Η θεολογία και η επιστήμη αναφέρονται σε σώματα γνώσης για ένα συγκεκριμένο θέμα, και οι δύο κλάδοι χρησιμοποιούν το λόγο για να επεκτείνουν αυτό το σώμα γνώσης. Η θεολογία είναι η συστηματική εξερεύνηση του Θεού και της θρησκείας, και η επιστήμη συνήθως αναφέρεται ως μελέτη του φυσικού κόσμου. Αν και και οι δύο κλάδοι βασίζονται στον ορθολογικό λόγο, η θεολογία και η επιστήμη έρχονται σε σύγκρουση όταν καταλήγουν σε διαφορετικά συμπεράσματα σχετικά με τις εξηγήσεις για τα φυσικά φαινόμενα.
Η λέξη «θεολογία» προέρχεται από τις ρίζες theos και logia, που στα ελληνικά σημαίνουν «Θεός» και «λόγος» αντίστοιχα. Έτσι, η μελέτη της θεολογίας αφορά τη φύση του Θεού και την ερμηνεία της γραφής. Είναι η διανοητική μελέτη των πνευματικών θεμάτων. Υπάρχουν πολλοί τύποι θεολογίας, αλλά ο κλάδος που σχετίζεται περισσότερο με την επιστήμη είναι γνωστός ως «φυσική θεολογία». Η φυσική θεολογία επιχειρεί να καταλήξει σε μεγαλύτερη κατανόηση του Θεού μέσω της μελέτης του φυσικού κόσμου.
Η «επιστήμη», από την άλλη πλευρά, είναι μια λέξη που προέρχεται από τη λατινική scientia, που σημαίνει «γνώση». Αναφέρεται τόσο στο σύνολο της γνώσης που προέκυψε από την επιστημονική έρευνα όσο και στη διαδικασία με την οποία συλλέγονται και αναλύονται οι πληροφορίες. Αυτή η διαδικασία, γνωστή ως επιστημονική μέθοδος, επικεντρώνεται στη διατύπωση προβλέψεων και στη συνέχεια στη δοκιμή τους για τον προσδιορισμό της ακρίβειάς τους. Η επιστήμη περιλαμβάνει πολλούς κλάδους, συμπεριλαμβανομένων της φυσικής, της χημείας, της βιολογίας και των κοινωνικών επιστημών. Κάθε ένας από αυτούς τους κλάδους έχει ένα σύστημα αξιολόγησης από ομοτίμους για να διασφαλίσει ότι οι επιστημονικοί ισχυρισμοί είναι αποδείξιμοι και επαναλαμβανόμενοι.
Η θεολογία και η επιστήμη είναι παρόμοιες στο ότι και οι δύο χρησιμοποιούν συστηματική, ορθολογική εξερεύνηση για να αποκτήσουν νέα γνώση ή κατανόηση των θεμάτων τους. Και οι δύο στοχεύουν να χρησιμοποιήσουν τη λογική για να επιτύχουν συναίνεση εντός των αντίστοιχων κοινοτήτων τους. Πολλοί επιστήμονες έχουν βρει ότι η θεολογία και η επιστήμη είναι απολύτως συμβατές. για παράδειγμα, ο πατέρας της σύγχρονης φυσικής, ο Sir Isaac Newton, ήταν επίσης θεολόγος. Άλλοι επιστήμονες -ο βιολόγος Ρίτσαρντ Ντόκινς είναι ένα ξεκάθαρο παράδειγμα- υποστηρίζουν ότι η θεολογία είναι μια συλλογή δεισιδαιμονιών που δεν κάνει τίποτα για να προωθήσει την ανθρώπινη κατανόηση του σύμπαντος.
Τα δύο συστήματα σκέψης έρχονται σε σύγκρουση όταν οι ισχυρισμοί της επιστήμης αντικρούουν τις ιδέες που η θεολογία έχει καθιερώσει ως αλήθειες, ιδιαίτερα αυτές που βασίζονται στην ερμηνεία της γραφής. Ένα διάσημο παράδειγμα αυτού του τύπου σύγκρουσης ήταν το μονοπάτι του Γαλιλαίου από την Καθολική Εκκλησία. Ο Γαλιλαίος ισχυρίστηκε περίφημα ότι η Γη κινήθηκε γύρω από τον ήλιο. Αυτό ήταν αντίθετο με το δόγμα της Καθολικής Εκκλησίας της εποχής, το οποίο υποστήριζε ότι η Γη ήταν το ακίνητο κέντρο του σύμπαντος και ότι ο ήλιος και άλλα ουράνια σώματα κινούνταν γύρω της. Ο Γαλιλαίος αναγκάστηκε να ανακαλέσει τον ισχυρισμό του, αν και αργότερα αποδείχθηκε ότι ήταν επιστημονικά βάσιμος.