Το λογισμικό επιστημονικής βιβλιοθήκης χρησιμοποιείται συνήθως για εσωτερική αποθήκευση δεδομένων και διαχείριση πληροφοριών. Μερικοί από τους πιο συνηθισμένους τύπους προγραμμάτων είναι εκείνοι που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την οργάνωση της θέσης των βιβλίων στη βιβλιοθήκη, επιτρέποντας στους βιβλιοθηκονόμους και σε άλλους να βρίσκουν πιο εύκολα αυτά που χρειάζονται. Υπάρχει επίσης μια ποικιλία εργαλείων αναζήτησης και βοηθητικά προγράμματα που διασυνδέονται με βάσεις δεδομένων, καθιστώντας ευκολότερη την πλοήγηση στις λίστες και τους καταλόγους των γραπτών έργων. Άλλο λογισμικό επιστημονικής βιβλιοθήκης μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη διαχείριση ψηφιακών πληροφοριών ή για την οργάνωση και διευκόλυνση των στοιχείων συμμετοχής για άτομα που επισκέπτονται τη βιβλιοθήκη.
Διαφορετικοί τύποι λογισμικού επιστημονικής βιβλιοθήκης αναπτύσσονται συχνά για να ικανοποιήσουν μια ποικιλία αναγκών που σχετίζονται με τη δουλειά και τη διαχείριση μιας βιβλιοθήκης. Μερικά από τα πιο συνηθισμένα προγράμματα, για παράδειγμα, είναι αυτά που δημιουργούν ψηφιακούς καταλόγους που χρησιμοποιούνται για την οργάνωση και τη διαχείριση των βιβλίων και άλλων έργων που είναι διαθέσιμα σε μια βιβλιοθήκη. Αυτό το λογισμικό περιλαμβάνει συνήθως μια εκτενή βάση δεδομένων στην οποία μπορούν να προστεθούν νέα έργα και να αφαιρεθούν τα παλιά, όπως απαιτείται. Ένα τέτοιο λογισμικό επιστημονικής βιβλιοθήκης αντικαθιστά αποτελεσματικά τους παραδοσιακούς καταλόγους καρτών ή άλλα συστήματα αρχειοθέτησης που θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την κατηγοριοποίηση βιβλίων με βάση το αντικείμενο, τον συγγραφέα και άλλους χαρακτηρισμούς.
Τα εργαλεία αναζήτησης και τα προγράμματα είναι επίσης δημοφιλείς μορφές λογισμικού επιστημονικής βιβλιοθήκης, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που είναι ενσωματωμένα σε οργανωτικά προγράμματα και ξεχωριστά βοηθητικά προγράμματα. Αυτά τα εργαλεία επιτρέπουν στους ανθρώπους να αναζητούν πιο γρήγορα και εύκολα τη βάση δεδομένων των έργων μέσα σε μια βιβλιοθήκη για να βρουν ό, τι χρειάζονται. Ενώ πολλά προγράμματα που οργανώνουν βιβλία μπορούν να περιλαμβάνουν λειτουργίες αναζήτησης, τα εργαλεία που έχουν σχεδιαστεί ειδικά για αυτό το σκοπό μπορούν να προσφέρουν πιο ισχυρές δυνατότητες και πρόσθετες επιλογές. Αυτός ο τύπος λογισμικού επιστημονικής βιβλιοθήκης μπορεί επίσης να περιλαμβάνει λειτουργικότητα για αναζήτηση μέσω άλλων συστημάτων, όπως ιστότοπους Διαδικτύου ή διαδικτυακές βάσεις δεδομένων, όλα σε ένα ενιαίο πλαίσιο.
Άλλες μορφές λογισμικού επιστημονικής βιβλιοθήκης χρησιμοποιούνται για την οργάνωση και τη διαχείριση υπαλλήλων και προσωπικού σε μια βιβλιοθήκη. Αυτά τα προγράμματα μπορεί να είναι παρόμοια με το λογισμικό προγραμματισμού και διαχείρισης που χρησιμοποιείται σε άλλες επιχειρήσεις, αν και μπορεί επίσης να περιλαμβάνει εργαλεία σχεδιασμένα ειδικά για μια ρύθμιση βιβλιοθήκης. Άλλοι τύποι λογισμικού επιστημονικής βιβλιοθήκης ενδέχεται να απαιτούνται για την παρακολούθηση πληροφοριών σχετικά με τα βιβλία που διατηρούνται σε μια τοποθεσία και τα μέλη αυτού του ιστότοπου. Καθώς τα βιβλία ελέγχονται ή μεταφέρονται μεταξύ βιβλιοθηκών, η εσωτερική βάση δεδομένων ενημερώνεται για να το δείξει αυτό, έτσι ώστε οι μελλοντικές αναζητήσεις να δείχνουν ότι δεν είναι πλέον σε αυτήν τη θέση. Συχνά δημιουργούνται προγράμματα για την προσθήκη και παρακολούθηση μελών μιας βιβλιοθήκης, τα οποία επικοινωνούν με άλλο λογισμικό για να υποδείξουν ποιος μπορεί να κατέχει ένα συγκεκριμένο βιβλίο ανά πάσα στιγμή.