Υπάρχουν τόσο πλεονεκτήματα όσο και μειονεκτήματα στα ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία, αν και πολλοί υποστηρίζουν ότι οι θετικές πτυχές υπερτερούν των αρνητικών. Παρόλο που η επένδυση σε αυτό το είδος συστήματος είναι στην αρχή δαπανηρή, οι περισσότεροι υποστηρίζουν ότι με την πάροδο του χρόνου, αυτό το κόστος θα οδηγήσει σε μεγαλύτερη εξοικονόμηση τόσο για τους επαγγελματίες υγείας όσο και για τις εταιρείες ασφάλισης υγείας. Χρειάζεται επίσης πολύς χρόνος για να μετατραπούν οι έντυποι δίσκοι σε ηλεκτρονικά, αλλά αυτές οι εγγραφές είναι πολύ πιο εύκολο να εντοπιστούν και να αναζητηθούν μόλις ολοκληρωθεί. Ωστόσο, όλοι όσοι χρησιμοποιούν αυτές τις εγγραφές πρέπει να χρησιμοποιούν συμβατά συστήματα, διαφορετικά δεν μπορεί να κοινοποιηθεί καμία από τις πληροφορίες.
Η τήρηση ιατρικών αρχείων σε ηλεκτρονική μορφή μπορεί να εξοικονομήσει πολύ χώρο. Αντί να αποθηκεύονται τεράστια αρχεία χαρτιού σε ασθενείς, όλα τα αρχεία είναι ψηφιακά και αποθηκεύονται σε σκληρούς δίσκους ή/και σε εξωτερικά κέντρα δεδομένων. Αυτό αντιπροσωπεύει ένα μικρό ποσοστό του χώρου που απαιτείται για την αποθήκευση φυσικών εγγραφών. Επιπλέον, αν και δεν κάνουν ένα γραφείο εντελώς χωρίς χαρτί, τα ηλεκτρονικά αρχεία μειώνουν την ποσότητα χαρτιού που χρειάζονται τα ιατρικά γραφεία, τα νοσοκομεία και οι ασφαλιστικές εταιρείες.
Ένα άλλο πλεονέκτημα των ηλεκτρονικών ιατρικών αρχείων είναι η δυνατότητα όλων των μελών μιας ομάδας υγειονομικής περίθαλψης να συντονίζουν τη φροντίδα των ασθενών. Αυτό βοηθά στην αποφυγή περιττών επαναλαμβανόμενων δοκιμών, αποτρέπει τη συνταγογράφηση φαρμάκων που ενδέχεται να αλληλεπιδρούν άσχημα και επιτρέπει σε οποιονδήποτε στην ιατρική ομάδα να κατανοήσει τις προσεγγίσεις που ακολουθούνται για τη θεραπεία μιας πάθησης. Ένα άτομο με πολύπλοκα προβλήματα υγείας μπορεί να επισκεφθεί αρκετούς ειδικούς και μπορεί εύκολα να μπερδευτεί με αλληλοεπικαλυπτόμενες ή αντίθετες συμβουλές. Όταν οι ειδικοί και οι γιατροί πρωτοβάθμιας φροντίδας χρησιμοποιούν το ίδιο σύστημα, τότε όλοι στην ομάδα θα πρέπει να γνωρίζουν όλες τις ενέργειες και τις συστάσεις των άλλων μελών της ομάδας.
Τα ηλεκτρονικά αρχεία μπορούν επίσης να εξοικονομήσουν χρόνο. Ενώ οι εγγραφές στο παρελθόν μπορούσαν να αποστέλλονται με φαξ ή email, σε πολλές περιπτώσεις, υπήρχε γενικά χρόνος αναμονής. Όταν ένας επαγγελματίας ιατρός έχει άμεση πρόσβαση σε όλες τις πληροφορίες ενός ασθενούς, συμπεριλαμβανομένων πραγμάτων όπως ακτινογραφίες, εργαστηριακές εξετάσεις και πληροφορίες σχετικά με συνταγές ή αλλεργίες, έχει την εξουσία να ενεργήσει αμέσως. Αυτό μπορεί να είναι ιδιαίτερα χρήσιμο σε καταστάσεις έκτακτης ανάγκης όπου ένας ασθενής δεν μπορεί να απαντήσει σε ερωτήσεις σχετικά με το ιατρικό του ιστορικό λόγω ακραίας ασθένειας ή τραυματισμού.
