Ο τύπος της θεραπείας που χρησιμοποιείται για μια κοιλιακή κύστη εξαρτάται συνήθως από τον τύπο της κύστης. Οι κοιλιακές κύστεις του εμβρύου συνήθως δεν απαιτούν καθόλου θεραπεία και καθαρίζονται από μόνες τους. Για τις κύστεις των ωοθηκών, η θεραπεία μπορεί να κυμαίνεται από συχνή παρακολούθηση μόνο έως ορμονικές θεραπείες έως χειρουργική επέμβαση. Τόσο οι μεσεντέριες κύστεις, οι οποίες εμφανίζονται στο περιτόναιο στο πίσω τοίχωμα της κοιλιάς, όσο και οι κύστεις του πνεύμονα, που αναπτύσσονται στο μπροστινό τοίχωμα της κοιλιάς, απαιτούν συνήθως χειρουργική επέμβαση για αφαίρεση. Στην περίπτωση των μεσεντερικών κύστεων, συχνά απαιτείται επίσης πρόσθετη χειρουργική επέμβαση για εκτομή του εντέρου ή του εντέρου.
Οι κοιλιακές κύστεις του εμβρύου είναι μερικοί από τους πιο συνηθισμένους τύπους, ιδιαίτερα στα θηλυκά μωρά που εκτέθηκαν σε υψηλά επίπεδα ορμονών στη μήτρα. Μόλις γεννηθεί το μωρό, αυτές οι καλοήθεις κύστεις συνήθως διαλύονται από μόνες τους και δεν χρειάζονται περαιτέρω θεραπεία. Σε σπάνιες περιπτώσεις, η κύστη θα είναι αρκετά μεγάλη ώστε να αποτελεί απειλή για το βρέφος ή μπορεί απλώς να μην ξεκαθαρίσει από μόνη της, και στη συνέχεια μπορεί να χρειαστεί χειρουργική επέμβαση για την αφαίρεσή της.
Οι κύστεις των ωοθηκών είναι επίσης αρκετά συχνές και η θεραπεία τους συχνά εξαρτάται από το πόσο σοβαρές είναι. Ο πρώτος τρόπος δράσης θα είναι συνήθως να τους παρατηρήσετε για να παρακολουθείτε τυχόν ανάπτυξη και να τους δίνετε την ευκαιρία να επιλύσουν μόνοι τους. Αυτό μπορεί να μην συμβεί, αλλά εφόσον οι κύστεις δεν προκαλούν προβλήματα, η θεραπεία μπορεί να μην είναι απαραίτητη.
Εάν οι κύστεις των ωοθηκών όντως μεγαλώσουν, μπορεί να χορηγηθούν από του στόματος αντισυλληπτικά για να σταματήσουν την ανάπτυξή τους και να συρρικνωθούν. Η φαρμακευτική αγωγή για τον πόνο μπορεί επίσης να είναι απαραίτητη για την ανακούφιση από τυχόν ενόχληση που προκαλούν. Για μεγαλύτερες κύστεις που προκαλούν έντονο πόνο ή αιμορραγία και δεν ανταποκρίνονται στα αντισυλληπτικά χάπια, μπορεί να χρειαστεί χειρουργική επέμβαση. Ανάλογα με την κατάσταση, αυτό μπορεί να γίνει λαπαροσκοπικά ή μέσω μεγαλύτερης τομής στο κοιλιακό τοίχωμα.
Μια μεσεντέρια ή πνευμονική κοιλιακή κύστη μπορεί να είναι ασυμπτωματική, αλλά αυτές που χρειάζονται θεραπεία συνήθως απαιτούν χειρουργική αφαίρεση. Οι μεσεντερικές κύστεις προκύπτουν στο τμήμα του περιτοναίου που είναι γνωστό ως μεσεντέριο, το οποίο συχνά τις τοποθετεί σε άμεση γειτνίαση με τα έντερα και το έντερο. Σε πολλές περιπτώσεις, αυτό σημαίνει ότι θα είναι επίσης απαραίτητο να γίνει εκτομή του εντέρου ή του εντέρου όταν αφαιρεθεί η κύστη. Οι κύστεις του μυαλού, οι οποίες συνήθως εντοπίζονται στο πρόσθιο τοίχωμα της κοιλιάς, μπορούν συνήθως να αφαιρεθούν χωρίς πρόσθετη επίδραση στα κοντινά όργανα.