Οι περισσότεροι ασθενείς που λαμβάνουν βήτα σιτοστερόλη δεν θα παρουσιάσουν παρενέργειες. Άλλοι μπορεί να εμφανίσουν ήπιες παρενέργειες που συνήθως περιορίζονται σε γαστρεντερική δυσφορία. Ασθενείς με ορισμένες προϋπάρχουσες παθήσεις, ωστόσο, μπορεί να εμφανίσουν σοβαρές παρενέργειες που μπορεί να οδηγήσουν ή να επιδεινώσουν την καρδιακή νόσο. Όπως με κάθε φάρμακο, μια αλλεργική αντίδραση είναι μία από τις πιθανές παρενέργειες της βήτα σιτοστερόλης και απαιτεί άμεση ιατρική θεραπεία.
Οι πιο συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες επηρεάζουν το πεπτικό σύστημα του ασθενούς και συνήθως εμφανίζονται μόνο σε ασθενείς που λαμβάνουν περισσότερη βήτα σιτοστερόλη από αυτή που συνιστούν οι γιατροί. Αυτές οι επιδράσεις μπορεί να περιλαμβάνουν κράμπες, δυσπεψία, υπερβολικά αέρια και ναυτία. Οι ασθενείς μπορεί επίσης να εμφανίσουν είτε δυσκοιλιότητα είτε διάρροια ως αποτέλεσμα της λήψης αυτού του συμπληρώματος. Ο έμετος δεν παρατηρείται γενικά με τη χρήση βήτα σιτοστερόλης, αν και οι ασθενείς που είναι επιρρεπείς σε έμετο μπορεί να το κάνουν κατά την έναρξη της ναυτίας. Ως επί το πλείστον, οι ασθενείς που αντιμετωπίζουν αυτές τις πιθανές παρενέργειες δεν ενοχλούνται σοβαρά από αυτές και συνεχίζουν να λαμβάνουν το συμπλήρωμα όπως συνταγογραφήθηκε.
Οι άνδρες μπορεί επίσης να εμφανίσουν σεξουαλικές παρενέργειες της βήτα σιτοστερόλης. Αυτό το συμπλήρωμα είναι γνωστό ότι μειώνει τη σεξουαλική ορμή και προκαλεί στυτική δυσλειτουργία. Αυτά τα συμπτώματα υποχωρούν όταν ο ασθενής σταματήσει να παίρνει βήτα σιτοστερόλη και γενικά δεν προκαλεί ανησυχία, ειδικά εάν ο ασθενής λαμβάνει αυτό το συμπλήρωμα μόνο για σύντομο χρονικό διάστημα.
Η βήτα σιτοστερόλη μπορεί επίσης να θέσει σε κίνδυνο την ικανότητα του ασθενούς να απορροφά τόσο τη βιταμίνη Ε όσο και τις καροτίνες. Αυτές οι παρενέργειες της βήτα σιτοστερόλης μπορεί να προκαλέσουν νευρολογικά προβλήματα ή μακροχρόνιες επιπλοκές στην υγεία. Και οι δύο αυτές πιθανές επιδράσεις οφείλονται στην ανεπάρκεια βιταμινών και όχι στην ίδια τη βήτα σιτοστερόλη και μπορούν να διορθωθούν με τη λήψη συμπληρωμάτων βιταμίνης Ε και Α. Οι ασθενείς μπορούν επίσης να τρώνε τροφές πλούσιες σε αυτές τις βιταμίνες για να αποτρέψουν τις ανεπάρκειες.
Σπάνια, σοβαρές αλλεργικές αντιδράσεις μπορεί να εμφανιστούν ως παρενέργειες της βήτα σιτοστερόλης. Τα σημάδια αλλεργικής αντίδρασης περιλαμβάνουν εξάνθημα ή κνίδωση, οίδημα στο πρόσωπο ή στο στόμα, δυσκολία στην αναπνοή και αλλαγή στον καρδιακό ρυθμό ή την αρτηριακή πίεση. Οι ασθενείς με αυτά τα συμπτώματα πρέπει να επισκεφθούν αμέσως έναν γιατρό για να αντιμετωπιστεί η αλλεργική αντίδραση.
Είναι επίσης πιθανό για ασθενείς με σιτοστερολαιμία να εμφανίσουν ανεπιθύμητες παρενέργειες της βήτα σιτοστερόλης. Σε αυτούς τους ασθενείς, η βήτα σιτοστερόλη μπορεί να οδηγήσει σε καρδιακή νόσο ή να επιδεινώσει μια προϋπάρχουσα καρδιακή πάθηση. Αυτό συμβαίνει επειδή οι ασθενείς με σιτοστερολαιμία έχουν ήδη πάρα πολύ βήτα σιτοστερόλη στο σώμα τους, η οποία μπορεί να φράξει τις αρτηρίες και να βλάψει την καρδιά.