Η σύνδεση μεταξύ του μεσαίου εγκεφάλου και του πόνου είναι ότι και τα δύο αποτελούν μέρος του εγκεφαλικού στελέχους. Φυσικά, ο μεσαίος εγκέφαλος και οι πόντοι βρίσκονται ακριβώς πάνω και κάτω ο ένας από τον άλλο. Ο μεσαίος εγκέφαλος κάθεται στην ανώτερη κορυφή του εγκεφαλικού στελέχους και οι κορμοί κάθεται ακριβώς κάτω από τον μεσαίο εγκέφαλο. Η διαφορά μεταξύ του μεσαίου εγκεφάλου και του πόνου, ωστόσο, είναι ότι εκτελούν διαφορετικές λειτουργίες. Επιπλέον, αν και ο μεσαίος εγκέφαλος και οι πόντοι είναι και τα δύο ξεχωριστά μέρη του εγκεφαλικού στελέχους, οι πόντοι είναι στην πραγματικότητα επίσης μέρος του οπίσθιου εγκεφάλου.
Γενικά, η γενική λειτουργία του εγκεφαλικού στελέχους είναι να διευκολύνει και να επιτρέπει την επικοινωνία μεταξύ του εγκεφάλου και του νωτιαίου μυελού, που αποτελούν το κεντρικό νευρικό σύστημα. Ο μεσαίος εγκέφαλος, ο οποίος είναι επίσης γνωστός ως μεσεγκεφάλων, βρίσκεται μεταξύ του πρόσθιου εγκεφάλου και των πόνων. Ως μέρος του εγκεφαλικού στελέχους, ο μεσαίος εγκέφαλος έχει την ευθύνη να συντονίζει τα μηνύματα μεταξύ του εγκεφάλου και του νωτιαίου μυελού. Εκτός από αυτή τη λειτουργία, ο μεσαίος εγκέφαλος είναι επίσης υπεύθυνος για ορισμένα αντανακλαστικά, καθώς και για ορισμένες εθελοντικές κινήσεις. Για παράδειγμα, ο μεσαίος εγκέφαλος συντονίζει τα αντανακλαστικά των ματιών. Βοηθά επίσης στο συντονισμό της στάσης του σώματος, καθώς και στο περπάτημα.
Οι πόντοι, ή μετεγκεφάλου, βρίσκονται μεταξύ του μεσαίου εγκεφάλου και του μυελού, ένα άλλο μέρος του οπίσθιου εγκεφάλου που αποτελεί επίσης το υπόλοιπο στέλεχος του εγκεφάλου. Επίσης, οι πόντοι συνδέουν το μυελό με την παρεγκεφαλίδα. Όπως και ο μεσαίος εγκέφαλος, οι πόνοι βοηθούν στο συντονισμό της μεταφοράς μηνυμάτων στον εγκέφαλο, λειτουργώντας ως γέφυρα επικοινωνίας μεταξύ του εγκεφάλου, του νωτιαίου μυελού και της παρεγκεφαλίδας. Το ποντίκι είναι επίσης υπεύθυνο και για άλλες λειτουργίες, όπως η ρύθμιση της αναπνοής και η έναρξη ή ο τερματισμός των κινητικών παρορμήσεων και των αισθητηριακών πληροφοριών που αποστέλλονται από και προς τον εγκέφαλο και το πρόσωπο.
Το κεντρικό νευρικό σύστημα αποτελείται βασικά από τον εγκέφαλο και το νωτιαίο μυελό. Ο εγκέφαλος στέλνει κινητικά μηνύματα στον νωτιαίο μυελό, τα οποία στη συνέχεια τα στέλνει στο σωστό μέρος του σώματος. Ο νωτιαίος μυελός, με τη σειρά του, στέλνει αισθητήρια μηνύματα στον εγκέφαλο. Αυτή η επικοινωνία επιτρέπει στο ανθρώπινο σώμα να λειτουργεί όπως και καθώς το εγκεφαλικό στέλεχος παίζει ζωτικό ρόλο σε αυτήν την επικοινωνία, χωρίς το εγκεφαλικό στέλεχος, η ανταλλαγή πληροφοριών μεταξύ του εγκεφάλου και του σώματος θα χαθεί. Ως εκ τούτου, είναι σαφές ότι ο μεσαίος εγκέφαλος και οι πόντοι είναι δύο μικρά, αλλά πολύ σημαντικά μέρη του κεντρικού νευρικού συστήματος.