Οι ενέσεις κίτρινου πυρετού έχουν παρόμοιες παρενέργειες με άλλα εμβόλια. Τα περισσότερα άτομα με παρενέργειες αισθάνονται μόνο ήπια ενόχληση: το σημείο της βολής μπορεί να γίνει επώδυνο, μελανιασμένο και πρησμένο. μπορεί επίσης να υπάρχει ήπιος πυρετός που συνοδεύεται από πόνο και ρίγη. Τα λίγα άτομα που έχουν σοβαρά συμπτώματα μπορεί να παρουσιάσουν δυσκολία στην αναπνοή, αλλαγές συμπεριφοράς, επιληπτικές κρίσεις, υψηλό πυρετό, ακανόνιστο καρδιακό παλμό, κνίδωση και άλλα συμπτώματα που χρειάζονται άμεση ιατρική περίθαλψη. Οι παρενέργειες των ενέσεων κίτρινου πυρετού εμφανίζονται συνήθως μέσα στην πρώτη ώρα μετά τη χορήγηση του εμβολίου, αλλά μπορεί επίσης να εμφανιστούν εντός 30 ημερών μετά την ένεση.
Οι ιατροί παρακολουθούν πιο προσεκτικά για παρενέργειες σε άτομα που δεν έχουν κάνει ποτέ ενέσεις κίτρινου πυρετού. Χωρίς ιστορικό εμβολιασμού, είναι αδύνατο να γνωρίζουμε πώς θα αντιδράσει ένα άτομο. Όσοι έκαναν την ένεση και δεν παρουσίασαν παρενέργειες είναι εξαιρετικά απίθανο να εμφανίσουν παρενέργειες με επαναλαμβανόμενες βολές.
Πολλοί άνθρωποι εμφανίζουν μόνο ήπιες επιδράσεις μετά από εμβόλιο κίτρινου πυρετού, όπως πόνο ή δυσκαμψία στο σημείο της ένεσης. Ένα άτομο που πονάει ήπια μπορεί επίσης να εμφανίσει ερυθρότητα, μώλωπες και ίσως πρήξιμο στο σημείο της ένεσης. Μπορεί επίσης να εμφανιστεί ήπιος και βραχύβιος πυρετός. Για τέτοια συμπτώματα, συχνά δεν απαιτείται ιατρική θεραπεία. τα συμπτώματα πρέπει να υποχωρήσουν με τον καιρό. Εάν κάποιος το επιθυμεί, μπορεί να πάρει φάρμακα χωρίς ιατρική συνταγή για να βοηθήσει στην ανακούφιση του πυρετού και του πόνου.
Όσοι εμφανίζουν σοβαρά συμπτώματα θα πρέπει να αναζητήσουν αμέσως ιατρική θεραπεία. Οι σοβαρές παρενέργειες από τις ενέσεις κίτρινου πυρετού οφείλονται γενικά σε αλλεργικές αντιδράσεις και μπορεί να είναι θανατηφόρες. Συνήθως, όσοι υποφέρουν από τέτοιες αντιδράσεις είναι αλλεργικοί στα κοτόπουλα, τα αυγά ή τη ζελατίνη—όλα τα κοινά συστατικά των εμβολιασμών.
Όσοι έχουν τέτοιες αλλεργίες ενθαρρύνονται να αποφεύγουν τα ταξίδια σε μέρη της Αφρικής και της Νότιας Αμερικής, όπου ο ιός του κίτρινου πυρετού είναι κοινός. Εάν ένα άτομο με αλλεργία στο αυγό ή το κοτόπουλο πρέπει να ταξιδέψει σε τέτοιες περιοχές, ένας γιατρός μπορεί να συστήσει εμβόλιο για τον κίτρινο πυρετό εάν πιστεύεται ότι η μόλυνση του ιού είναι πιο απειλητική για τη ζωή από μια αλλεργική αντίδραση από το εμβόλιο. Οι γιατροί μπορούν να παρέχουν τον εμβολιασμό σε μικρότερες δόσεις με την ελπίδα να προκαλέσουν μια λιγότερο σοβαρή αλλεργική αντίδραση.
Ορισμένα δημογραφικά στοιχεία είναι πιο πιθανό να υποστούν σοβαρές παρενέργειες από τις ενέσεις κίτρινου πυρετού από άλλα. Όπως αναφέρθηκε, όσοι έχουν αλλεργίες στα πουλερικά κινδυνεύουν. Επίσης, συνιστάται στις έγκυες γυναίκες να μην κάνουν το εμβόλιο, καθώς μπορεί να βλάψει τα αγέννητα παιδιά. Όσοι έχουν αδύναμο ανοσοποιητικό σύστημα και έχουν παρουσιάσει ανεπάρκεια οργάνων ως αποτέλεσμα σοβαρής ασθένειας μπορεί επίσης να συμβουλεύονται να μην κάνουν την ένεση. Τα παιδιά ηλικίας κάτω των εννέα μηνών, και ιδιαίτερα τα μικρότερα των έξι μηνών, θεωρούνται ιδιαίτερα ευάλωτα σε αρνητικές παρενέργειες.