετικού συστήματος των ανδρών και των γυναικών επηρεάζονται επίσης από την ανάπτυξη των οστών. Οι ορμόνες παίζουν μεγάλο ρόλο στην ανάπτυξη των οστών. Για τους άνδρες, η τεστοστερόνη είναι η ορμόνη που επηρεάζει την ανάπτυξη και το σχήμα των οστών, ενώ η γυναικεία ορμόνη που επηρεάζει την ανάπτυξη των οστών ονομάζεται οιστρογόνο. Κατά την εφηβεία, τα επίπεδα οιστρογόνων είναι πολύ υψηλότερα για τις γυναίκες και τα επίπεδα τεστοστερόνης για τους άνδρες, με αποτέλεσμα τα θηλυκά οστά να σταματήσουν να αναπτύσσονται μέχρι την ηλικία των 18 ετών και η ανδρική ανάπτυξη να σταματά μέχρι την ηλικία των 21 ετών.