Υπάρχουν πολύ λίγοι κίνδυνοι από τη διατήρηση των κατοικίδιων αρουραίων, αλλά μόνο εάν αυτοί οι αρουραίοι είναι εξημερωμένοι και διατηρούνται σε κλουβιά. Οι αρουραίοι που υπήρξαν ποτέ άγριοι μπορεί να φέρουν μια σειρά από ασθένειες που μπορούν να μεταδοθούν στον άνθρωπο. Όταν τα ζώα δεν έχουν ζήσει ποτέ στην άγρια φύση, οι κίνδυνοι να κολλήσουν μια ασθένεια από αυτά έχουν σχεδόν εξαλειφθεί. Ακόμα κι έτσι, οι άνθρωποι δεν πρέπει να χειρίζονται τρωκτικά που μπορεί να έχουν κάποια ασθένεια εάν υπάρχει κίνδυνος μετάδοσης.
Ενώ οι αρουραίοι μπορούν να φέρουν πολλές διαφορετικές ασθένειες, αυτοί που κρατούνται ως κατοικίδια σπάνια έχουν τρόπο να τους πιάσουν. Οι ασθένειες μπορεί να μεταδοθούν μέσω δαγκωμάτων και γρατσουνιών και περιστασιακά μέσω της επαφής με το δέρμα. Είναι πιθανό ένας αρουραίος να φέρει μια ασθένεια που είναι επικίνδυνη για τον άνθρωπο χωρίς να εμφανίζει συμπτώματα, γεγονός που καθιστά δύσκολο να κρίνουμε εάν το ζώο είναι ασφαλές στον χειρισμό. Ο καλύτερος τρόπος για έναν ιδιοκτήτη κατοικίδιου να αποφύγει να αρρωστήσει είναι να διατηρεί τους αρουραίους του υγιείς και καθαρούς.
Οι αρουραίοι που τρέχουν ελεύθερα σε ένα σπίτι είναι πολύ πιο επικίνδυνοι από εκείνους που κρατούνται σε κλουβιά. Οι ασθένειες μπορούν να μεταφερθούν με ούρα και κόπρανα αρουραίων, τα οποία οι αρουραίοι συχνά πέφτουν όπου κι αν περπατήσουν. Επίσης, επειδή οι αρουραίοι μπορούν να πάρουν ούρα και κόπρανα στα πόδια τους, είναι πιθανό ένα άτομο να αρρωστήσει από το να χειριστεί ένα και να αγγίξει το πρόσωπο ή το φαγητό του χωρίς να πλύνει τα χέρια του.
Εκτός από ασθένειες, οι κίνδυνοι της διατήρησης κατοικίδιων αρουραίων είναι παρόμοιοι με εκείνους της διατήρησης άλλων κατοικίδιων ζώων. Οι αρουραίοι μπορούν να δαγκώσουν ή να γρατσουνιστούν και μπορεί να είναι επιθετικοί εάν τους χειριστούν ή τους ανασηκώσουν ακατάλληλα. Τα περισσότερα είναι σχετικά μικρά, πράγμα που σημαίνει ότι η ικανότητα ενός αρουραίου να τραυματίσει έναν άνθρωπο είναι πιθανώς μικρότερη από αυτή ενός σκύλου. Ακόμα κι έτσι, τα δαγκώματα μπορεί να είναι επώδυνα και να μολυνθούν σοβαρά, επομένως δεν είναι καλή ιδέα να αγγίξετε ή να χειριστείτε έναν αρουραίο, εκτός εάν είναι οικείος.
Οι περισσότερες ανησυχίες σχετικά με τους κινδύνους της διατήρησης των αρουραίων ως κατοικίδιων ζώων σχετίζονται με το ιστορικό άγριων αρουραίων που εξάπλωναν ασθένειες και όχι με εξημερωμένους αρουραίους. Όχι μόνο τα εξημερωμένα είναι απίθανο να μεταδώσουν ασθένειες, αλλά η διατροφή και οι φυσικές τους συμπεριφορές μπορεί να τα κάνουν πιο ασφαλή από ζώα όπως οι γάτες και οι σκύλοι. Ακόμα κι έτσι, ένας αρουραίος που φαίνεται άρρωστος ή που έχει μείνει στη φύση για οποιοδήποτε χρονικό διάστημα θα πρέπει να επιθεωρηθεί από κτηνίατρο. Όταν μεταδίδουν ασθένειες, αυτές οι ασθένειες έχουν την τάση να είναι σοβαρές και δεν είναι πάντα εύκολο να διαγνωστούν επειδή είναι συχνά σπάνιες.