Υπάρχουν πολλά πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα που πρέπει να ληφθούν υπόψη πριν αποφασίσετε για μια εναλλακτική εκπαίδευση στο γυμνάσιο. Το ευέλικτο πρόγραμμα σπουδών, το μικρότερο μέγεθος της τάξης, το χαμηλότερο ποσοστό απουσιών και το περιβάλλον χαμηλού στρες μπορούν να προσφέρουν ένα περιβάλλον που προωθεί την καλύτερη μάθηση. Ωστόσο, η δυσκολία προσαρμογής, ο μειωμένος αριθμός κοινωνικών αλληλεπιδράσεων και οι αρνητικές συνδηλώσεις που σχετίζονται με την εναλλακτική εκπαίδευση, μπορούν να επηρεάσουν την απόδοση του μαθητή έξω από την τάξη.
Η εναλλακτική εκπαίδευση στο γυμνάσιο χαρακτηρίζεται από ένα τροποποιημένο πρόγραμμα σπουδών που δεν ακολουθεί αυτό που χρησιμοποιείται σε ένα κανονικό δημόσιο γυμνάσιο. Το πρόγραμμα σπουδών μπορεί κανονικά να προσαρμοστεί ώστε να ταιριάζει με το ρυθμό μάθησης του μαθητή, κάτι που είναι ιδιαίτερα επωφελές για ταλαντούχους μαθητές και όσους έχουν δυσκολία στη μάθηση. Ένα παράδειγμα αυτού μπορεί να είναι ένα ναυλωμένο σχολείο για ταλαντούχους, που δημιουργήθηκε για να αναπτύξει τα ακαδημαϊκά και καλλιτεχνικά ταλέντα των μαθητών.
Το μέγεθος της τάξης σε ένα εναλλακτικό γυμνάσιο είναι συνήθως μικρότερο από αυτό ενός μέσου σχολείου. Αυτό επιτρέπει χαμηλότερη αναλογία δασκάλου προς μαθητή. Η χαμηλότερη αναλογία διευκολύνει τη μεγαλύτερη αλληλεπίδραση μεταξύ δασκάλου και μαθητή και δίνει στον δάσκαλο την ευκαιρία να απαντά συχνά στις ερωτήσεις του μαθητή. Οι μαθητές που δυσκολεύονται να αλληλεπιδράσουν με μεγάλο αριθμό συμμαθητών μπορεί να ευδοκιμήσουν σε ένα εναλλακτικό σχολείο. Επιπλέον, ο δάσκαλος μπορεί να επικεντρωθεί περισσότερο στη διόρθωση κάποιων κακών συμπεριφορών των μαθητών που συνήθως αγνοούνται σε μια μεγαλύτερη τάξη.
Οι μαθητές μπορεί να απολαμβάνουν τη φοίτηση σε ένα εναλλακτικό γυμνάσιο λόγω του σχετικά χαλαρού περιβάλλοντος του. Η απουσία μεγάλου αριθμού μαθητών και το αυστηρό πρόγραμμα σπουδών μπορεί να μεταφραστεί σε χαμηλότερα επίπεδα άγχους που ευνοούν περισσότερο τη μάθηση. Η εναλλακτική εκπαίδευση στο γυμνάσιο εμποδίζει επίσης τους μαθητές να «πέφτουν στα λάθη» δίνοντας μεγαλύτερη έμφαση στην ανάπτυξη των δυνατοτήτων του μαθητή αντί να διατηρεί έναν συγκεκριμένο μέσο όρο βαθμολογίας. Οι μαθητές νιώθουν ευχαρίστηση από τη μελέτη και το ποσοστό απουσίας απουσίας μειώνεται.
Από την άλλη πλευρά, η μετάβαση από ένα παραδοσιακό περιβάλλον σε ένα εναλλακτικό σχολείο μπορεί να είναι ενοχλητικό για έναν μαθητή, ειδικά εάν η μετάβαση γίνει αργότερα στο γυμνάσιο και όχι στην αρχή. Η ομάδα στην οποία είχε συνηθίσει ο μαθητής θα απουσιάζει και αυτό μπορεί να οδηγήσει σε δυσκολίες προσαρμογής. Αυτό ισχύει επίσης όταν ένας μαθητής μεταβαίνει από ένα εναλλακτικό γυμνάσιο σε ένα κανονικό γυμνάσιο. Επιπλέον, η έλλειψη ταξικής ποικιλομορφίας σε ένα εναλλακτικό λύκειο μπορεί επίσης να επηρεάσει τον τρόπο κοινωνικοποίησης του μαθητή στο μέλλον.
Ένα άλλο μειονέκτημα είναι το στίγμα που μπορεί να αποδίδουν οι μαθητές από ένα εναλλακτικό λύκειο. Η εναλλακτική εκπαίδευση στο γυμνάσιο προσφέρεται συνήθως ως έσχατη λύση σε μαθητές που βρίσκονται σε κίνδυνο που δυσκολεύονται να λειτουργήσουν σε ένα περιβάλλον μέσης τάξης. Επιπλέον, ένας μαθητής που αποφοιτά από ένα εναλλακτικό γυμνάσιο μπορεί να έχει δυσκολότερο χρόνο να κάνει αίτηση για δουλειά.