Τα μεγαλύτερα νησιά της Ιαπωνίας είναι το Honshū, το Shikoku, το Hokkaidō και το Kyūshū, τα οποία μαζί αποτελούν το 97% της χερσαίας έκτασης της Ιαπωνίας. Συνολικά, η Ιαπωνία έχει πάνω από 3,000 νησιά. Τα νησιά της Ιαπωνίας είναι κατεχόμενα για εξαιρετικά μεγάλο χρονικό διάστημα, τουλάχιστον από το 35,000 π.Χ. Κατά την τελευταία Εποχή των Παγετώνων, η Ιαπωνία θα ήταν σχετικά γαλήνια, απαλλαγμένη από τους τεράστιους παγετώνες που κάλυπταν το μεγαλύτερο μέρος της Ευρώπης και της Ασίας εκείνη την εποχή. Σήμερα, τα νησιά της Ιαπωνίας έχουν περίπου 127 εκατομμύρια κατοίκους, καθιστώντας αυτό το έθνος το 10ο πολυπληθέστερο στον κόσμο. Η Ιαπωνία έχει την τρίτη μεγαλύτερη οικονομία στον κόσμο, μόνο πίσω από τις Ηνωμένες Πολιτείες και την Κίνα.
Το Χονσού, το μεγαλύτερο νησί της χώρας, αντιπροσωπεύει το 61% της γης και βρίσκεται στο κέντρο της Ιαπωνίας, μεταξύ του νησιού Χοκάιντο στα βόρεια και των νησιών Kyūshū και Shikoku στο νότο. Μεγαλύτερο από το νησί της Μεγάλης Βρετανίας, το Honshū έχει μήκος 1,300 km (800 μίλια) και πλάτος από 50 έως 230 km (31 έως 143 mi). Το Χονσού είναι ένα ορεινό και ηφαιστειογενές νησί με πληθυσμό σχεδόν 100 εκατομμυρίων, καθιστώντας το ένα από τα πολυπληθέστερα νησιά στον κόσμο. Το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού του νησιού βρίσκεται στα διαθέσιμα πεδινά, ιδιαίτερα στις πεδιάδες του Καντού. Πολλές από τις πιο διάσημες πόλεις της Ιαπωνίας βρίσκονται στο νησί, όπως το Τόκιο, η Γιοκοχάμα, η Οσάκα, το Κιότο, το Κόμπε και η Χιροσίμα.
Τα δύο κύρια νησιά της Ιαπωνίας στα νότια του Honshū είναι το Kyūshū και το Shikoku, τα οποία αποτελούν το 9% και το 5% της συνολικής χερσαίας έκτασης της Ιαπωνίας, αντίστοιχα. Το Kyūshū, που βρίσκεται στα δυτικά, έχει πληθυσμό 13 εκατομμυρίων, ενώ το Σικόκου έχει πληθυσμό 4 εκατομμυρίων, καθιστώντας το το λιγότερο πυκνοκατοικημένο από τα νησιά της Ιαπωνίας. Όπως και το Honshū, και τα δύο νησιά είναι πολύ ορεινά. Το Kyūshū είναι γνωστό ότι έχει το πιο ενεργό ηφαίστειο της Ιαπωνίας, το όρος Aso (στα 1,592 μ. ή 5,223 πόδια), ενώ το Σικόκου είναι γνωστό για τους όμορφους ναούς του. Οι πιο σημαντικές πόλεις στο Kyūshū είναι το Ναγκασάκι και η Καγκοσίμα. Η μεγαλύτερη πόλη στο Σικόκου είναι η Ματσουγιάμα, με πληθυσμό μισό εκατομμύριο.
Το τελικό από τα κύρια ιαπωνικά νησιά είναι το Hokkaidō, το οποίο αποτελεί το πλήρες 22% της χερσαίας έκτασης της Ιαπωνίας. Το Hokkaidō είναι το δεύτερο μεγαλύτερο από τα νησιά της Ιαπωνίας και από τα πιο αγροτικά, με πληθυσμό μόλις 68 άτομα ανά τετραγωνικό χιλιόμετρο, σε αντίθεση με την πυκνότητα πληθυσμού του Honshū που είναι 430 άτομα ανά τετραγωνικό χιλιόμετρο. Το φυσικό περιβάλλον του Hokkaidō το καθιστά δημοφιλή προορισμό διακοπών για τους Ιάπωνες. Η πρωτεύουσα του Hokkaidō είναι το Sapporo, που αναγνωρίζεται σε όλο τον κόσμο ως η πατρίδα της μπύρας Sapporo και η πόλη που φιλοξενεί τους Χειμερινούς Ολυμπιακούς Αγώνες του 1972. Όπως κάθε άλλο νησί της Ιαπωνίας, το μεγαλύτερο μέρος του νησιού είναι ορεινό και το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού βρίσκεται στις νοτιοδυτικές πεδινές περιοχές.