Το να υποβληθείτε σε προγεννητικό γενετικό έλεγχο έχει πολλά πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα. Το θετικό είναι ότι επιτρέπει τον προγραμματισμό για πιθανά αναπτυξιακά ζητήματα, τον προσδιορισμό της βιωσιμότητας του εμβρύου και την καθιέρωση της πατρότητας. Από την αρνητική πλευρά, εγκυμονεί κίνδυνο να βλάψει το έμβρυο και μπορεί να αυξήσει την πιθανότητα αποβολής. Ο γενετικός έλεγχος δεν είναι επίσης 100% ακριβής και μπορεί να προκαλέσει συναισθηματικά προβλήματα στη γυναίκα ή το ζευγάρι εάν έρθουν αντιμέτωποι με την απόφαση για διακοπή της εγκυμοσύνης.
Ο προγεννητικός γενετικός έλεγχος μπορεί να παρέχει στους γονείς τις απαραίτητες πληροφορίες για να προγραμματίσουν τυχόν ειδικές ανάγκες που μπορεί να έχει το μελλοντικό τους παιδί. Μπορεί να καθορίσει εάν υπάρχουν συγγενείς ανωμαλίες όπως σχιστία χείλους ή δισχιδής ράχη, παρέχοντας έτσι στους γονείς χρόνο για να σχεδιάσουν επιλογές θεραπείας και πιθανές χειρουργικές επεμβάσεις. Για αναπτυξιακά ζητήματα όπως το σύνδρομο Down και άλλες τρισωμίες όπως το σύνδρομο Edward, ο προγεννητικός γενετικός έλεγχος δίνει στους γονείς χρόνο να προετοιμαστούν για την πιθανότητα να μεγαλώσουν ένα παιδί με μια τέτοια πάθηση.
Στις περισσότερες εγκυμοσύνες, ένα έμβρυο που δεν είναι συμβατό με τη ζωή θα αποβάλει. Υπάρχουν κάποιες περιπτώσεις, όμως, που η εγκυμοσύνη συνεχίζεται, άσχετα με το γεγονός ότι το έμβρυο θα πεθάνει σχεδόν σίγουρα αμέσως μετά τη γέννηση. Σε αυτές τις περιπτώσεις, ο προγεννητικός γενετικός έλεγχος μπορεί να είναι χρήσιμος για τον προσδιορισμό του αν είναι ασφαλές ή ωφέλιμο να ολοκληρωθεί η εγκυμοσύνη, προστατεύοντας έτσι την υγεία της μητέρας και προστατεύοντας το έμβρυο από περιττό πόνο.
Ένα άλλο πλεονέκτημα του προγεννητικού γενετικού ελέγχου είναι η διαπίστωση της πατρότητας πριν από τη γέννηση του παιδιού. Αυτό μπορεί να απλοποιήσει τις ρυθμίσεις για την επιμέλεια και την υποστήριξη των παιδιών. Ο γενετικός έλεγχος μπορεί να πραγματοποιηθεί με αμνιοπαρακέντηση σχετικά νωρίς στην εγκυμοσύνη. Το DNA που συλλέγεται από αυτό το τεστ μπορεί να συγκριθεί με το DNA πιθανών πατέρων για να προσδιοριστεί ποιος είναι νομικά υπεύθυνος για το παιδί.
Πιθανώς ένα από τα μεγαλύτερα μειονεκτήματα του προγεννητικού γενετικού ελέγχου είναι ο συναισθηματικός αντίκτυπος που μπορεί να έχει και στους δύο γονείς. Αυτός ο τύπος δοκιμών τους δίνει συχνά μια επιλογή για το αν θα συνεχίσουν ή όχι μια εγκυμοσύνη. Για κάποιους, αυτό μπορεί να θεωρηθεί καλό. Μπορεί, ωστόσο, να αυξήσει τις πιθανότητες συναισθηματικού τραύματος ή ενοχής από την άποψη είτε της ολοκλήρωσης είτε της απόφασης τερματισμού.
Ενώ ο γενετικός έλεγχος βελτιώνεται κάθε χρόνο, εξακολουθούν να υπάρχουν ορισμένοι κίνδυνοι. Οι δύο πιο κοινές γενετικές εξετάσεις, η χρόνια λάχνη και η αμνιοπαρακέντηση, αυξάνουν τον κίνδυνο αποβολής και, σε ορισμένες περιπτώσεις, μπορούν δυνητικά να βλάψουν το έμβρυο. Αυτός ο τύπος δοκιμών δεν είναι επίσης πάντα ακριβής. Τα έμβρυα που έχουν διαγνωστεί με ορισμένα προβλήματα μπορεί να γεννιούνται απολύτως υγιή και αυτά που πιστεύεται ότι είναι υγιή στη μήτρα μπορεί να μην είναι.