Ο πονόλαιμος είναι ένα κοινό σύμπτωμα αλλεργιών. Πολλοί άνθρωποι θα εμφανίσουν έναν επώδυνο, φαγούρα, πρησμένο λαιμό ενώ έχουν αλλεργική αντίδραση, αν και η σύνδεση μεταξύ αλλεργιών και πονόλαιμου ποικίλλει. Η πηγή της αντίδρασης μπορεί να είναι ερεθιστικά του περιβάλλοντος, όπως η γύρη ή η μούχλα. Σε αυτές τις περιπτώσεις, ο πονόλαιμος είναι συχνά υποπροϊόν της ρινικής συμφόρησης που σχετίζεται με την επίθεση. Οι τροφικές αλλεργίες μπορούν επίσης να προκαλέσουν μια αντίδραση στο σώμα που οδηγεί σε πονόλαιμο. αυτός ο τύπος αντίδρασης είναι τυπικά άμεσο αποτέλεσμα της ίδιας της αλλεργικής αντίδρασης.
Οι αλλεργίες και ο πονόλαιμος συνδέονται συχνά λόγω της συμφόρησης που συνοδεύει μια αντίδραση σε περιβαλλοντικά αλλεργιογόνα. Πολλές φορές πρόκειται για εποχιακές αλλεργίες όπως ο αλλεργικός πυρετός, αν και άλλοι ερεθιστικοί παράγοντες όπως το τρίχωμα των ζώων, ο καπνός του τσιγάρου ή η ρύπανση μπορεί να έχουν το ίδιο αποτέλεσμα. Τα άτομα με αυτούς τους τύπους αλλεργιών συνήθως εμφανίζουν ρινική συμφόρηση, η οποία με τη σειρά της οδηγεί στην αποστράγγιση των κόλπων στο πίσω μέρος του λαιμού. Η συνεχής παρουσία αυτού του μεταρινικού σταγονιδίου ερεθίζει και ερεθίζει την επένδυση του λαιμού. Όσο η ρινική συμφόρηση επιμένει, ο ασθενής θα συνεχίσει τυπικά να έχει πονόλαιμο. Εάν αφεθεί χωρίς θεραπεία, η χρόνια συμφόρηση μπορεί να εξελιχθεί σε λοίμωξη, η οποία μπορεί να κάνει την κατάσταση ακόμη χειρότερη.
Μαζί με τη μετά τη ρινική ενστάλαξη, άλλες επιδράσεις της συμφόρησης των κόλπων μπορεί να προκύψουν από αλλεργίες και το αποτέλεσμα μπορεί να είναι ο πονόλαιμος. Εάν το άτομο δεν μπορεί να αναπνεύσει από τη μύτη του, μπορεί να αναγκαστεί να αναπνεύσει από το στόμα, ιδιαίτερα όταν κοιμάται. Η εισπνοή αέρα με αυτόν τον τρόπο μπορεί να στεγνώσει το λαιμό, με αποτέλεσμα να πονάει. Η υπερβολική βλέννα μπορεί επίσης να οδηγήσει σε βήχα, ο οποίος μπορεί να επιδεινώσει περαιτέρω τον λαιμό.
Οι τροφικές αλλεργίες και ο πονόλαιμος συχνά πάνε μαζί, αν και σε αντίθεση με τους περιβαλλοντικούς παράγοντες, είναι η ίδια η αλλεργική αντίδραση που συνήθως προκαλεί άμεσα τον πόνο. Όταν ένα άτομο τρώει ένα τρόφιμο στο οποίο είναι αλλεργικό, αναπτύσσονται αντισώματα στο σώμα και προσκολλώνται σε κύτταρα που ονομάζονται μαστοκύτταρα. Την επόμενη φορά που θα καταναλωθεί το φαγητό, αλληλεπιδρά με τα αντισώματα στα μαστοκύτταρα, τα οποία με τη σειρά τους διεγείρουν τα ιστιοκύτταρα να εκπέμπουν ουσίες όπως η ισταμίνη για να επιτεθούν στην αντιληπτή απειλή. Δεδομένου ότι τα μαστοκύτταρα είναι κοινά στον ιστό του λαιμού και τα κύτταρα εκτίθενται σε τροφή εκεί όταν καταπίνεται, ο πονόλαιμος είναι συχνά αποτέλεσμα αυτού του τύπου αντίδρασης.