Η Μεταφυσική είναι ένας ευρύς τομέας μελέτης της φιλοσοφίας που επιδιώκει να κατανοήσει και να ταξινομήσει τη βαθύτερη φύση της ύπαρξης. Οι περισσότερες μεγάλες θρησκείες, παρομοίως, προσπαθούν να προσφέρουν μια εξήγηση για το πώς και γιατί οτιδήποτε, και ειδικότερα οι άνθρωποι, υπάρχουν στον κόσμο. Ως εκ τούτου, η μεταφυσική και η θρησκεία σχετίζονται, επειδή η θρησκεία συχνά προσπαθεί να παράσχει μια μεταφυσική κατανόηση της ύπαρξης. Άλλα ερωτήματα σημαντικά τόσο για τη μεταφυσική όσο και για τη θρησκεία περιλαμβάνουν τη φύση του ανθρώπινου μυαλού, την ελεύθερη βούληση και την ύπαρξη και το ρόλο του Θεού.
Ο μοναδικός παράγοντας που ενοποιεί περισσότερο τη μεταφυσική και τη θρησκεία είναι η φύση της ύπαρξης σε ένα θεμελιώδες επίπεδο. Ένας υλιστής, για παράδειγμα, έχει τη μεταφυσική άποψη ότι όλα τα πράγματα μπορούν να κατανοηθούν υλικά χωρίς να στραφούν σε υπερφυσικές δυνάμεις. Οι θρησκευτικοί πιστοί, από την άλλη πλευρά, τείνουν να πιστεύουν ότι ο κόσμος υπάρχει εξαιτίας ενός Θεού ή θεών. Μια πανθεϊστική άποψη της μεταφυσικής και της θρησκείας δηλώνει ότι δεν υπάρχει πραγματική διαφορά μεταξύ των ιδεών του «Θεού» και του «κόσμου».
Ένα άλλο σημαντικό ζήτημα που αντιμετωπίζουν και οι δύο έννοιες είναι αυτό της ελεύθερης βούλησης. Δεν είναι γνωστό με επιστημονική βεβαιότητα εάν οι άνθρωποι έχουν ή όχι τον απόλυτο έλεγχο των πράξεων και των αποφάσεών τους. Οι μεταφυσικοί επιδιώκουν να μελετήσουν και να κατανοήσουν τι σημαίνει «ελεύθερη βούληση» σε αντίθεση με τον ντετερμινισμό και αν μπορούν να συμφιλιωθούν τα δύο. Επιδιώκουν επίσης να παράσχουν λογικά επιχειρήματα, μερικές φορές αντλώντας από τη σύγχρονη επιστήμη, υπέρ ή κατά της ελεύθερης βούλησης. Διάφορες θρησκείες, από την άλλη πλευρά, βασίζονται είτε στην ελεύθερη βούληση είτε στον ντετερμινισμό ως θεμελιώδες σημείο στα ηθικά τους συστήματα.
Η Θεολογία είναι ένα υποτμήμα της φιλοσοφίας που ενδιαφέρεται να εξετάσει τον Θεό και το θείο. Ως εκ τούτου, προσκαλεί συνεισφορές τόσο από τη μεταφυσική όσο και από τη θρησκεία. Σημαντικά ερωτήματα στη θεολογία περιλαμβάνουν την ύπαρξη του Θεού, τη δυνατότητα να γνωρίσουμε τον Θεό και τον ρόλο του Θεού στη δημιουργία και τη διεύθυνση του σύμπαντος. Μερικοί μεταφυσικοί, για παράδειγμα, υποστηρίζουν ότι δεν υπάρχει Θεός ή ότι η ιδέα του «θεού» αναφέρεται μόνο σε έναν απρόσωπο δημιουργό. Οι θρησκευτικοί θεολόγοι, από την άλλη πλευρά, συχνά επιχειρηματολογούν για έναν προσωπικό Θεό ή για τις θεολογικές απόψεις που παρουσιάζουν οι συγκεκριμένες θρησκείες τους.
Ο τρόπος με τον οποίο μελετώνται αυτές οι έννοιες βασίζεται σε πολλούς διαφορετικούς παράγοντες, πολλοί από τους οποίους προέρχονται από τη φιλοσοφία, την ιστορία και τη θρησκεία. Μερικές θρησκείες, για παράδειγμα, αποθαρρύνουν την αμφισβήτηση των θρησκευτικών δογμάτων και ενθαρρύνουν τη δογματική και όχι την κριτική μεταφυσική. Οι ακαδημαϊκοί φιλόσοφοι, από την άλλη πλευρά, τείνουν να πιστεύουν ότι οποιαδήποτε ζητήματα στη μεταφυσική και τη θρησκεία μπορούν και πρέπει να μελετηθούν.