Τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα των γενετικά τροποποιημένων παπάγια αποτελούν αντικείμενο συζήτησης. Ως σύνολο, τα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα είναι συνήθως ανθεκτικά σε ορισμένα έντομα και άλλες προσβολές. Τα μειονεκτήματα έχουν να κάνουν κυρίως με το γεγονός ότι αυτά τα τρόφιμα δεν έχουν αποδειχθεί ασφαλή μακροπρόθεσμα, επομένως υπάρχουν ορισμένες περιβαλλοντικές ομάδες και οργανώσεις υγείας που πιστεύουν ότι τα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα θα μπορούσαν να είναι επιβλαβή για την ανθρώπινη υγεία όταν καταναλώνονται σε μεγάλες ποσότητες.
Οι γενετικά τροποποιημένες παπάγια αναπτύχθηκαν για να είναι ανθεκτικές στον ιό της ringspot παπάγιας, ο οποίος μπορεί να είναι καταστροφικός για τις καλλιέργειες του φυτού. Έχουν αναπτυχθεί και, τη στιγμή που γράφεται αυτό το άρθρο, είναι διαθέσιμα σε διάφορες χώρες. Υπάρχουν ακόμη περισσότερα έθνη που δεν έχουν κάνει άλματα, αλλά οι αξιωματούχοι του κλάδου προσπαθούν να προσδιορίσουν ποια βήματα πρέπει να ληφθούν για να γίνουν ευρύτερα διαθέσιμα. Πολλές από τις χώρες όπου πουλήθηκαν για πρώτη φορά γενετικά τροποποιημένες παπάγια είναι βιομηχανοποιημένες, με τις αναπτυσσόμενες χώρες να είναι μεταξύ εκείνων που υστερούν.
Υπάρχει έντονη συζήτηση για την παραγωγή και τη διανομή γενετικά τροποποιημένων παπάγιας και άλλων τροφίμων. Από τη μία πλευρά, η ικανότητα να καλλιεργούνται περισσότερες καλλιέργειες χωρίς φόβο ότι οι ιοί και άλλα παθογόνα καταστρέφουν τα φυτά σημαίνει ότι μπορούν να καλλιεργηθούν περισσότερα τρόφιμα συνολικά. Περισσότερη τροφή που καλλιεργείται, σημαίνει ότι υπάρχουν περισσότερα να πάει γύρω. Αυτή είναι μια σημαντική πτυχή της συζήτησης, καθώς ο παγκόσμιος πληθυσμός αυξάνεται και οι συμβατικές καλλιέργειες μπορεί να μην είναι αρκετά καρποφόρες για να θρέψουν τους πάντες επ’ αόριστον.
Σε μικρή κλίμακα, λιγότερες απώλειες καλλιεργειών σημαίνει ότι οι αγρότες μπορούν να κερδίσουν περισσότερα χρήματα για να στηρίξουν τις οικογένειές τους μέσω των πωλήσεων των καλλιεργειών. Αυτό είναι πολύ σημαντικό για τους καλλιεργητές που μπορεί να δυσκολεύονται οικονομικά λόγω των εκτεταμένων απωλειών των καλλιεργειών. Όσον αφορά τις παπάγια, ο ιός ringspot παπάγιας μπορεί να είναι πολύ καταστροφικός και μπορεί να εξαφανίσει ολόκληρες καλλιέργειες.
Το κύριο μειονέκτημα της χρήσης γενετικά τροποποιημένων παπάγιας και άλλων τροποποιημένων τροφών είναι ότι δεν έχουν αποδειχθεί ασφαλείς μακροπρόθεσμα. Ορισμένοι οργανισμοί υγείας ισχυρίζονται ότι οι κίνδυνοι για την ανθρώπινη υγεία είναι μεγάλοι και ότι όλα τα γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα θα πρέπει να απαγορευθούν στα ράφια των σούπερ μάρκετ. Άλλοι υποστηρίζουν ότι είναι εξίσου ασφαλείς και υγιείς με τις πιο συμβατικές καλλιέργειες. Η αλήθεια του θέματος μπορεί να μην είναι γνωστή για αρκετό καιρό.