Το βιοντίζελ είναι μια σημαντική πηγή εναλλακτικής ενέργειας που παράγεται από «πράσινες» και βιώσιμες πρώτες ύλες. Τα πλεονεκτήματα του βιοντίζελ είναι ότι μειώνει την εξάρτηση από ορυκτά καύσιμα, παράγει λιγότερη ρύπανση και είναι ανανεώσιμο. Ένα από τα μειονεκτήματα του καυσίμου βιοντίζελ είναι η ποσότητα των απορριμμάτων που παράγονται. Τα απόβλητα βιοντίζελ αποτελούνται κυρίως από γλυκερίνη, γνωστή και ως γλυκερίνη, και μεθανόλη, με μικρότερες ποσότητες άλλων ακαθαρσιών. Αν και η γλυκερίνη είναι αβλαβής και δυνητικά χρήσιμη, τα απόβλητα από την παραγωγή βιοντίζελ είναι χαμηλής καθαρότητας και καθίστανται άχρηστα και τοξικά λόγω της παρουσίας μεθανόλης και άλλων ουσιών.
Η παραγωγή καυσίμου βιοντίζελ περιλαμβάνει μια διαδικασία γνωστή ως μετεστεροποίηση κατά την οποία το φυτικό έλαιο αντιδρά με μεθανόλη, χρησιμοποιώντας υδροξείδιο νατρίου ή καλίου ως καταλύτη, για να παραχθεί το μείγμα λιπαρών εστέρων που περιλαμβάνουν καύσιμο βιοντίζελ. Το άλλο προϊόν αυτής της αντίδρασης είναι η γλυκερίνη. Τυπικά, ένα μέρος γλυκερίνης παράγεται για κάθε δέκα μέρη βιοντίζελ. Στην πράξη, οι περισσότεροι παραγωγοί βιοντίζελ χρησιμοποιούν έως και διπλάσια ποσότητα μεθανόλης από αυτήν που απαιτείται κατ’ αρχήν για την αντίδραση, προκειμένου να διασφαλιστεί ότι όλο το λάδι μετατρέπεται. Επομένως, η γλυκερόλη που απομένει περιέχει μεγάλη αναλογία μεθανόλης και μικρές ποσότητες σαπουνιών που προκύπτουν από την αντίδραση του καταλύτη με το φυτικό έλαιο.
Η μεθανόλη μπορεί να ανακτηθεί με απόσταξη και να επαναχρησιμοποιηθεί. Ωστόσο, η γλυκερίνη που έχει απομείνει θα εξακολουθεί να περιέχει ίχνη μεθανόλης και άλλες ακαθαρσίες. Ο καθαρισμός της γλυκερίνης για να γίνει εμπορεύσιμη είναι ακριβός, και από το 2011, παράγεται τόση πολλή γλυκερίνη με αυτόν τον τρόπο που είναι δύσκολο να βρεθεί αγορά για αυτήν. Αυτό σημαίνει ότι οι παραγωγοί βιοντίζελ μπορούν να αφεθούν με μεγάλες ποσότητες γλυκερίνης χαμηλής ποιότητας για απόρριψη. Λόγω της παρουσίας τοξικών ακαθαρσιών, δεν μπορεί να ξεπλυθεί, να απλωθεί στο έδαφος ή να ταφεί σε χώρους υγειονομικής ταφής και οι παραγωγοί μπορεί να χρειαστεί να πληρώσουν για να το αφαιρέσουν.
Η χρήση απορριμμάτων βιοντίζελ αποτελεί πρόκληση, αλλά από το 2011, έχουν υποβληθεί ορισμένες προτάσεις. Μια ιδέα είναι να χρησιμοποιηθεί ένα στέλεχος του κοινού βακτηρίου E. coli για τη μετατροπή της απόβλητης γλυκερίνης, με ζύμωση, σε ηλεκτρικά και μυρμηκικά άλατα — χημικές ουσίες με ευρύ φάσμα εφαρμογών. Μια άλλη πρόταση είναι ο συνδυασμός των απορριμμάτων βιοντίζελ με τα απόβλητα βιομάζας από τη γεωργία για τη δημιουργία στερεού καυσίμου — αυτό έχει το πλεονέκτημα της επαναχρησιμοποίησης δύο αποβλήτων. Η χρήση της απόβλητης γλυκερίνης, σε συνδυασμό με άλλα προϊόντα βιομάζας, ως πρώτη ύλη για την παραγωγή αφρού πολυουρεθάνης έχει προταθεί ως ένας φθηνός τρόπος παραγωγής αυτού του ευρέως χρησιμοποιούμενου προϊόντος. Πειράματα επιβεβαίωσαν ότι ένας τύπος φυκιού που ονομάζεται Schizochytrium limacinum μπορεί να μετατρέψει την ακατέργαστη γλυκερίνη σε εικοσιεξανοϊκό οξύ (DHA), έναν τύπο ωμέγα-3 πολυακόρεστων λιπαρών οξέων με γνωστά οφέλη για την υγεία για τον άνθρωπο – αυτό αποτελεί μια άλλη ευκαιρία για καλή χρήση των απορριμμάτων βιοντίζελ.