Το μέσο ενήλικο ανθρώπινο σώμα έχει περίπου 1013 κύτταρα, περίπου 1600 φορές περισσότερα από τον αριθμό των ανθρώπινων όντων στη Γη. Υπολογίζεται ότι για κάθε κύτταρο στο ανθρώπινο σώμα υπάρχουν περίπου δέκα μικροοργανισμοί, κυρίως βακτήρια στο παχύ έντερο. Αυτό είναι δυνατό επειδή ο όγκος ενός τυπικού βακτηριακού κυττάρου μπορεί να είναι περισσότερο από 1000 φορές μικρότερος από ένα από τα κύτταρα του σώματος.
Μαζί με τη βακτηριακή χλωρίδα του σώματος, όλοι αποικίζονται επίσης από μύκητες (κυρίως ζυμομύκητες), πρωτίστες και αρχαία (κυρίως μεθανογόνα), αν και είναι λιγότερα γνωστά γι’ αυτά λόγω της σπανιότητάς τους σε σχέση με τα βακτήρια. Στον τομέα της μακροσκοπικής χλωρίδας του σώματος, όταν βρίσκονται μέσα στο σώμα, αυτά είναι συνήθως επιβλαβή παράσιτα όπως οι ταινίες. Ωστόσο, ορισμένοι άνθρωποι μπορεί να έχουν χιλιάδες μακροσκοπική χλωρίδα του σώματος στο δέρμα ή τα μαλλιά τους, συχνά με τη μορφή ακάρεων. Οι επιστήμονες πιστεύουν ότι μπορεί να υπάρχουν έως και ένα εκατομμύριο είδη ακάρεων στον κόσμο, προσαρμοσμένα σε κάθε δυνατό περιβάλλον – συμπεριλαμβανομένου του ανθρώπινου σώματος.
Το 99% των βακτηρίων στο έντερο προέρχεται από 30-40 είδη. Τα κοινά βλέποντα γένη περιλαμβάνουν Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus και Bifidobacterium. Η βακτηριακή χλωρίδα του σώματος τείνει να έχει μια συμβιωτική σχέση με τον ξενιστή τους. Τα βακτήρια βοηθούν στην πέψη σύνθετων υδατανθράκων που διαφορετικά θα ήταν δύσπεπτοι, προάγουν την ανάπτυξη των εντερικών κυττάρων, καταστέλλουν παθογόνα μικρόβια, αποτρέπουν τις αλλεργίες, τις φλεγμονώδεις ασθένειες του εντέρου και παίζουν κρίσιμους ρόλους στο ανοσοποιητικό σύστημα. Η χλωρίδα του σώματος και το σώμα που καταλαμβάνει συν-εξελίσσονται εδώ και δεκάδες εκατομμύρια χρόνια.
Περίπου το 60% της μάζας των κοπράνων αποτελείται από βακτήρια. Ορισμένα βακτήρια που βρίσκονται στα κόπρανα μπορεί να είναι παθογόνα για το άτομο από το οποίο προήλθαν και για τους ανθρώπους γύρω τους. Αυτό είναι μέρος του λόγου για τη σύγχρονη υγιεινή. Τα βακτήρια που εξαπλώνονται μέσω των κοπράνων περιλαμβάνουν το E. coli και το Vibrio cholerae, το βακτήριο που προκαλεί τη χολέρα.