Μεταξύ των πιο κοινών αιτιών πονόλαιμου και φλέγματος είναι τα κρυολογήματα και άλλοι ιοί, αν και βακτηριακές λοιμώξεις μπορεί επίσης να προκαλέσουν αυτά τα συμπτώματα. Σε άλλες περιπτώσεις, οι αλλεργίες είναι η ρίζα τέτοιων συμπτωμάτων και επιλογές τρόπου ζωής όπως το κάπνισμα τσιγάρων μπορεί επίσης να οδηγήσουν σε αυτά. Ένα άτομο μπορεί ακόμη και να αναπτύξει αυτά τα συμπτώματα αφού εκτεθεί σε παθητικό κάπνισμα.
Το κοινό κρυολόγημα προκαλεί συχνά πονόλαιμο, βουλωμένη μύτη και φλέγματα. Ο πονόλαιμος είναι συχνά μια από τις πρώτες ενδείξεις ότι ένα άτομο έχει κρυολόγημα και τα φλέγματα συχνά αναπτύσσονται αργότερα κατά τη διάρκεια της ασθένειας. Μερικοί άνθρωποι υποθέτουν ότι το φλέγμα σημαίνει βακτηριακή λοίμωξη, ειδικά εάν το φλέγμα είναι αποχρωματισμένο και όχι διαυγές. Στην πραγματικότητα, ωστόσο, το αποχρωματισμένο φλέγμα μπορεί επίσης να αναπτυχθεί ως αποτέλεσμα του ιού του κρυολογήματος.
Άλλοι ιοί μπορεί επίσης να προκαλέσουν πονόλαιμο και φλέγματα. Ο πονόλαιμος είναι ένα από τα κοινά συμπτώματα μιας περίπτωσης γρίπης, για παράδειγμα, και συχνά συνοδεύεται από ξηρό βήχα που δεν παράγει πολύ ή καθόλου φλέγματα. Αργότερα στην ασθένεια, ωστόσο, ένα άτομο μπορεί να αρχίσει να παρατηρεί και φλέγματα. Επιπλέον, και τα δύο αυτά συμπτώματα μπορεί να εμφανιστούν όταν ένα άτομο έχει μια ασθένεια που μοιάζει με γρίπη και όχι τη γρίπη.
Ένα άτομο μπορεί επίσης να αναπτύξει αυτά τα συμπτώματα λόγω αλλεργιών που επηρεάζουν το αναπνευστικό σύστημα. Πολλοί άνθρωποι γνωρίζουν ότι οι αλλεργίες μπορεί να προκαλέσουν ένα άτομο να αισθανθεί ένα γαργαλητό στο λαιμό του ή να αναπτύξει βήχα, αλλά τα σημάδια μπορούν επίσης να μιμηθούν ορισμένα από τα συμπτώματα ενός κοινού κρυολογήματος. Στην πραγματικότητα, ένα άτομο με αλλεργία μπορεί μερικές φορές να έχει πονόλαιμο που διαρκεί περισσότερο από ό,τι με ένα κοινό κρυολόγημα. Μπορεί επίσης να εμφανίσει βήχα που παράγει φλέγματα κάθε φορά που έχει σημαντική έκθεση σε κάποιο αλλεργιογόνο.
Μερικές φορές, ο πονόλαιμος και το φλέγμα δεν σχετίζονται με κάποια ασθένεια, αλλά αναπτύσσονται εξαιτίας κάτι που κάνει το προσβεβλημένο άτομο. Ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα αυτού είναι ο πονόλαιμος και ο βήχας που μπορεί να συνοδεύουν το κάπνισμα για μερικούς ανθρώπους. Το κάπνισμα μπορεί να ερεθίσει τις αναπνευστικές οδούς του καπνιστή και να οδηγήσει στην ανάπτυξη φλέγματος επίσης. Αυτό μπορεί να είναι χειρότερο εάν το άτομο έχει επίσης κρυολόγημα ή αλλεργίες. Επιπλέον, μερικοί άνθρωποι μπορεί να αναπτύξουν αυτά τα συμπτώματα όταν εκτίθενται σε παθητικό κάπνισμα.