Υπάρχουν τόσο πλεονεκτήματα όσο και μειονεκτήματα στη χρήση ομοιοπαθητικών φαρμάκων που ποικίλλουν ανάλογα με τη φύση της ασθένειας και τη μέθοδο θεραπείας. Τα κύρια πλεονεκτήματα των ομοιοπαθητικών φαρμάκων περιλαμβάνουν φυσικά συστατικά, περιορισμένες παρενέργειες και δυνατότητα χρήσης τους σε συνδυασμό με άλλα φάρμακα. Τα μειονεκτήματα των ομοιοπαθητικών φαρμάκων περιλαμβάνουν πιθανή αναποτελεσματικότητα, δυνητικά επιβλαβείς επιπτώσεις και έλλειψη αυστηρής ρύθμισης από τους βιομηχανικούς οργανισμούς.
Πολλά άτομα επιλέγουν να ακολουθήσουν θεραπεία μέσω ομοιοπαθητικών φαρμάκων επειδή αποτελούνται από φυσικά συστατικά. Η χρήση βοτάνων, μπαχαρικών και βιταμινών από φυσικές πηγές θεωρείται γενικά πολύ ασφαλής για τον οργανισμό. Αυτές οι θεραπείες είναι διαθέσιμες σε έγκυες γυναίκες και παιδιά όταν η συμβατική ιατρική μπορεί να μην είναι ασφαλής. Λόγω της φυσικής τους πηγής, τα περισσότερα ομοιοπαθητικά φάρμακα έχουν επίσης λιγότερες παρενέργειες από τα συμβατικά φάρμακα. Οι παρενέργειες που σχετίζονται με την ομοιοπαθητική ή τη φυσική ιατρική γενικά δεν είναι τόσο σοβαρές ή έντονες όσο αυτές που σχετίζονται με συνθετικά φάρμακα.
Οι πιο ήπιες παρενέργειες και η χρήση φυσικών συστατικών σημαίνει ότι τα ομοιοπαθητικά φάρμακα μπορούν συνήθως να χρησιμοποιηθούν με συμβατικά φάρμακα χωρίς πρόσθετες ανεπιθύμητες ενέργειες. Ενώ τα συνθετικά φάρμακα μπορούν συχνά να επηρεάσουν το ένα το άλλο μέσα στο σώμα, τα ομοιοπαθητικά φάρμακα λειτουργούν αρμονικά για να προάγουν τη συνολική υγεία του ανοσοποιητικού συστήματος. Μερικά άτομα επιλέγουν επίσης να ακολουθήσουν ομοιοπαθητική και συμβατική θεραπεία ταυτόχρονα για να μεγιστοποιήσουν τα οφέλη και των δύο επιλογών.
Η πιθανή αναποτελεσματικότητα και οι επιβλαβείς παρενέργειες είναι δύο βασικά μειονεκτήματα της ομοιοπαθητικής ιατρικής. Οι φυσικές θεραπείες δεν λειτουργούν πάντα, κάτι που θα μπορούσε να είναι ένα πρόβλημα για άτομα που επέλεξαν ομοιοπαθητικές θεραπείες έναντι συμβατικών φαρμάκων που είναι αποδεδειγμένα αποτελεσματικά. Δεδομένου ότι τα ομοιοπαθητικά φάρμακα είναι ευρύτερα διαθέσιμα, ορισμένα άτομα προσπαθούν να αυτο-φαρμακοποιήσουν χωρίς να συμβουλευτούν πρώτα έναν επαγγελματία υγείας. Αυτό θα μπορούσε να οδηγήσει σε επιβλαβείς παρενέργειες εάν η θεραπεία χρησιμοποιηθεί εσφαλμένα.
Ίσως το μεγαλύτερο μειονέκτημα της ομοιοπαθητικής φαρμακευτικής αγωγής είναι η έλλειψη αυστηρής ρύθμισης. Τα φάρμακα που δημιουργήθηκαν στο εργαστήριο πρέπει να υποβληθούν σε αυστηρό έλεγχο πριν εγκριθούν και κυκλοφορήσουν στο κοινό, αλλά τα περισσότερα ομοιοπαθητικά φάρμακα δεν ελέγχονται ούτε αξιολογούνται σε κλινικές δοκιμές. Στις Ηνωμένες Πολιτείες, για παράδειγμα, η έγκριση αυτών των φυσικών θεραπειών από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων (FDA) απαιτεί μόνο μια δήλωση από τον κατασκευαστή που υποβάλλεται 90 ημέρες πριν από την κυκλοφορία του συμπληρώματος στο κοινό που δηλώνει ότι το συμπλήρωμα είναι ασφαλές, ως απόδειξη ασφαλείς διαδικασίες παραγωγής, που σημαίνει ότι δεν προστίθενται ρύποι και κανένα συμπλήρωμα δεν αποθηκεύεται με μη ασφαλή τρόπο. Αυτό καθιστά δύσκολο για τους καταναλωτές να λάβουν πληροφορίες σχετικά με το εάν οι θεραπείες είναι ασφαλείς ή όχι και εάν περιέχουν ή όχι τα συστατικά που αναγράφονται στη φιάλη. Πολλοί προμηθευτές είναι ειλικρινείς σχετικά με την ασφάλεια των θεραπειών τους, αλλά οι καταναλωτές δεν θα μπορούν πάντα να καταλάβουν ποιες εταιρείες είναι οι πιο αξιόπιστες, γεγονός που θα μπορούσε να κάνει την επιλογή του σωστού ομοιοπαθητικού συμπληρώματος δύσκολη υπόθεση.