Η προγεστερόνη, μια στεροειδής ορμόνη C-21 που παράγεται στις ωοθήκες, δρα ως καταλύτης για την έναρξη της εμμήνου ρύσεως της γυναίκας ή του εμμηνορροϊκού κύκλου. Η επίδραση της προγεστερόνης στην έμμηνο ρύση προέρχεται από την αναστολή της από μια άλλη ορμόνη, την ορμόνη απελευθέρωσης γοναδοτροπίνης (GnRH). Ο μέσος εμμηνορροϊκός κύκλος διαρκεί 28 ημέρες και περίπου τη δεύτερη έως την τρίτη εβδομάδα του κύκλου, που ονομάζεται ωχρινική φάση, τα επίπεδα προγεστερόνης αυξάνονται γρήγορα στο γυναικείο σύστημα. Τα υψηλά επίπεδα προγεστερόνης καλύπτουν το ενδομήτριο στη μήτρα σε μια φιλόξενη επένδυση για να εμφυτευτεί και να αναπτυχθεί ένα έμβρυο. Εάν δεν συμβεί εμφύτευση, η GnRH καταστέλλει την προγεστερόνη μέσω ενός βρόχου αρνητικής ανάδρασης και η πτώση στην παραγωγή προγεστερόνης προκαλεί την αποβολή του ενδομητρίου.
Η επίδραση της προγεστερόνης στην έμμηνο ρύση προκαλεί φυσιολογική εμμηνορροϊκή αιμορραγία ή αιμορραγία απόσυρσης προγεστερόνης. Η μείωση της προγεστερόνης στην αρχή του κύκλου μιας γυναίκας ενθαρρύνει την αποβολή του ενδομητρίου επειδή τα υψηλά επίπεδα προγεστερόνης μειώνουν τη συσταλτικότητα του μυός της μήτρας. Καθώς τα επίπεδα πέφτουν, εάν δεν έχει γίνει γονιμοποίηση, η μήτρα αρχίζει να κράμπει επειδή η προγεστερόνη δεν αναστέλλει τη συστολή της. Αυτό είναι μέρος του ίδιου μηχανισμού που προκαλεί συσπάσεις όταν μια γυναίκα είναι έτοιμη να γεννήσει ένα μωρό. Στο τέλος της εγκυμοσύνης, τα επίπεδα προγεστερόνης πέφτουν, τα οποία στη συνέχεια ξεκινούν τον τοκετό.
Η παραγωγή προγεστερόνης στις ωοθήκες ξεκινά από μια τρίτη ορμόνη που σχετίζεται με την έμμηνο ρύση, που ονομάζεται ωχρινοτρόπος ορμόνη (LH). Η επίδραση της προγεστερόνης στην έμμηνο ρύση αρχίζει όταν η υπόφυση αρχίζει να παράγει LH, η οποία προκαλεί την αύξηση της προγεστερόνης κατά την ωχρινική φάση. Κατά τη διάρκεια αυτής της φάσης, η ενεργοποιημένη LH πυροδοτεί την απελευθέρωση ενός ωαρίου από το ωοθυλάκιο, που ονομάζεται ωορρηξία. Κάτω από τη συνεχή κατεύθυνση της LH, το ωοθυλάκιο χωρίς ωάριο σχηματίζεται στο ωχρό σωμάτιο και είναι το ωχρό σωμάτιο που είναι ο ειδικός γεννήτρια προγεστερόνης μέσα στην ωοθήκη. Αυτή η δομή συνεχίζει να παράγει προγεστερόνη έως ότου τα επίπεδα είναι αρκετά υψηλά ώστε να αναστείλουν την GnRH, η οποία, σύμφωνα με τον βρόχο αρνητικής ανάδρασης, προκαλεί πτώση των επιπέδων προγεστερόνης, προκαλώντας έμμηνο ρύση.
Λόγω των μελετημένων επιδράσεων της προγεστερόνης στην έμμηνο ρύση, τα αντισυλληπτικά χάπια (BCPs) είναι μια αξιόπιστη μορφή ελέγχου των γεννήσεων. Τα περισσότερα BCP περιέχουν προγεστερόνη ή ουσίες που μοιάζουν με προγεστερόνη που ρυθμίζουν τον κύκλο της γυναίκας και διασφαλίζουν ότι η GnRH αναστέλλεται την κατάλληλη στιγμή για να αποτραπεί το κύμα της LH στο μεσαίο κύκλο, που εμποδίζει την ωορρηξία. Η γονιμοποίηση και η εγκυμοσύνη είναι αδύνατες σε αυτήν την περίπτωση, επειδή δεν απελευθερώνεται ωάριο από το ωοθυλάκιο που θα μπορούσε να εξελιχθεί σε έμβρυο.