Υπάρχουν πολλές ασθένειες και καταστάσεις που σχετίζονται με τα μαστοκύτταρα, συμπεριλαμβανομένων των αλλεργιών και της αρθρίτιδας. Τα μαστοκύτταρα βρίσκονται στο σώμα όλων και συνήθως δρουν για να αποκρούσουν τους εισβολείς ως μέρος του ανοσοποιητικού συστήματος. Όσοι πάσχουν από ασθένεια που περιλαμβάνει αυτά τα κύτταρα μπορεί να αναπτύξουν μια αυτοάνοση διαταραχή, η οποία είναι όταν τα κύτταρα επιτίθενται στο ίδιο το σώμα. Οι αλλεργίες προκαλούνται επίσης από διαταραχές των μαστοκυττάρων, επειδή προκαλούν μια ισχυρή ανοσολογική απόκριση έναντι πραγμάτων που δεν αποτελούν απειλή.
Η ρευματοειδής αρθρίτιδα είναι μια από τις πιο κοινές ασθένειες που σχετίζονται με τα μαστοκύτταρα. Προκαλεί οίδημα, δυσκαμψία και μερικές φορές εξουθενωτικό πόνο στις αρθρώσεις. Αυτό συμβαίνει επειδή το σώμα αρχίζει να επιτίθεται στον χόνδρο που καλύπτει τις αρθρώσεις. Άλλες αυτοάνοσες διαταραχές μπορεί επίσης να εμφανιστούν λόγω της υπερπαραγωγής ιστιοκυττάρων, η οποία μπορεί να προκαλέσει φλεγμονή σε σχεδόν οποιοδήποτε σύστημα του σώματος.
Οι αλλεργικές αντιδράσεις είναι ένας άλλος τύπος ασθένειας που σχετίζεται με τα μαστοκύτταρα. Αυτά συμβαίνουν όταν το ανοσοποιητικό σύστημα αναγνωρίζει μια ξένη απειλή, ακόμη και όταν δεν υπάρχει. Άλλες φορές η απειλή είναι πραγματική, αλλά το ανοσοποιητικό σύστημα ανταποκρίνεται πολύ ισχυρότερα από όσο χρειάζεται. Αυτό είναι που οδηγεί σε φαγούρα στα μάτια, φτέρνισμα, υγρά μάτια, βήχα και συμφόρηση που σχετίζονται με αλλεργίες. Άλλα συμπτώματα είναι κνίδωση, δερματικό εξάνθημα, κνησμός, δυσκολία στην αναπνοή, ζάλη και πρήξιμο.
Οι παράγοντες που προκαλούν αλλεργίες ποικίλλουν και κάθε άτομο μπορεί να είναι αλλεργικό σε κάτι διαφορετικό. Η μούχλα, το ωίδιο, η γύρη, τα ακάρεα της σκόνης, τα οστρακοειδή και οι ξηροί καρποί είναι όλα κοινά αλλεργιογόνα. Ακόμη και εκείνοι που δεν είχαν εμφανίσει προηγουμένως συμπτώματα αλλεργίας μπορεί να αρχίσουν να τα έχουν και όσοι τα είχαν όλη τους τη ζωή μπορεί να αναπτύξουν νέα. Υπάρχουν διαθέσιμες θεραπείες για τη μείωση των συμπτωμάτων ή για την πλήρη μείωση της ανοσολογικής απόκρισης.
Άλλες ασθένειες που προκαλούνται από μαστοκύτταρα μπορεί να προκαλέσουν φλεγμονή στα όργανα και σε άλλα συστήματα του σώματος. Ένα παράδειγμα αυτού είναι ο λύκος, μια αυτοάνοση ασθένεια που προκαλεί χρόνια φλεγμονή. Πολλές από αυτές τις διαταραχές δεν είναι πλήρως κατανοητές και η διάγνωσή τους συνήθως γίνεται με μια διαδικασία αποκλεισμού άλλων καταστάσεων.
Το σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου είναι μια άλλη κακώς κατανοητή κατάσταση που μπορεί να σχετίζεται με τα μαστοκύτταρα. Χαρακτηρίζεται από μακροχρόνιες πεπτικές διαταραχές. Τα συμπτώματα μπορεί να περιλαμβάνουν αέρια, φούσκωμα, διάρροια, δυσκοιλιότητα, εναλλαγή μεταξύ διάρροιας και δυσκοιλιότητας, καούρα και έντονο κοιλιακό άλγος. Οι ερευνητές δεν είναι απολύτως βέβαιοι τι προκαλεί αυτή την πάθηση, αν και μπορεί να είναι ότι το ανοσοποιητικό σύστημα επιτίθεται στον πεπτικό σωλήνα. Η δίαιτα και μερικές φορές τα φάρμακα συχνά ανακουφίζουν τα συμπτώματα.