Οι παρενέργειες των αντιόξινων περιλαμβάνουν δυσκοιλιότητα, πονοκέφαλο και αλλαγές στη διάθεση. Μπορεί επίσης να εμφανιστεί συχνουρία, απώλεια όρεξης και ακανόνιστος καρδιακός παλμός. Οι κύριοι τύποι αντιόξινων είναι τα αντιόξινα με βάση το ασβέστιο, το μαγνήσιο και το διττανθρακικό νάτριο. Τα αντιόξινα με βάση το ασβέστιο μπορεί να έχουν την παρενέργεια να προκαλέσουν αύξηση των επιπέδων ασβεστίου στο αίμα σε μη ασφαλή επίπεδα. Αυτή η κατάσταση είναι γνωστή ως υπερασβεστιαιμία και μπορεί να προάγει τον σχηματισμό πέτρας στα νεφρά.
Άλλες αντιόξινες παρενέργειες μπορεί να περιλαμβάνουν ζαλάδα, ζάλη και μυϊκό πόνο. Η υψηλή περιεκτικότητα σε νάτριο των αντιόξινων διττανθρακικού νατρίου μπορεί να προκαλέσει σημαντικό πρήξιμο των κάτω ποδιών, των αστραγάλων και των ποδιών και μπορεί επίσης να αυξήσει την αρτηριακή πίεση. Η ανησυχία μπορεί επίσης να είναι μια αντιόξινη παρενέργεια όπως και ο πόνος στα οστά. Σπάνια, οι παρενέργειες των αντιόξινων μπορεί να επηρεάσουν την καρδιά, προκαλώντας μη φυσιολογικό καρδιακό ρυθμό και ρυθμό. Εάν εμφανιστούν αίσθημα παλμών, πόνος στο στήθος ή δύσπνοια μετά τη λήψη αντιόξινων, θα πρέπει να αναζητηθεί επείγουσα ιατρική περίθαλψη.
Αν και τα αντιόξινα είναι ευρέως διαθέσιμα χωρίς ιατρική συνταγή, μπορούν να συμβάλουν σε ανεπιθύμητες αντιδράσεις σε άτομα που έχουν ορισμένες ιατρικές παθήσεις, όπως νεφρικά προβλήματα, υπέρταση και προβλήματα με τους παραθυρεοειδείς αδένες. Οι περισσότερες ανεπιθύμητες ενέργειες των αντιόξινων είναι προσωρινές και υποχωρούν μόλις το άτομο σταματήσει να παίρνει τα αντιόξινα. Ο πάροχος υγειονομικής περίθαλψης πρέπει να ειδοποιείται όταν εμφανίζονται παρενέργειες αντιόξινων, ώστε να μπορεί να αξιολογήσει τη σοβαρότητα των παρενεργειών.
Τα αντιόξινα χρησιμοποιούνται συνήθως για τη θεραπεία της παλινδρόμησης οξέος ή της καούρας. Μερικές φορές, τα αντιόξινα με βάση το ασβέστιο χορηγούνται σε μετεμμηνοπαυσιακές γυναίκες για να μειώσουν τον κίνδυνο οστεοπόρωσης και να αυξήσουν τα επίπεδα ασβεστίου ορού τους. Όταν χορηγούνται αντιόξινα για αυτόν τον λόγο, ο πάροχος υγειονομικής περίθαλψης θα πρέπει να παρακολουθεί τα επίπεδα ασβεστίου στον ορό, ειδικά όταν τα συμπληρώματα ασβεστίου συγχορηγούνται με βιταμίνη D. Η λήψη βιταμίνης D ενισχύει την απορρόφηση του ασβεστίου στην κυκλοφορία του αίματος και μπορεί να αυξήσει περαιτέρω τα επίπεδα ασβεστίου στον ορό σε ανθυγιεινές τιμές .
Οι άνθρωποι θα πρέπει να σταματήσουν να χρησιμοποιούν συνήθως αντιόξινα εάν εμφανίσουν υπερασβεστιαιμία ή πολύ αυξημένα επίπεδα ασβεστίου στο αίμα. Όταν εμφανιστεί υπερασβεστιαιμία, ο πάροχος υγειονομικής περίθαλψης θα συστήσει γενικά στο άτομο να αυξήσει την πρόσληψη υγρών και να σταματήσει να παίρνει το αντιόξινο με βάση το ασβέστιο. Τα αντιόξινα με βάση το αλουμίνιο ή το μαγνήσιο μπορεί να συνιστώνται ως εναλλακτικές λύσεις, αλλά αυτά δεν θα πρέπει να λαμβάνονται εκτός εάν δοθούν οδηγίες από τον πάροχο υγειονομικής περίθαλψης.
Τα αντιόξινα με βάση το μαγνήσιο είναι αποτελεσματικά στην ανακούφιση των συμπτωμάτων της γαστροοισοφαγικής παλινδρόμησης ή της ΓΟΠ, αλλά μπορεί να προκαλέσουν αντιόξινα παρενέργειες όπως διάρροια. Ο πάροχος υγειονομικής περίθαλψης θα πρέπει να ειδοποιείται όταν λαμβάνει ένα αντιόξινο με βάση το μαγνήσιο, επειδή μπορεί να μην είναι κατάλληλο για εκείνους που έχουν ορισμένες ιατρικές παθήσεις ή που λαμβάνουν ορισμένα φάρμακα.