Οι ερωτήσεις ελέγχου μπορούν να χωριστούν σε τέσσερις κύριες κατηγορίες: προκαταρκτικές, βασισμένες στη διαδικασία, επικύρωση και κίνδυνος. Ο πρωταρχικός σκοπός ενός ελέγχου είναι να ελέγχει το επίπεδο συμμόρφωσης με τις πολιτικές ενός οργανισμού και τυχόν νομικές υποχρεώσεις. Αν και οι περισσότεροι άνθρωποι σκέφτονται έναν έλεγχο σε σχέση με τις οικονομικές καταστάσεις, ένας έλεγχος μπορεί να διεξαχθεί σε οποιαδήποτε διαδικασία είναι τεκμηριωμένη και έχει συναλλαγές που μπορούν να ελεγχθούν. Οι ελεγκτικές εργασίες είναι ο πιο αποτελεσματικός τρόπος για τον εντοπισμό κενών στην πραγματική επεξεργασία, τον εντοπισμό τομέων κινδύνου εντός της επιχείρησης και την παροχή διαβεβαιώσεων ότι ακολουθούνται οι κατάλληλες διαδικασίες.
Οι προκαταρκτικές ερωτήσεις ελέγχου επικεντρώνονται στην κατανόηση της οργανωτικής δομής, των πελατών, των προμηθευτών και των βασικών επιχειρηματικών λειτουργιών. Σε αυτό το στάδιο, οι συνήθεις ερωτήσεις προς το στέλεχος περιλαμβάνουν τομείς ανησυχίας, οποιαδήποτε δόλια ή ύποπτη δραστηριότητα και τον πρωταρχικό σκοπό του ελέγχου. Αυτές οι πληροφορίες είναι απαραίτητες προκειμένου ο ελεγκτής να προσδιορίσει ποιες διαδικασίες περιλαμβάνονται στο πεδίο του ελέγχου και με ποιον να επικοινωνήσει σχετικά με την πρόσβαση στα αρχεία.
Κατά τη διάρκεια της προκαταρκτικής φάσης του ελέγχου, είναι πολύ συνηθισμένο ο ελεγκτής να ζητά πρόσβαση στο εγχειρίδιο λειτουργίας, αντίγραφα των πολιτικών της εταιρείας και σε οποιαδήποτε τεκμηρίωση σχετικά με τη χρήση διαφόρων συστημάτων ή επιχειρηματικών διαδικασιών. Αυτός ή αυτή θα εξετάσει αυτό το υλικό ως προς την πληρότητα, την ακρίβεια και τη συνολική ποιότητα. Χρησιμοποιώντας αυτές τις πληροφορίες ως σημείο αναφοράς, ο ελεγκτής θα δημιουργήσει ένα σχέδιο ελέγχου που εστιάζει στον προσδιορισμό της συμμόρφωσης με τις αναφερόμενες διαδικασίες.
Οι ερωτήσεις ελέγχου που βασίζονται σε διαδικασίες απευθύνονται στα μέλη του προσωπικού που είναι υπεύθυνα για την ολοκλήρωση των πραγματικών διαδικασιών. Για παράδειγμα, ένας υπάλληλος πληρωτέων λογαριασμών θα ερωτηθεί εάν έχει λάβει κάποια εκπαίδευση σχετικά με τις λογιστικές πολιτικές της εταιρείας, το σύστημα πληροφοριών ή τη λογιστική γενικά. Ο υπάλληλος μπορεί να κληθεί να εξηγήσει πώς θα επεξεργαζόταν ένα αίτημα πληρωμής που υπερβαίνει μια συγκεκριμένη χρηματική αξία. Άλλες ερωτήσεις μπορεί να περιλαμβάνουν διαδικασίες τέλους μήνα και έτους, ελέγχους ασφάλειας και χρονοδιαγράμματα πληρωμών.
Αφού ο ελεγκτής αξιολογήσει ανεξάρτητα τις δειγματοληπτικές συναλλαγές, θα έχει ερωτήσεις με βάση τα στοιχεία που συλλέγονται. Αυτές οι ερωτήσεις είναι πολύ συγκεκριμένες, εστιάζουν στη συγκεκριμένη συναλλαγή και χρησιμοποιούνται για την επίλυση τυχόν αποριών σχετικά με πραγματικές επιχειρηματικές πρακτικές. Για παράδειγμα, εάν μια επιστροφή εξόδων διεκπεραιώθηκε χωρίς υπογραφή από τον διευθυντή του υπαλλήλου, το άτομο που την επεξεργάστηκε θα κληθεί να εξηγήσει πώς συνέβη αυτό. Η απάντηση που δόθηκε περιλαμβάνεται στον φάκελο ελέγχου και την τελική έκθεση.
Ερωτήσεις ελέγχου σχετικά με την ασφάλεια των εγγράφων, των υλικών και των μελών του προσωπικού χρησιμοποιούνται για την αξιολόγηση συγκεκριμένων κινδύνων. Άλλες ερωτήσεις που χρησιμοποιούνται για την επισήμανση του κινδύνου περιλαμβάνουν τη δεκτικότητα των μελών του προσωπικού στις οδηγίες των προϊσταμένων, το επίπεδο συμμόρφωσης με αυτές τις οδηγίες και το συνολικό εργασιακό περιβάλλον. Το επίπεδο στο οποίο εμπλέκονται οι διευθυντές στις καθημερινές λειτουργίες είναι ένας άλλος τομέας ερωτήσεων που χρησιμοποιούνται για τον προσδιορισμό του επιπέδου κινδύνου.