Η προγεστερόνη και ο εμμηνορροϊκός κύκλος συνδέονται στενά, επειδή η έμμηνος ρύση δεν θα μπορούσε να συμβεί χωρίς αυτήν την ορμόνη. Η προγεστερόνη συνεργάζεται με τα οιστρογόνα για να πυκνώσει την επένδυση της μήτρας και μια ξαφνική πτώση της προγεστερόνης προκαλεί την αποβολή της κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως εάν δεν συμβεί εγκυμοσύνη. Αυτή η ορμόνη είναι επίσης σημαντική όταν συμβαίνει εγκυμοσύνη, επειδή τα υψηλά επίπεδα προγεστερόνης εξασφαλίζουν τη σωστή ανάπτυξη του εμβρύου. Επιπλέον, μια ανισορροπία μεταξύ προγεστερόνης και οιστρογόνων μπορεί να οδηγήσει σε προεμμηνορροϊκό σύνδρομο (PMS). Ορισμένες γυναίκες χρησιμοποιούν τη σχέση μεταξύ της προγεστερόνης και του εμμηνορροϊκού κύκλου προς όφελός τους, επειδή αυτή η ορμόνη μπορεί να αποτρέψει και να βελτιώσει μια εγκυμοσύνη όταν υπάρχουν διαφορετικές ποσότητες.
Κατά τη διάρκεια της ωοθυλακικής φάσης της εμμήνου ρύσεως, τα επίπεδα τόσο της προγεστερόνης όσο και των οιστρογόνων είναι αρκετά χαμηλά, αλλά αυξάνονται μετά, τα οιστρογόνα κατά τη φάση της ωορρηξίας και η προγεστερόνη κατά την ωχρινική φάση. Καθώς ένα νέο ωάριο ωριμάζει στο ωοθυλάκιο, η προγεστερόνη και τα οιστρογόνα βοηθούν στην πάχυνση της επένδυσης της μήτρας σε περίπτωση εγκυμοσύνης, έτσι ώστε ένα έμβρυο να μπορεί να εμφυτευτεί σωστά. Επιπλέον, το επίπεδο προγεστερόνης παραμένει υψηλό για να επιτρέψει στο έμβρυο να αναπτυχθεί σωστά και να αφήσει το αίμα να κυκλοφορεί μέσα στη μήτρα. Μια άλλη δουλειά αυτής της ορμόνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης είναι να δημιουργήσει το βύσμα βλέννας που προστατεύει το έμβρυο από τα βακτήρια που εισέρχονται στη μήτρα. Η έλλειψη αυτής της ορμόνης μπορεί να οδηγήσει σε αποβολή, γι’ αυτό και η προγεστερόνη και ο εμμηνορροϊκός κύκλος είναι και τα δύο σημαντικά για τις γυναίκες που επιθυμούν να φέρουν ένα μωρό μέχρι τη λήξη.
Τα επίπεδα προγεστερόνης αυξάνονται μετά την ωορρηξία και εάν δεν συμβεί εγκυμοσύνη, τα επίπεδα προγεστερόνης πέφτουν ξαφνικά, προκαλώντας την αποβολή του βλεννογόνου της μήτρας κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως. Λίγο πριν από την πτώση της προγεστερόνης, όμως, πολλές γυναίκες υποφέρουν από προεμμηνορροϊκό σύνδρομο, το οποίο είναι αποτέλεσμα μιας ανισορροπίας των ορμονών. Το επίπεδο προγεστερόνης συχνά αυξάνεται σε αυτό το σημείο, γεγονός που μπορεί να κάνει τις γυναίκες να αισθάνονται πιο πεινασμένες από το συνηθισμένο. Πολλές γυναίκες παραπονιούνται επίσης για φούσκωμα λίγο πριν την έμμηνο ρύση ως αποτέλεσμα της τάσης της προγεστερόνης να κάνει τα νεφρά να αποθηκεύουν νερό και αλάτι. Επιπλέον, οι γυναίκες συχνά παρατηρούν μεγαλύτερα, πιο σφιχτά στήθη επειδή ο ιστός μεγαλώνει ως αποτέλεσμα αυτής της ορμόνης, κάτι που είναι απλώς ένας άλλος τρόπος με τον οποίο η προγεστερόνη λειτουργεί μαζί με τον εμμηνορροϊκό κύκλο, ακόμη και αφού δεν έχει συμβεί εγκυμοσύνη.
Μερικές γυναίκες εκμεταλλεύονται τη σχέση μεταξύ της προγεστερόνης και του εμμηνορροϊκού κύκλου προσθέτοντας περισσότερη από αυτή τη γυναικεία ορμόνη στο σώμα τους για να επιτύχουν διάφορα αποτελέσματα. Για παράδειγμα, ορισμένες γυναίκες μπορούν να βοηθήσουν στην πρόληψη της αποβολής που προκύπτει από τα χαμηλά επίπεδα προγεστερόνης παίρνοντας χάπια, ενέσεις ή υπόθετα που περιέχουν αυτήν την ορμόνη. Άλλες γυναίκες που προσπαθούν να αποτρέψουν την εγκυμοσύνη χρησιμοποιούν αντισυλληπτικά χάπια μόνο με προγεστερόνη, τα οποία μπορούν να πυκνώσουν τη βλέννα του τραχήλου της μήτρας και έτσι είναι δύσκολο για το σπέρμα να φτάσει στον τράχηλο της μήτρας. Μπορεί επίσης να λεπτύνει την επένδυση της μήτρας, επειδή μια αύξηση αυτής της ορμόνης που ακολουθείται από μια ξαφνική μείωση εμποδίζει το βλεννογόνο να γίνει πολύ παχύ. Τα αντισυλληπτικά χάπια που περιέχουν μόνο προγεστερόνη έχουν λιγότερες παρενέργειες από τα χάπια συνδυασμού που περιέχουν επίσης οιστρογόνα, καθιστώντας τα ελκυστικά για ορισμένες γυναίκες. Οι γυναίκες πρέπει να καθορίσουν την καλύτερη θεραπεία με βάση τις συμβουλές και την επίβλεψη των γιατρών τους.