Η διαφορά στη δομή και τη λειτουργία των διαφόρων τύπων ριβοσωμάτων ερευνάται και τροποποιείται συνεχώς, αλλά σήμερα υπάρχουν δύο τρόποι με τους οποίους μπορούν να ταξινομηθούν. Ο πρώτος τρόπος είναι να τα ταξινομήσουμε με βάση το είδος του κυττάρου που κατοικούν: αρχαιολογικό, ευκαρυωτικό ή ευβακτηριακό. Τα οργανίδια σε αυτούς τους ειδικούς τύπους κυττάρων διαφέρουν ως προς τη σύνθεση, το μέγεθος και την αναλογία πρωτεΐνης προς ριβονουκλεϊκό οξύ (RNA). Ο δεύτερος τρόπος με τον οποίο ταξινομούνται τα ριβοσώματα περιλαμβάνει αν είναι δεσμευμένα σε μεμβράνη ή παραμένουν ελεύθερα να επιπλέουν μέσα στο κύτταρο. Οι όροι που χρησιμοποιούνται για να περιγράψουν αυτήν την ταξινόμηση είναι “συνδεδεμένοι με μεμβράνη” και “ελεύθεροι”, αντίστοιχα.
Οι διαφορές μεταξύ αρχαιολογικών, ευκαρυωτικών και ευβακτηριακών οργανιδίων φαίνονται αν τα κύτταρα περιστρέφονται σε φυγόκεντρο. Κάθε τύπος έχει ένα μοναδικό μοτίβο και ρυθμό καθίζησης καθώς το κύτταρο διαχωρίζεται στο εργαστήριο. Μετρημένες σε μονάδες Svedberg, οι οποίες εκφράζουν τον ρυθμό συσσώρευσης της καθίζησης, τα βακτηριακά ριβοσώματα ανήκουν στην κατηγορία 70 Svedberg, ενώ τόσο τα αρχαιολογικά όσο και τα ευκαρυωτικά ριβοσώματα ανήκουν στην κατηγορία 80 Svedberg. Για περαιτέρω διάκριση, κάθε τύπος διαφέρει επίσης σε μέγεθος και αναλογία πρωτεΐνης προς RNA. Για παράδειγμα, ο ευκαρυωτικός τύπος μετρά μεταξύ 25 και 35 νανομέτρων (nm) και έχει αναλογία πρωτεΐνης 1: 1, ενώ οι άλλοι τύποι μετρούν διαφορετικά.
Η δομή των συνδεδεμένων με μεμβράνη και ελεύθερων ριβοσωμάτων είναι πανομοιότυπη. διαφέρουν μόνο ως προς τη χωρική κατανομή. Υπάρχουν συγκεκριμένες ενέργειες, ωστόσο, που μπορεί να εκτελέσει ο ένας τύπος όταν βρίσκεται στο ένα μέρος ή στο άλλο. Αυτά που συνδέονται με το τραχύ ενδοπλασματικό δίκτυο (τραχύ ER) έχουν μεγαλύτερη ικανότητα να παράγουν πρωτεΐνες και ένζυμα που μπορούν να χρησιμοποιηθούν εύκολα από την κύρια μεμβράνη πλάσματος του κυττάρου. Οι νεοπαραγόμενες πρωτεϊνικές αλυσίδες μπορούν να εισαχθούν απευθείας στο τραχύ ER με ριβοσώματα συνδεδεμένα με μεμβράνη, συντομεύοντας τον χρόνο και τους πόρους που απαιτούνται για τη μεταφορά. Αυτός ο τύπος είναι επίσης υπεύθυνος για την πλειοψηφία των πρωτεϊνών που εξάγονται από το εσωτερικό του κυττάρου.
Ο ελεύθερος τύπος δημιουργεί έναν αριθμό συγκεκριμένων απαραίτητων πρωτεϊνών, όπως αυτές που απαιτούνται για την παραγωγή αιμοσφαιρίνης, τις οποίες ο τύπος που συνδέεται με τη μεμβράνη δεν μπορεί. Χρειάζονται δωρεάν ριβοσώματα όταν ένα κύτταρο αναπτύσσεται γρήγορα ή αναπαράγεται, καθώς μπορούν να κινηθούν και να μετακινηθούν εύκολα. Βρίσκονται συχνά σε μικρές ομάδες εντός του κυτταροπλάσματος του κυττάρου και, στην περίπτωση αυτή, μπορούν να ονομαστούν πολυριβοσώματα. Τα ελεύθερα ριβοσώματα βρίσκονται σε αφθονία σε κύτταρα που δεν εξάγουν μεγάλες ποσότητες πρωτεΐνης επειδή η εγγύτητα με το τραχύ ER είναι απαραίτητη για αυτή τη διαδικασία.