Πολλοί επαγγελματίες υγείας έχουν χειρόγραφο που μπορεί να είναι δύσκολο να διαβαστεί, και αν και αυτό είναι μια γενίκευση, η ασαφής γραφή μπορεί να οδηγήσει σε λάθη. Οι πληκτρολογημένες πληροφορίες είναι λιγότερο πιθανό να δημιουργήσουν σύγχυση. Τα ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία δεν αποκλείουν ωστόσο το περιστασιακό τυπογραφικό λάθος, το οποίο μπορεί να έχει και σοβαρές συνέπειες. Φυσικά, κάποιος πρέπει επίσης να εισάγει όλες τις παλιές πληροφορίες ενός ασθενούς στο σύστημα, κάτι που μπορεί να πάρει σημαντικό χρόνο και θα μπορούσε να προσθέσει περισσότερα σφάλματα στα αρχεία. Ένας γιατρός μπορεί επίσης να χρειαστεί να αφιερώσει επιπλέον χρόνο από το πολυάσχολο πρόγραμμά του για να εξετάσει αυτά τα δεδομένα.
Στην πραγματικότητα, μια ανησυχία σχετικά με τη χρήση ηλεκτρονικών ιατρικών αρχείων είναι ότι οι επαγγελματίες του ιατρικού τομέα μπορεί να έχουν μια σημαντική καμπύλη μάθησης όταν αυτά τα προγράμματα θα χρησιμοποιηθούν για πρώτη φορά. Ένας φτωχός δακτυλογράφος μπορεί πραγματικά να πάρει πολύ χρόνο για να εισάγει νέες πληροφορίες. Οι γιατροί συχνά πρέπει να είναι ιατρικοί υπάλληλοι του εαυτού τους, ειδικά κατά τη διάρκεια μιας επίσκεψης στο γραφείο, και κάποιος που αποσπάται από την τεχνολογία που προκαλεί σύγχυση μπορεί να μην είναι τόσο προσεκτικός στα συμπτώματα ή τις ανάγκες ενός ασθενούς.
Δεν υπάρχει ενιαία πηγή ή σύστημα για ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία στα περισσότερα μέρη, επομένως διαφορετικά νοσοκομεία και μεμονωμένοι κλινικοί γιατροί δεν χρησιμοποιούν όλοι το ίδιο πρόγραμμα. Αυτό διαγράφει το πλεονέκτημα της άμεσης ενημέρωσης για όλους στην ιατρική ομάδα, καθώς ένα πρόγραμμα μπορεί να μην συνδυάζεται με άλλο.
Ορισμένοι ασθενείς εκφράζουν την ανησυχία τους ότι οι ψηφιακές εγγραφές ενδέχεται να παραβιαστούν και να εκμεταλλευτούν άλλους. Δεδομένου ότι ένα από τα πρώτα ζητήματα της ιατρικής περίθαλψης είναι η εμπιστευτικότητα, μπορεί να παραμείνει σχετικά με το πόσα άτομα μπορεί να έχουν πρόσβαση σε όλα τα ιατρικά αρχεία ενός ατόμου. Η κακή χρήση ιδιωτικών ιατρικών πληροφοριών θα μπορούσε να δημιουργήσει προβλήματα σε όσους έχουν συνθήκες που επιθυμούν να διατηρήσουν ιδιωτικές.
Παρά αυτές τις ανησυχίες, πολλοί επαγγελματίες υγείας και νοσοκομεία προσπαθούν τώρα να μετατρέψουν τα αρχεία τους σε ηλεκτρονική μορφή. Ωστόσο, παραμένει ασαφές πόσος χρόνος θα χρειαστεί για να ενημερωθούν παλιά αρχεία με μακρύ ιατρικό ιστορικό. Δεν είναι επίσης σαφές πότε ή εάν θα είναι δυνατό για τα διαφορετικά συστήματα να επικοινωνούν μεταξύ τους.