Μια μεγάλη ποικιλία ασθενειών μπορεί να επηρεάσει τα φυτά βατόμουρου, συμπεριλαμβανομένων των διαφορετικών ειδών προσβολής, του βοτρύτη από ζαχαροκάλαμο, της ανθρακνόζης, της μπούκλας των φύλλων, της νόσου του μωσαϊκού και της φλεβικής χλώρωσης. Ορισμένες από αυτές τις ασθένειες του βατόμουρου προκαλούνται από έναν διεισδυτικό μύκητα, ενώ άλλες είναι ιογενούς φύσης. Οι ειδικοί συνιστούν την αγορά φυτών που είναι πιστοποιημένα ότι είναι απαλλαγμένα από ιούς, λόγω της ιδιαίτερης ευαισθησίας του φυτού βατόμουρου σε ιογενείς ασθένειες.
Πολλές ασθένειες του βατόμουρου προέρχονται από την παρουσία ενός μύκητα που επηρεάζει αρνητικά συγκεκριμένες περιοχές του φυτού. Στην περίπτωση της λοίμωξης από ζαχαροκάλαμο, ο μύκητας εισέρχεται στη θέση ενός τραύματος στο κλαδί που μπορεί να έχει προκληθεί από βλάβη από έντομα, κλάδεμα ή τραυματισμό κατά τη μεταφύτευση. Αυτή η ασθένεια εμφανίζεται συχνότερα στα μαύρα σμέουρα. Ο βοτρύτης του ζαχαροκάλαμου επηρεάζει τα παλαιότερα φύλλα του φυτού με καφέ κηλίδες ή γκριζωπές ραβδώσεις. Σε πιο προχωρημένα στάδια, το φυτό θα αναπτύξει σκούρες πληγές που μοιάζουν με φουσκάλες. Η ανθρακνόζη προκαλεί μοβ ή κόκκινες κηλίδες στα φύλλα, τα κλαδιά, τους μίσχους ή τους καρπούς του φυτού βατόμουρου.
Το σπιρούνι, το οποίο επηρεάζει τα κλαδιά και τα φύλλα του φυτού βατόμουρου, συνήθως ξεκινά ως μόλυνση στις άκρες των φύλλων που εξαπλώνεται προς τα μέσα. Αυτή η κατάσταση είναι πιο κοινή στα κόκκινα σμέουρα και μπορεί να εμποδίσει την ανθοφορία των μπουμπουκιών. Η μαστίχα έχει διπλή αιτία, καθώς ο μύκητας που προκαλεί την ασθένεια επιτρέπεται να εισέλθει στο φυτό μέσω κατεστραμμένου ιστού που προκαλείται από προνύμφες σκνίπων. Είναι μια από τις ασθένειες του βατόμουρου που μπορεί να προκαλέσει δομική βλάβη στο φυτό. Η κηλίδα στα φύλλα αποδεικνύεται από μαυροπράσινες κηλίδες ή τρύπες στα φύλλα του φυτού, κατάσταση που μπορεί να μειωθεί με κατάλληλο κλάδεμα ή με χρήση μυκητοκτόνου.
Ορισμένες ασθένειες του βατόμουρου προκαλούνται από έναν ιό. Η μπούκλα των φύλλων εκδηλώνεται ως συστροφή και λεύκανση των κλαδιών και των φύλλων του φυτού βατόμουρου, με κάθε καρπό που παράγεται να είναι εξαιρετικά σπορώδης και ξηρός. Αυτή η κατάσταση εμφανίζεται συχνά λόγω μόλυνσης από μπαλώματα άγριου βατόμουρου. Η ασθένεια του μωσαϊκού είναι μεταξύ πολλών ασθενειών του βατόμουρου που επηρεάζουν τόσο τον καρπό όσο και τα φύλλα καθώς και μειώνουν το συνολικό μέγεθος του φυτού. Η χλώρωση των φλεβών οδηγεί στο έλασμα και την παραμόρφωση των φύλλων του βατόμουρου, καθώς και στη συνολική βράχυνση του φυτού.
Για την αποφυγή ή τον έλεγχο των ασθενειών του βατόμουρου με μυκητιακή προέλευση, οι ειδικοί συνιστούν τη διατήρηση των φυτών με άφθονη κυκλοφορία αέρα μέσω επαρκούς βοτανίσματος και κλαδέματος. Για τα φυτά που ποτίζονται μέσω ενός συστήματος άρδευσης, η αποφυγή μεγάλων χρονικών περιόδων υπερβολικής υγρασίας μπορεί να βοηθήσει στη μείωση της εισβολής μυκήτων. Τα μυκητοκτόνα μπορούν να βοηθήσουν στη διαχείριση μυκητιασικών ασθενειών μόλις εμφανιστούν. Μια πάθηση όπως η μυρμηγκιά αντιμετωπίζεται πιο αποτελεσματικά με ένα εντομοκτόνο.