Η κύρια ανησυχία για την υγεία που σχετίζεται με το γκουάνο νυχτερίδας είναι η ιστοπλάσμωση. Αυτή η αερομεταφερόμενη ασθένεια προέρχεται από έναν μύκητα που βρίσκεται σε περιττώματα νυχτερίδων. Μπορεί να επηρεάσει το αναπνευστικό σύστημα οποιουδήποτε ανθρώπου αναπνέει αέρα που έχει εκτεθεί σε αυτό. Το σώμα είναι τυπικά ικανό να καταπολεμήσει αυτήν την ασθένεια, ωστόσο, άτομα με εξασθενημένο ανοσοποιητικό σύστημα μπορεί να χρειάζονται φαρμακευτική αγωγή για θεραπεία.
Οι νυχτερίδες επιλέγουν συχνά να ξαπλώσουν στις σοφίτες και να ανοίγουν δοκάρια σπιτιών και αχυρώνων. Κοιμούνται τη μέρα, κυνηγούν τη νύχτα και μπορούν να δημιουργήσουν εκτεταμένες φωλιές ζευγαρώνοντας και γεννώντας μικρά μετά από μερικές εποχές. Το γκουάνο νυχτερίδας που αφήνουν πίσω τους, τόσο εντός των ανώτερων περιοχών του σπιτιού όσο και στο έδαφος έξω, είναι πολύ τοξικό για τον άνθρωπο εάν διαταραχθεί.
Η ιστοπλάσμωση μπορεί να ζήσει πάνω από γκουάνο νυχτερίδας ή σε έδαφος που έχει εκτεθεί σε περιττώματα. Όταν το γκουάνο αναδεύεται με οποιονδήποτε τρόπο, ο μύκητας γίνεται γρήγορα στον αέρα. Μπορεί να κυκλοφορήσει στον αναπνεύσιμο αέρα ενός σπιτιού ή κτιρίου και να μολύνει τους πνεύμονες οποιουδήποτε ατόμου που το εισπνέει.
Η ασθένεια τυπικά απαιτεί μια περίοδο περίπου δέκα ημερών για να βλαστήσει και να αρχίσει να εμφανίζει συμπτώματα. Οι πάσχοντες τείνουν να παραπονιούνται για πυρετό, πόνους στο στήθος, βήχα, πονοκέφαλο και απώλεια όρεξης. Το ανοσοποιητικό σύστημα του σώματος είναι γενικά ικανό να καταπολεμήσει την ασθένεια και να βιώσει πλήρη ανάκαμψη μέσα σε λίγες εβδομάδες. Εκείνοι με εξασθενημένο ανοσοποιητικό σύστημα, όπως άτομα που είναι ήδη άρρωστα από άλλη ασθένεια ή έχουν μολυνθεί από AIDS, μπορεί να χρειαστούν θεραπεία που περιλαμβάνει φαρμακευτική αγωγή και νοσηλεία.
Πολλές χώρες, συμπεριλαμβανομένων των ΗΠΑ, προστατεύουν τις νυχτερίδες ως είδος υπό εξαφάνιση και δεν επιτρέπουν την εξόντωσή τους κατά τη διαδικασία απομάκρυνσης. Οι ιδιοκτήτες σπιτιού μπορεί να επιθυμούν να επικοινωνήσουν με έναν επαγγελματία εξολοθρευτή που μπορεί να αφαιρέσει εντελώς την προσβολή χωρίς να σκοτώσει τα ζώα. Θα πρέπει να σφραγίσουν αμέσως τυχόν εναπομείναντα ανοίγματα στη σοφίτα ή τις δοκούς του σπιτιού μόλις ολοκληρωθεί αυτό για να αποτρέψουν την επιστροφή των ζώων. Ορισμένες από αυτές τις υπηρεσίες χρεώνουν επίσης ένα τέλος για την απομάκρυνση των απορριμμάτων των ζώων.
Το γκουάνο της νυχτερίδας είναι τοξικό μόνο εάν διαταραχθεί και θα διαλυθεί από μόνο του ακίνδυνα στον αέρα εάν αφεθεί ανέγγιχτο μετά από δύο έως τρία χρόνια. Εάν η προσβολή συνέβη σε ένα μέρος του σπιτιού που μπορεί να σφραγιστεί από τους ενοίκους ή σε ένα σπάνια χρησιμοποιούμενο εξάρτημα, τότε μπορεί να είναι ωφέλιμο να μην αφαιρεθούν καθόλου τα περιττώματα. Οι περισσότερες περιπτώσεις ασθένειας από την έκθεση σε αυτό το είδος απορριμμάτων συμβαίνουν μετά τον καθαρισμό και την απομάκρυνση μιας φωλιάς ή του χώματος κοντά σε μια φωλιά. Εάν ένας ιδιοκτήτης σπιτιού προτιμά να καθαρίσει την περιοχή, θα πρέπει να φορά μια μάσκα προσώπου που μπορεί να φιλτράρει σωματίδια τόσο μικρά όσο ένα χιλιοστό του μικρού. Θα πρέπει να χρησιμοποιήσει μια ηλεκτρική σκούπα με ένα φίλτρο αέρα υψηλής απόδοσης για να απομακρύνει τα απόβλητα και να τα πετάξει αμέσως σε μια σφραγισμένη σακούλα σκουπιδιών.