Η εικονική πραγματικότητα χρησιμοποιείται καθημερινά σε διάφορους τομείς, από τη φυσικοθεραπεία μέχρι την ψυχαγωγία. Όσο και αν είναι τα πλεονεκτήματα αυτού που μπορεί να πετύχει μια μέρα η τεχνολογία, θα πρέπει να ληφθούν υπόψη και τα μειονεκτήματα της εικονικής πραγματικότητας. Ορισμένες πτυχές, όπως η τεχνολογία που χρησιμοποιείται, δημιουργούν σημαντικά προβλήματα στους προγραμματιστές και προκαλούν περιορισμούς στις προσπάθειες ευρείας χρήσης και διανομής. Άλλες ανησυχίες αφορούν την εφαρμογή λογισμικού εικονικών περιβαλλόντων και τα όρια του τι μπορεί και τι δεν μπορεί να επιτευχθεί. Τέλος, υπάρχουν ανησυχίες για τον κοινωνικό αντίκτυπο που μπορεί να έχουν τα καθηλωτικά περιβάλλοντα στους ανθρώπους, καθώς και για τις ψυχολογικές επιπτώσεις της παρατεταμένης χρήσης.
Ένα από τα μεγαλύτερα μειονεκτήματα της εικονικής πραγματικότητας είναι ότι η τεχνολογία που απαιτείται για μια καθηλωτική ή φυσική εμπειρία έχει παραμείνει άπιαστη. Τα απτικά συστήματα που παρέχουν φυσική ανάδραση ή επιτρέπουν μια πλήρως αρθρωμένη παρουσία σε ένα περιβάλλον είναι αδέξια και μπορεί να προκαλέσουν προβλήματα κατά τη χρήση. Ο τύπος υλικού που χρησιμοποιούν ακόμη και οι απλές οθόνες που τοποθετούνται στο κεφάλι μπορεί να σπάσει την αίσθηση της βύθισης καθώς πρέπει να γίνουν προσαρμογές στη συσκευή και εξαρτήματα όπως καλώδια και ακουστικά μετατρέπονται σε εμπόδια στη φυσική κίνηση.
Ακόμη και το πιο βασικό υλικό και λογισμικό εικονικής πραγματικότητας υπογραμμίζει ένα άλλο από τα μειονεκτήματα της εικονικής πραγματικότητας, δηλαδή το κόστος. Οποιοδήποτε σύστημα επιχειρεί να προσφέρει μια καθηλωτική εμπειρία απαιτεί κάποιο είδος οθόνης που θα προσπαθήσει να ξεγελάσει τις ανθρώπινες αισθήσεις. Αυτά τα συστήματα είναι πολύ δαπανηρά και μπορεί να είναι προβληματικά στη χρήση τους, κυρίως επειδή τόσο λίγοι άνθρωποι έχουν τις τεχνικές γνώσεις για να τα επισκευάσουν ή να τα συντηρήσουν. Επιπλέον, τα περισσότερα συστήματα εικονικής πραγματικότητας δεν είναι εύκολα εναλλάξιμα με διαφορετικό υλικό, αυξάνοντας το κόστος και μειώνοντας τη μακροπρόθεσμη αξία μιας αρχικής επένδυσης σε ένα τέτοιο σύστημα.
Κοινωνικά, ορισμένα από τα μειονεκτήματα της χρήσης της εικονικής πραγματικότητας ως ψυχαγωγίας έχουν ήδη αρχίσει να εμφανίζονται, ακόμη και χωρίς μια εμπειρία που απομακρύνει πλήρως ένα άτομο από τα γύρω του ερεθίσματα. Ένα ζήτημα είναι η κοινωνική απομόνωση, στην οποία ο χρήστης της εικονικής πραγματικότητας βασίζεται περισσότερο σε αλληλεπιδράσεις που λαμβάνουν χώρα σε έναν εικονικό κόσμο παρά σε εμπειρίες στον πραγματικό κόσμο. Αυτή η έλλειψη αληθινής, φυσικής αλληλεπίδρασης έχει τη δυνατότητα να δημιουργήσει λανθασμένες συσχετίσεις που δεν αποτελούν μέρος πραγματικών κοινωνικών πλαισίων. Η απομόνωση θα μπορούσε τελικά να προκαλέσει κατάθλιψη, αποσύνδεση και άλλες καταστάσεις, εάν είναι αρκετά σοβαρή.
Ένα άλλο από τα πιθανά ψυχολογικά και κοινωνικά μειονεκτήματα της εικονικής πραγματικότητας είναι η απευαισθητοποίηση. Εάν ορισμένοι χρήστες χρησιμοποιούσαν την εικονική πραγματικότητα για ψυχαγωγία εκτενώς, τότε θα μπορούσαν να διατρέχουν τον κίνδυνο να μην αναγνωρίσουν τις πραγματικές συνέπειες για ενέργειες στις οποίες συμμετέχουν ή παρακολουθούν. Όταν μεταφράζεται στον πραγματικό κόσμο, σε μια ακραία περίπτωση, αυτό θα μπορούσε να προκαλέσει έλλειψη κατανόησης των επιπτώσεων ορισμένων ενεργειών όταν εκτελούνται εκτός του εικονικού περιβάλλοντος.