Η δομή του ουροποιητικού συστήματος είναι η ίδια τόσο στους άνδρες όσο και στις γυναίκες, αν και ορισμένα συστατικά διαφέρουν ελαφρώς μεταξύ των δύο φύλων. Το σύστημα φιλτράρει τα υγρά απόβλητα από το αίμα για να απελευθερωθούν ως ούρα. Τα ούρα από υγιή άτομα είναι συνήθως στείρα. αν και περιέχει απόβλητα από το σώμα, δεν περιέχει τίποτα τοξικό ή ξένα υλικά, όπως βακτήρια, ιούς ή μύκητες. Δεδομένου ότι τα ούρα είναι στείρα, η «συμβουλή επιβίωσης» που μπορεί κανείς να πιει ισχύει στην πραγματικότητα για υγιή άτομα, αλλά επειδή περιέχει κυτταρικά απόβλητα, δεν είναι ακόμα καλό για το σώμα.
Σχεδόν όλες οι σημαντικές εργασίες του ουροποιητικού συστήματος εκτελούνται από τα νεφρά. Τα νεφρώνια, που είναι δομές εμπορικών κέντρων στους νεφρούς, είναι υπεύθυνα για το φιλτράρισμα των αποβλήτων από το αίμα. Αυτά περιέχουν ένα δίκτυο αιμοφόρων αγγείων με μεγάλη επιφάνεια, οπότε απόβλητα και περίσσεια αλατιού μπορούν να περάσουν από το αίμα για απόρριψη. Η εξάλειψη του υπερβολικού αλατιού μαζί με τα κυτταρικά απόβλητα επιτρέπει τη στενή παρακολούθηση της σύνθεσης του αίματος. Η δομή του ουροποιητικού συστήματος βελτιστοποιεί αυτήν τη διαδικασία, έτσι ώστε τυχόν δυσμενείς αλλαγές να μπορούν να διορθωθούν γρήγορα.
Από τα νεφρά, τα ούρα ρέουν στους ουρητήρες, οι οποίοι είναι λεπτοί σωλήνες που μεταφέρουν τα ούρα προς τα κάτω στην ουροδόχο κύστη. Ένας ουρητήρας εκτείνεται από κάθε νεφρό και ποτέ δεν διασταυρώνονται ή αλληλεπιδρούν. Οι μύες στα τοιχώματα των ουρητήρων ωθούν τα ούρα προς τα κάτω στην ουροδόχο κύστη, οπότε η κίνηση μπορεί να συνεχιστεί ακόμη και όταν είστε ξαπλωμένοι. Οι μύες σφίγγονται και χαλαρώνουν σε μια διαδικασία παρόμοια με εκείνη κατά την οποία η τροφή ωθείται στο στομάχι, εναποθέτοντας μικρές ποσότητες ούρων στην ουροδόχο κύστη κάθε λίγα δευτερόλεπτα. Εάν διαταραχθεί αυτή η κίνηση, μπορεί να διαταραχθεί και ολόκληρο το ουροποιητικό σύστημα, και μπορεί να προκύψει λοίμωξη στα νεφρά ή πέτρες στα νεφρά.
Τα ούρα αποθηκεύονται στην ουροδόχο κύστη έως ότου πρέπει να απελευθερωθούν για να δημιουργηθεί χώρος για περισσότερα. Δύο μυϊκοί δακτύλιοι που ονομάζονται σφιγκτήρες σφίγγονται στο άνοιγμα της ουροδόχου κύστης για να την κρατήσουν κλειστή έως ότου το περιεχόμενό της μπορεί να αδειάσει μέσω της ουρήθρας. Η δομή του ουροποιητικού συστήματος είναι κατασκευασμένη για να περιέχει όσο το δυνατόν περισσότερα ούρα, όσο το δυνατόν περισσότερο. Δεδομένου ότι η ουροδόχος κύστη μπορεί να τεντωθεί, η δομή του ουροποιητικού συστήματος είναι κάπως ευέλικτη, αλλά είναι κατασκευασμένη για σχετικά συνεχή επεξεργασία αποβλήτων, οπότε η πρόληψη της εκκένωσης της ουροδόχου κύστης μπορεί τελικά να προκαλέσει προβλήματα με την παρακολούθηση του αίματος.