Οι νυχτερίδες είναι ωφέλιμα ζώα, αλλά μπορούν να προκαλέσουν μεγάλα προβλήματα όταν μετακομίζουν σε ένα σπίτι. Η ασθένεια είναι ένας μεγάλος κίνδυνος μόλυνσης από νυχτερίδες, συμπεριλαμβανομένης της ιστοπλάσμωσης από την αναπνοή των απορριμμάτων τους, γνωστά ως γκουάνο, και του κινδύνου λύσσας από το χειρισμό μολυσμένων νυχτερίδων. Η αφαίρεση και ο καθαρισμός της νυχτερίδας πρέπει να γίνεται από ειδικό. Υπάρχουν τρόποι που οι ιδιοκτήτες σπιτιού μπορούν να αποτρέψουν έναν αρχικό αποικισμό νυχτερίδων ή μελλοντικές προσβολές.
Λιγότερο από το ένα τοις εκατό του πληθυσμού των νυχτερίδων φέρει τον ιό της λύσσας. Κάθε επαφή με νυχτερίδες πρέπει να αποφεύγεται, καθώς οι λυσσασμένες νυχτερίδες δεν παρουσιάζουν πάντα ασυνήθιστη συμπεριφορά. Η ιστοπλάσμωση είναι μια ασθένεια των πνευμόνων που προκαλείται από την αναπνοή ενός μύκητα που υπάρχει στα κόπρανα νυχτερίδας ή πτηνών. Το γκουάνο και τα ούρα της νυχτερίδας μπορούν επίσης να προκαλέσουν δομική βλάβη στο σπίτι. Μια νυχτερίδα που βρέθηκε σε εσωτερικό χώρο πιθανώς σημαίνει ότι θα πρέπει να γίνει αφαίρεση νυχτερίδας.
Οι ιδιοκτήτες σπιτιού που βρίσκουν ένα ρόπαλο μέσα στο σπίτι ενθαρρύνονται έντονα να μην το αγγίζουν με γυμνά χέρια. Τα βαριά δερμάτινα γάντια θα προστατεύσουν από τα δαγκώματα. Ένα δίχτυ ή μια πετσέτα μπορεί να πεταχτεί απαλά πάνω από το ρόπαλο για να το πιάσει. Εάν είναι σε μια κουρτίνα ή σε άλλη κάθετη επιφάνεια, ένα κουτί ή μπορεί να τοποθετηθεί πάνω από το ρόπαλο και μια επίπεδη σανίδα ή ένα κομμάτι χαρτόνι γλιστρήσει από κάτω. Το τοπικό τμήμα υγείας ή ο έλεγχος ζώων μπορεί να βοηθήσει στην υποβολή της νυχτερίδας για τεστ λύσσας.
Δεδομένου ότι πολλά είδη νυχτερίδων προστατεύονται, η εξόντωση είναι παράνομη σε πολλές περιοχές. Η αφαίρεση νυχτερίδων επιτυγχάνεται καλύτερα με αποκλεισμό και θα πρέπει να αποφεύγεται μεταξύ Μαΐου και Αυγούστου, όταν είναι πιθανό να υπάρχουν βρέφη νυχτερίδες που δεν μπορούν να πετάξουν. Ένας ειδικός θα επιθεωρήσει πρώτα διεξοδικά τη δομή για να δει πού μπαίνουν και πού βγαίνουν οι νυχτερίδες. Οι νυχτερίδες μπορούν να στριμώξουν μέσα από ανοίγματα τόσο μικρά όσο 1/2 ίντσας (1.27 cm), επομένως η επιθεώρηση πρέπει να καλύπτει όλα τα αετώματα, τις οπές αερισμού και τις προεξοχές του κτιρίου.
Μόλις εντοπιστούν προσβάσιμα ανοίγματα, μπορούν να εγκατασταθούν συσκευές μονόδρομου πτερυγίου κατασκευασμένες από πλαστικό ή δίχτυ που επιτρέπουν στις νυχτερίδες να βγαίνουν αλλά όχι να ξαναμπούν. Όταν ολοκληρωθεί η αφαίρεση της νυχτερίδας, οι συσκευές μπορούν να αφαιρεθούν και τα ανοίγματα να σφραγιστούν. Η αποκατάσταση του γκουάνο και η αποκατάσταση τυχόν ζημιών που προκαλούνται από τις νυχτερίδες μπορεί στη συνέχεια να ξεκινήσει. Η ασφάλιση μπορεί να καλύψει τον καθαρισμό και τη διαδικασία αποκλεισμού, καθώς τα ζώα δεν είναι τρωκτικά.
Η τακτική συντήρηση της δομής για τον εντοπισμό μικροσκοπικών οπών και ρωγμών όπου μπορούν να εισέλθουν οι νυχτερίδες θα τους βοηθήσει να μην επιστρέψουν. Οι αεραγωγοί του αετώματος μπορούν να μπλοκαριστούν με συρμάτινο δίχτυ και όλες οι ρωγμές πρέπει να σφραγίζονται με καλαφάτισμα. Μόλις η αφαίρεση της νυχτερίδας είναι επιτυχής, μπορεί να εγκατασταθεί ένα σπίτι για νυχτερίδες στην αυλή, εάν οι ιδιοκτήτες σπιτιού επιθυμούν να κρατήσουν τα ζώα γύρω για τις ικανότητές τους στον έλεγχο των εντόμων.