Σε αντίθεση με άλλα σύμβολα της Αϊόβα, όπως η κρατική σφραγίδα και το λουλούδι, η κρατική σημαία της Αϊόβα ορίστηκε μόνο τον 20ο αιώνα. Λιγότερο από 20 χρόνια μετά την ένταξη της Αϊόβα στην Ένωση, διεξήχθη ο Εμφύλιος των ΗΠΑ, μετά τον οποίο οι πολίτες της πολιτείας ένιωσαν ότι η εθνική σημαία ήταν το μόνο που χρειαζόταν. Η σημαία σχεδιάστηκε το 1917 ως απάντηση στα αιτήματα των μελών της Εθνικής Φρουράς για ένα έμβλημα που θα τους αντιπροσωπεύει. Μετά από μια σύντομη περίοδο χρήσης για το σκοπό αυτό, το σχέδιο ως κρατική σημαία υιοθετήθηκε επίσημα από τη Γενική Συνέλευση του κράτους το 1921.
Η Αϊόβα εντάχθηκε στην Ένωση ως η 29η πολιτεία το 1846. Από τότε έως το 1917, αρκετές ομάδες είχαν ζητήσει μια σημαία που θα αντιπροσωπεύει την πολιτεία. Οι επικριτές, ωστόσο, θεώρησαν ότι ο καθορισμός μιας κρατικής σημαίας της Αϊόβα θα ελαχιστοποιούσε τη σημασία της εθνικής σημαίας των ΗΠΑ. Αυτό το συναίσθημα ήταν ιδιαίτερα εμφανές στα χρόνια που ακολούθησαν τον Εμφύλιο Πόλεμο, καθώς το έθνος είχε πρόσφατα επανενωθεί και οι κάτοικοι της Αϊόβα δεν ήθελαν να δώσουν την όψη ότι αποχωρίζονταν από την Ένωση.
Το 1917, μονάδες της Εθνοφρουράς από την Αϊόβα ενώθηκαν με εκείνες από άλλες πολιτείες σε υπηρεσία κατά μήκος των συνόρων μεταξύ των ΗΠΑ και του Μεξικού. Οι φρουροί σημείωσαν ότι τα άλλα συντάγματα είχαν κρατικές σημαίες για να τους εκπροσωπήσουν και εξέφρασαν την επιθυμία για μια δική τους σημαία. Ο Κυβερνήτης William L. Harding ζήτησε τον σχεδιασμό μιας κρατικής σημαίας της Αϊόβα, ένα έργο που ανέλαβαν οι Κόρες της Αμερικανικής Επανάστασης (DAR). Το μέλος του DAR και κάτοικος του Νόξβιλ της Αϊόβα, Dixie Cornell Gebhardt ήταν υπεύθυνο για την τελική εμφάνιση της σημαίας.
Ο Gebhardt επέλεξε ένα τρίχρωμο φόντο για την κρατική σημαία της Αϊόβα, με ισομεγέθη κάθετες ρίγες μπλε, λευκού και κόκκινου. Αυτός ο συνδυασμός χρωμάτων ήταν ένα νεύμα στο γαλλικό υπόβαθρο του κράτους, το οποίο αποκτήθηκε από τις ΗΠΑ ως μέρος της αγοράς Louisiana από τη Γαλλία. Τα χρώματα έχουν επίσης ξεχωριστές έννοιες, με το μπλε να σημαίνει δικαιοσύνη, πίστη και αλήθεια, το λευκό να συμβολίζει την αγνότητα και το κόκκινο να συμβολίζει το θάρρος.
Οι μπλε και κόκκινες ρίγες είναι συμπαγείς, χωρίς κανένα σχέδιο να εμφανίζεται πάνω τους. Η λευκή ρίγα περιέχει έναν αετό, το εθνικό πουλί των ΗΠΑ, που φέρει μπλε πανό στο ράμφος του. Αυτά τα πανό φέρουν το σύνθημα της πολιτείας της Αϊόβα, «Τις ελευθερίες μας βραβεύουμε και τα δικαιώματά μας θα διατηρήσουμε». Συνδυάζοντας το εθνικό σύμβολο με το σύνθημα της πολιτείας, ο Gebhardt προσπάθησε να δείξει ότι η Αϊόβα ήταν μέρος των ΗΠΑ και όχι ξεχωριστή οντότητα. Το τελευταίο χαρακτηριστικό της κρατικής σημαίας της Αϊόβα είναι το όνομα της πολιτείας με κόκκινα κεφαλαία γράμματα κάτω από τον αετό.
Αφού οι Εθνοφύλακες της Αϊόουαν χρησιμοποίησαν τη σημαία κατά τον Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο, η πολιτεία την υιοθέτησε επίσημα ως κρατική σημαία της Αϊόβα στις 29 Μαρτίου 1921. Οι κρατικοί κανονισμοί διέπουν το σωστό μέγεθος και επίδειξη της σημαίας, συμπεριλαμβανομένης μιας διάταξης ότι όλα τα σχολεία της πολιτείας πρέπει να κυματίζει τη σημαία κάθε σχολική μέρα. Ο Κώδικας Σημαίας των ΗΠΑ ορίζει οδηγίες για εμφάνιση με την εθνική σημαία.