Από πάνω από 450 είδη καρχαρία στον κόσμο, περίπου 200 θεωρούνται απειλούμενα από τη Διεθνή Ένωση για τη Διατήρηση της Φύσης (IUCN). Περισσότερα από 100 είδη καρχαριών εκμεταλλεύονται εμπορικά οι άνθρωποι, γεγονός που συμβάλλει περαιτέρω στην απειλή τους. Στην πραγματικότητα, ορισμένοι πληθυσμοί ειδών καρχαρία έχουν μειωθεί κατά πάνω από 90% τα τελευταία χρόνια, που οφείλονται σε μεγάλο βαθμό σε ανθρώπινες δραστηριότητες.
Οι δέκα κορυφαίοι καρχαρίες που κινδυνεύουν, από τους ελάχιστους έως τους περισσότερους, είναι οι εξής:
ο καρχαρίας του Βόρνεο, Carcharhinus borneensis
το whitefin topeshark, Hemitriakis leucoperiptera
ο βουβός καρχαρίας, ο Centrophorus harrissoni
ο καρχαρίας δαγκερνόζης, Isogomphodon oxyrhynchus
το ριγωτό σκυλόψαρο, Mustelus fasciatus
ο καρχαρίας άγγελος, Squatina squatina
ο καρχαρίας του ποταμού Νέας Γουινέας, Glyphis sp. αρ. ντο
ο καρχαρίας Bizant River, Glyphis sp. αρ. ΕΝΑ
ο καρχαρίας Pondicherry, Carcharhinus hemiodon
ο καρχαρίας Gagnes, Glyphis gangeticus
Μία από τις κύριες απειλές για τους καρχαρίες υπό εξαφάνιση είναι η υπεραλίευση. Πολλοί από τους πιο απειλούμενους καρχαρίες είναι υπεραλιευμένοι, συμπεριλαμβανομένου του λευκού καρχαρία, του καρχαρία και του καρχαρία του ποταμού Bizant. Οι καρχαρίες έχουν εμπορική ζήτηση για τα πτερύγια και τους χόνδρους τους. Σε περιοχές της Ασίας, η σούπα πτερυγίων καρχαρία θεωρείται λιχουδιά, ενώ πολλοί πιστεύουν ότι ο χόνδρος του καρχαρία έχει οφέλη για την υγεία, συμπεριλαμβανομένης της καταπολέμησης του καρκίνου, της επούλωσης της αρθρίτιδας και της ενίσχυσης της ανοσίας. Αυτοί οι ισχυρισμοί προς το παρόν δεν υποστηρίζονται από ισχυρά επιστημονικά στοιχεία, ωστόσο, τόσο πολλοί καρχαρίες μπορεί να πεθαίνουν μάταια.
Ένας άλλος παράγοντας που απειλεί πολλούς καρχαρίες υπό εξαφάνιση, συμπεριλαμβανομένου του λευκού καρχαρία και του καρχαρία του ποταμού Bizant, είναι η καταστροφή των οικοτόπων. Τα μαγκρόβια είναι υποβρύχιες παράκτιες περιοχές που πολλά είδη καρχαριών συνήθως χρησιμοποιούν ως τόπους αναπαραγωγής. Είναι περιοχές βλάστησης κατά μήκος των ακτών και μπορεί να θεωρηθούν ως υποβρύχια δάση. Σε πολλά μέρη του κόσμου, οι άνθρωποι καταστρέφουν μαγκρόβια για να κάνουν χώρο για την υδατοκαλλιέργεια ή την καλλιέργεια υδρόβιων ειδών. Κατά συνέπεια, πολλοί καρχαρίες δεν έχουν τόπο πολύ να αναπαράγονται και το γεγονός ότι έχουν χαμηλά ποσοστά αναπαραγωγής για να ξεκινήσει επιδεινώνει μόνο το πρόβλημα.
Οι καρχαρίες σκοτώνονται με πολύ μεγαλύτερο ρυθμό από αυτόν που μπορούν να αναπαραχθούν. Γενικά, οι καρχαρίες χρειάζονται πολλά χρόνια για να φτάσουν στη σεξουαλική ωριμότητα και τυπικά γεννούν λίγους απογόνους κάθε φορά. Εάν συνεχίσουν να σφάζονται με τον τρέχοντα ρυθμό, ορισμένα είδη αναμένεται να εξαφανιστούν μέσα στην επόμενη δεκαετία. Για παράδειγμα, οι πληθυσμοί του ηλίθιου καρχαρία έχουν μειωθεί κατά 99% τις τελευταίες δεκαετίες και είναι πιθανό να υπάρχουν λιγότερα από 250 άτομα τόσο στα είδη καρχαρίας της Νέας Γουινέας όσο και στο Bizant. Από το 2010, οι συντηρητές και οι υποστηρικτές των καρχαριών είπαν ότι πρέπει να ληφθούν κρίσιμα και άμεσα μέτρα για τους καρχαρίες υπό εξαφάνιση για να διασφαλιστεί η επιβίωσή τους.