Υπάρχουν πολλά ζητήματα που μπορεί να οδηγήσουν σε προβλήματα χρηματοοικονομικής λογιστικής. Αυτά περιλαμβάνουν τα στοιχεία της χρηματοοικονομικής απόδοσης που παρακολουθεί μια εταιρεία, τη βάση στην οποία καταγράφει τις συναλλαγές και τον τρόπο με τον οποίο χειρίζεται τις αποσβέσεις. Αντίθετα, τα μαθηματικά σφάλματα είναι απίθανο να προκαλέσουν μεγάλα προβλήματα χάρη στα ενσωματωμένα σημεία ελέγχου της λογιστικής διπλής εισόδου.
Μία από τις πιο απλές πηγές προβλημάτων χρηματοοικονομικής λογιστικής είναι η αδυναμία κάλυψης και των τριών κύριων τύπων χρηματοοικονομικών εγγράφων. Το πρώτο είναι μια απλή καταγραφή συναλλαγών, η οποία συγκεντρώνεται σε λογαριασμό αποτελεσμάτων. Το δεύτερο είναι ένα αρχείο ταμειακών ροών, το οποίο δεν ταιριάζει πάντα με τις συναλλαγές λόγω συμβάσεων πίστωσης και καθυστερημένων πληρωμών. Οι προβλέψεις ταμειακών ροών είναι επίσης σημαντικές. Το τρίτο είναι ένας ισολογισμός, ο οποίος απαριθμεί τα συνολικά περιουσιακά στοιχεία και τις υποχρεώσεις μιας εταιρείας, μετρώντας ουσιαστικά την οικονομική της υγεία. Η μη ύπαρξη και των τριών αυτών εγγράφων μπορεί να μειώσει τις ευκαιρίες εντοπισμού προβλημάτων με τα οικονομικά μιας εταιρείας και πιθανές λύσεις.
Ορισμένα προβλήματα χρηματοοικονομικής λογιστικής μπορεί να προκληθούν από ασυνέπειες στη βάση στην οποία καταρτίζονται οι λογαριασμοί. Ένας τέτοιος τομέας είναι η απόφαση εάν θα καταγραφούν οι συναλλαγές κατά τη στιγμή της πληρωμής ή τη στιγμή που τα αγαθά ή οι υπηρεσίες παραδίδονται φυσικά. Η μη χρήση της ίδιας βάσης για όλες τις συναλλαγές μπορεί να προκαλέσει σύγχυση. Αυτό ισχύει ιδιαίτερα όταν η πληρωμή πραγματοποιείται σε μια λογιστική περίοδο και η παράδοση σε άλλη.
Οι αποσβέσεις είναι μια άλλη πηγή προβλημάτων χρηματοοικονομικής λογιστικής. Είναι η λογιστική διαδικασία που χρησιμοποιείται για να ληφθεί υπόψη το γεγονός ότι ένα περιουσιακό στοιχείο χάνει την αξία του με την πάροδο του χρόνου, όπως πόσος χρόνος χρειάζεται για να φθαρεί φυσικά. Επειδή η απόσβεση πρέπει να καθοριστεί εκ των προτέρων, είναι ουσιαστικά μια εκτίμηση. Διαφορετικές μέθοδοι μπορεί να διαφέρουν ως προς τη διάρκεια που έχει οριστεί η περίοδος απόσβεσης, το ποσοστό και το ρυθμό απόσβεσης και ποια, εάν υπάρχει, τελική αξία δίνεται στο περιουσιακό στοιχείο. Μια εταιρεία που αποφασίζει για μια μέθοδο απόσβεσης θα πρέπει συχνά να διευθετήσει τόσο τις νομικές λογιστικές απαιτήσεις όσο και τους κανόνες που ορίζονται από τους φορολογικούς υπαλλήλους.
Ίσως παραδόξως, τα μαθηματικά λάθη δεν αποτελούν σημαντική πηγή προβλημάτων χρηματοοικονομικής λογιστικής. Αυτό οφείλεται στη χρήση διπλής λογιστικής κατά την οποία κάθε συναλλαγή καταγράφεται δύο φορές, μία ως χρεωστική και μία ως πίστωση. Αυτό περιλαμβάνει την εξέταση και των δύο πλευρών μιας συναλλαγής. για παράδειγμα, ένα κατάστημα που πραγματοποιεί μια πώληση αυξάνει το ταμειακό του υπόλοιπο, αλλά βλέπει μια αντίστοιχη μείωση στην αξία του απούλητου αποθέματός του. Το σύστημα διπλής καταχώρισης σημαίνει ότι για οποιαδήποτε χρονική περίοδο, η συνολική αξία των εγγραφών στη στήλη πίστωσης και στη στήλη χρέωσης πρέπει να είναι πανομοιότυπη. Ο τακτικός έλεγχος για ανισότητες μπορεί να αποκαλύψει γρήγορα σφάλματα, προτού προκαλέσουν μεγάλα προβλήματα.