Στα κλίματα όπου καλλιεργείται συχνότερα η κολοκύθα, η κολοκύθα αναπτύσσεται κατά τους ζεστούς καλοκαιρινούς μήνες και συλλέγεται στις αρχές του φθινοπώρου πριν από τον πρώτο παγετό. Τα κολοκυθάκια Butternut είναι έτοιμα για συγκομιδή όταν αποκτήσουν πλήρες μέγεθος και η φλούδα τους γίνει από πράσινη σε καστανή. Η διασφάλιση ότι οι φλούδες είναι ώριμες πριν από τη συγκομιδή της κολοκυθιάς είναι πολύ σημαντικό, επειδή η σκληρή φλούδα επιτρέπει τη μακρά αποθήκευση. Όταν η κολοκύθα είναι έτοιμη για συγκομιδή, θα πρέπει να αφαιρεθεί από το αμπέλι, να καθαριστεί και να αποθηκευτεί σε δροσερό, ξηρό μέρος.
Παρά το γεγονός ότι ονομάζεται «χειμωνιάτικη κολοκύθα», η κολοκύθα βουτύρου δεν αναπτύσσεται σε χαμηλές θερμοκρασίες. Τα φυτά μεγαλώνουν και οι καρποί αναπτύσσονται κατά τους ζεστούς καλοκαιρινούς μήνες, και η κολοκυθιά πρέπει να μαζεύεται πριν αρχίσει ο πιο δροσερός καιρός και φέρει παγετό. Το μόνο που χρειάζεται είναι ένας παγετός για να σκοτωθούν τα φυτά και να καταστραφεί η απόδοση τους, επομένως η έγκαιρη συγκομιδή της κολοκυθιάς είναι απαραίτητη.
Τα κολοκυθάκια Butternut έχουν μαλακό δέρμα με πράσινες ρίγες ενώ μεγαλώνουν και είναι ακόμα ανώριμα. Η συγκομιδή της κολοκυθιάς ενώ η φλούδα είναι ακόμα μαλακή και πράσινη θα έχει ως αποτέλεσμα τη σκληρή, άοσμη σάρκα, επειδή οι καρποί είναι ακόμη υπανάπτυκτοι. Αντίθετα, η κολοκυθιά θα πρέπει να συλλέγεται όταν οι φλούδες έχουν γίνει εντελώς από γυαλιστερό πράσινο σε ματ, μέτριο μαύρισμα. Επιπλέον, τα δέρματα πρέπει να είναι σκληρά και ανθεκτικά στο ξύσιμο από το νύχι πριν τη συγκομιδή τους. Τα στελέχη πρέπει να είναι παχιά και σκληρά και να δείχνουν ετοιμότητα για συγκομιδή όταν αρχίσουν να σκουραίνουν από πράσινο σε καφέ.
Η ώριμη κολοκύθα βουτύρου που είναι έτοιμη για συγκομιδή θα πρέπει να αφαιρεθεί προσεκτικά από το αμπέλι, αφήνοντας 1–2 ίντσες (2.5–5 cm) στελέχους συνδεδεμένο με την κολοκύθα. Αν δεν αφήσετε κάποιο στέλεχος συνδεδεμένο θα έχει ως αποτέλεσμα ένα μαλακό σημείο στον καρπό που μπορεί να προσκαλέσει έντομα ή βακτήρια που προκαλούν πρόωρη αποσύνθεση. Κατά τη συγκομιδή της κολοκυθιάς, τυχόν καρποί με κοψίματα, μαλακές κηλίδες, μώλωπες ή βλαστούς που λείπουν θα πρέπει να αφεθούν στην άκρη. Αυτά τα δείγματα εξακολουθούν να είναι βρώσιμα, αλλά πρέπει να καταναλωθούν πρώτα γιατί είναι πιθανό να σαπίσουν γρήγορα και να μην αποθηκεύονται καλά. Το σάπιο σκουός που αποθηκεύεται ανάμεσα σε υγιή σκουός μπορεί να επισπεύσει την καταστροφή ολόκληρης της συγκομιδής.
Μετά τη συγκομιδή της κολοκυθιάς, τα υγιή, ώριμα φρούτα μπορούν να αποθηκευτούν σε δροσερό, ξηρό μέρος για αρκετούς μήνες. Τα υπόγεια ή τα ριζικά κελάρια είναι συχνά καλές επιλογές, αρκεί να μην είναι επιρρεπείς στην υγρασία ή την υγρασία τους χειμερινούς μήνες. Θερμοκρασίες περίπου 50–55 βαθμών Φαρενάιτ (περίπου 10–13 βαθμοί Κελσίου) είναι ιδανικές για την αποθήκευση κολοκυθιού.