Τα πιο κοινά ανθρώπινα αντιγόνα είναι οι παράγοντες αίματος, οι οποίοι καθορίζουν την ομάδα αίματος ενός ατόμου. Τα ανθρώπινα αντιγόνα περιλαμβάνουν επίσης εκείνα τα αντιγόνα που βοηθούν τα αντισώματα να αποκολληθούν και να καταστρέψουν ξένες πρωτεΐνες που μπορούν να προκαλέσουν βλάβη στο σώμα ενός ατόμου. Αυτά τα αντιγόνα βοηθούν το σώμα να διακρίνει τα κύτταρα που ανήκουν στο σύστημα ενός ατόμου από ξένα κύτταρα ή πρωτεΐνες που πρέπει να αφαιρεθούν.
Τα ανθρώπινα αιμοσφαίρια μπορεί να περιέχουν ένα ή και τα δύο ανθρώπινα αντιγόνα. Αυτά τα ανθρώπινα αντιγόνα ονομάζονται Α και Β και η παρουσία ή η απουσία τους καθορίζει τον τύπο αίματος ενός ατόμου. Τα άτομα με ομάδα αίματος Α έχουν το ανθρώπινο αντιγόνο Α και τα άτομα με ομάδα αίματος Β έχουν ανθρώπινο αντιγόνο Β. Ένα άτομο με ομάδα αίματος ΑΒ έχει και τα δύο και τα άτομα με ομάδα αίματος Ο δεν έχουν κανένα από αυτά τα αντιγόνα στα ερυθρά αιμοσφαίρια τους . Υπάρχει επίσης ένα αντιγόνο ανθρώπινου αίματος που καθορίζει εάν ένα άτομο έχει θετική ή αρνητική ομάδα αίματος.
Η παρουσία ενός αντιγόνου ομάδας αίματος σημαίνει ότι το αντίστοιχο αντίσωμα απουσιάζει από το σύστημα ενός ατόμου. Αντίθετα, η απουσία ορισμένων αντιγόνων σημαίνει ότι το άτομο δημιουργεί αντισώματα για αυτά τα συγκεκριμένα αντιγόνα, γι’ αυτό δεν πρέπει να γίνονται μεταγγίσεις αίματος εάν περιέχουν ανθρώπινο αντιγόνο που κανονικά δεν υπάρχει στο σώμα του ασθενούς. Για παράδειγμα, σε κάποιον με ομάδα αίματος α δεν πρέπει να γίνει μετάγγιση αίματος τύπου Β. Τα άγνωστα αντιγόνα του αίματος προκαλούν μια ανοσολογική απόκριση, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε σοβαρές επιπλοκές ή ακόμα και στο θάνατο του ασθενούς.
Ένα ανθρώπινο αντιγόνο δημιουργείται από το σύστημα ανθρώπινων λευκοκυττάρων αντιγόνων, το οποίο βοηθά στον εντοπισμό αντιγόνων που ανήκουν σε ξένες πρωτεΐνες. Το σύστημα ανθρώπινων λευκοκυττάρων αντιγόνων κωδικοποιείται στο ανθρώπινο δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (DNA) στο 6ο χρωμόσωμα. Αυτό το τμήμα του DNA χρησιμοποιείται για τη δημιουργία πρωτεϊνών που αναγνωρίζουν τα αντιγόνα. Η διαδικασία αναγνώρισης ενός αντιγόνου ονομάζεται παρουσίαση αντιγόνου.
Τα περισσότερα αντιγόνα στο ανθρώπινο σώμα είναι αυτά που έχουν εισέλθει στο σώμα μέσω του αέρα, της κυκλοφορίας του αίματος ή του πεπτικού συστήματος. Αυτά ονομάζονται εξωγενή αντιγόνα και θεωρούνται εχθρικά από το ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα. Οι άλλοι τύποι αντιγόνων που υπάρχουν στο σώμα ενός ατόμου ονομάζονται ενδογενή αντιγόνα. Συχνά είναι ξένοι εισβολείς που έχουν καταλάβει ένα υγιές ανθρώπινο κύτταρο και αναπαράγονται μέσα σε αυτό. Η παρουσίαση αντιγόνου επιτρέπει σε αυτούς τους εισβολείς να εντοπιστούν και να καταστραφούν από τα αντισώματα του ανοσοποιητικού συστήματος.