Αν και η Αλαμπάμα έγινε πολιτεία το 1819, η ιστορία της κρατικής της σημαίας ξεκίνησε μόλις το 1861 όταν ελήφθη η απόφαση να αποσχιστεί από την Ένωση. Τον Ιανουάριο του 1861, στη Συνέλευση της Απόσχισης, η πρώτη κρατική σημαία της Αλαμπάμα υιοθετήθηκε από τους αντιπροσώπους. Αυτή η σημαία χρησιμοποιήθηκε μόνο λίγες εβδομάδες. Τον Μάρτιο του 1861, η Αλαμπάμα άρχισε να χρησιμοποιεί την πρώτη από τις δύο σημαίες της Συνομοσπονδίας ως δική της. Το 1865, μετά το τέλος του Εμφυλίου Πολέμου, η σημαία των Ηνωμένων Πολιτειών έγινε η επίσημη σημαία της Αλαμπάμα. Τελικά, το 1891, η Αλαμπάμα σχεδίασε και τελικά υιοθέτησε μια μοναδική σημαία που κυματίζει πάνω από την πολιτεία από τότε.
Η κρατική σημαία της Αλαμπάμα του 1861 σχεδιάστηκε στο Μοντγκόμερι από μια μικρή ομάδα γυναικών. Στη μία πλευρά της σημαίας εμφανιζόταν η μορφή της Θεάς της Ελευθερίας που κρατούσε ένα σπαθί στο ένα χέρι και μια μικρότερη σημαία με μόνο ένα αστέρι στο άλλο χέρι. Οι λέξεις “Independent Now and Forever” εμφανίστηκαν πάνω από το σχήμα. Η άλλη πλευρά είχε έναν κουλουριασμένο κροταλία μαζί με ένα φυτό βαμβακιού με τις λέξεις “Touch Me Not” κάτω από αυτήν την απεικόνιση. Αυτή η σημαία αναφέρεται μερικές φορές ως σημαία της Σύμβασης Secession ή σημαία της Δημοκρατίας της Αλαμπάμα. Περίπου ένα μήνα αφότου εγκρίθηκε ως κρατική σημαία της Αλαμπάμα, μια σφοδρή καταιγίδα το κατέστρεψε και η σημαία αφαιρέθηκε και δεν κυμάτισε ποτέ ξανά.
Λίγο μετά την αφαίρεση της πρώτης κρατικής σημαίας της Αλαμπάμα, η πολιτεία επέλεξε να χρησιμοποιήσει τη Συνομοσπονδιακή Εθνική σημαία. Σε επίσημες περιπτώσεις, κυμάτιζαν η πρώτη εθνική σημαία ή η δεύτερη εθνική σημαία της Συνομοσπονδίας. Μόλις τελείωσε ο Εμφύλιος Πόλεμος το 1865, αυτές οι σημαίες αφαιρέθηκαν και η Αλαμπάμα επέστρεψε στη χρήση της σημαίας των Ηνωμένων Πολιτειών.
Η Αλαμπάμα χρησιμοποιούσε τη σημαία των Ηνωμένων Πολιτειών μέχρι το 1891, όταν ανατέθηκε ένα νέο σχέδιο για μια κρατική σημαία. Τελικά, το 1895, μια νέα σημαία εγκρίθηκε από το νομοθετικό σώμα, η οποία παραμένει η κρατική σημαία της Αλαμπάμα σήμερα. Το εγκεκριμένο σχέδιο είχε μοτίβο στη σημαία της Confederate Battle και έγινε η δεύτερη επίσημη κρατική σημαία της Αλαμπάμα.
Από τις 50 σημαίες των πολιτειών, η σημαία της Αλαμπάμα είναι μία από τις απλούστερες στο σχεδιασμό. Όπως θεσπίστηκε στο νόμο, η σημαία της Αλαμπάμα είναι ένας κατακόκκινος σταυρός του Αγίου Ανδρέα που τοποθετείται σε ένα λευκό πεδίο. Τα χρώματα που χρησιμοποιούνται στη σημαία αντιπροσωπεύουν το θάρρος και την αγνότητα, ενώ ο σταυρός αντικατοπτρίζει μέρος του σχεδίου της σημαίας της Συνομοσπονδιακής Μάχης. Δεδομένου ότι η νομοθεσία δεν υπαγορεύει αν η σημαία πρέπει να είναι ορθογώνια ή τετράγωνη, φαίνεται αμφίδρομα.