Η διαδικασία για αμυγδαλεκτομή περιλαμβάνει την αναισθησία του ασθενούς, την εισαγωγή ενός ρινικού αναπνευστικού σωλήνα, τη στήριξη του στόματος ανοιχτό, την αφαίρεση των αμυγδαλών και τη διακοπή τυχόν αιμορραγίας. Η αμυγδαλεκτομή είναι συνήθως μια διαδικασία εξωτερικού ασθενούς διάρκειας μιας ώρας και η ανάρρωση διαρκεί μία έως δύο εβδομάδες. Αυτή η διαδικασία συνήθως συνιστάται όταν η συχνή αμυγδαλίτιδα προκαλεί υπνική άπνοια ή δυσκολία στην κατάποση και την αναπνοή. Οι αδενοειδείς εκβλαστήσεις αφαιρούνται επίσης μερικές φορές κατά τη διάρκεια μιας αμυγδαλεκτομής.
Πριν ξεκινήσει η διαδικασία για αμυγδαλεκτομή, χορηγείται στον ασθενή ένα ηρεμιστικό για να χαλαρώσει. Μια ενδοφλέβια γραμμή θα τοποθετηθεί στον βραχίονα για τη χορήγηση υγρών και αντιβιοτικών. Μόλις μπείτε στο χειρουργείο, η χειρουργική επέμβαση για αμυγδαλεκτομή θα ξεκινήσει με τη χορήγηση γενικής αναισθησίας. Προκειμένου να διατηρηθεί το στόμα καθαρό για χειρουργική επέμβαση, ένας αναπνευστικός σωλήνας θα περάσει από τη μύτη και στη συνέχεια στον λαιμό. Στη συνέχεια, το στόμα θα παραμείνει ανοιχτό, η γλώσσα θα κρατηθεί έξω και, εάν είναι απαραίτητο, το πίσω μέρος του λαιμού θα καλυφθεί με βαμβάκι για τη συλλογή τυχόν αίματος.
Υπάρχουν διάφορες μέθοδοι που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την αφαίρεση των αμυγδαλών. Οι αμυγδαλές μπορούν να κοπούν με λεπίδα νυστέρι, λέιζερ ή μικροαποστομικό όργανο, ένα περιστρεφόμενο κοπτικό όργανο με αναρρόφηση. Δύο νέες τεχνικές που μερικές φορές χρησιμοποιούνται είτε διασπούν τον ιστό των αμυγδαλών χρησιμοποιώντας ενέργεια ραδιοσυχνοτήτων είτε καταστρέφουν τον ιστό των αμυγδαλών με έναν ηλεκτρικό αισθητήρα θερμότητας. Μόλις αφαιρεθούν οι αμυγδαλές, η αιμορραγία θα σταματήσει με καυτηριασμό της πληγής ή χρησιμοποιώντας μικροσκοπικά ράμματα. Η διαδικασία της αμυγδαλεκτομής διαρκεί συνήθως περίπου μία ώρα.
Μετά την αμυγδαλεκτομή, ο ασθενής θα τοποθετηθεί σε αίθουσα ανάνηψης μέχρι να φθαρεί η αναισθησία και να αφαιρεθεί ο αναπνευστικός σωλήνας. Οι περισσότερες αμυγδαλεκτομές γίνονται ως επεμβάσεις εξωτερικών ασθενών ή χρειάζονται μόνο μία νύχτα στο νοσοκομείο. Μετά τη χειρουργική επέμβαση, ο ασθενής θα λάβει οδηγίες να πίνει συχνά, να τρώει μικρές ποσότητες μαλακών τροφών και θα λάβει παυσίπονα για χρήση όπως χρειάζεται. Ο άμεσος πόνος θα είναι στο λαιμό, τη γνάθο και τον αυχένα. Ο πόνος στο λαιμό μπορεί να επιμείνει για μία έως δύο εβδομάδες.
Τα αδενοειδή είναι λεμφικός ιστός που βρίσκεται ακριβώς πάνω από τις αμυγδαλές και συχνά μολύνονται μαζί με τις αμυγδαλές. Όταν εμφανίζεται συχνή και επίμονη αδενοειδίτιδα μαζί με αμυγδαλίτιδα, μπορεί επίσης να αφαιρεθούν κατά τη διάρκεια μιας αμυγδαλεκτομής. Η χειρουργική διαδικασία είναι η ίδια και για τις δύο εξαγωγές και η προστιθέμενη αφαίρεση των αδενοειδών εκβλαστήσεων συνήθως παρατείνει τη χειρουργική επέμβαση κατά περίπου 30 λεπτά.