Ο ανθρώπινος πεπτικός σωλήνας ξεκινά από το στόμα και εκτείνεται μέχρι τον πρωκτό. Η χλωρίδα του εντέρου αναφέρεται στους μικροοργανισμούς που κατοικούν στο πεπτικό σύστημα. Αυτοί οι μικροοργανισμοί είναι γενικά αβλαβείς. Η κατανομή τους ποικίλλει κατά μήκος της θέσης του εντέρου και μεταξύ των ατόμων. Παίζουν σημαντικό ρόλο στην προστατευτική, δομική και μεταβολική λειτουργία του εντέρου.
Τα βακτήρια είναι οι κυρίαρχοι μικροοργανισμοί στο έντερο. Κυριαρχούν τόσο στη νήστιδα και στον ειλεό του περιφερικού λεπτού εντέρου όσο και στο παχύ έντερο. Οι όξινες, οι παγκρεατικές εκκρίσεις και οι εκκρίσεις της χολής εμποδίζουν τον αποικισμό τους στο στομάχι και στο δωδεκαδάκτυλο του εγγύς λεπτού εντέρου. Τα αερόβια βακτήρια, όπως οι αερόβιοι γαλακτοβάκιλλοι και οι εντερόκοκκοι, είναι η κυρίαρχη χλωρίδα του εντέρου στη νήστιδα και ο ειλεός και το παχύ έντερο κυριαρχούνται από αναερόβια βακτήρια όπως τα bifidobacteria, Escherichia coli και αναερόβιοι γαλακτοβάκιλλοι. Σε ένα ενήλικο έντερο μπορεί να υπάρχουν κάποιες αλλαγές στον βακτηριακό πληθυσμό όταν υπάρχουν αλλαγές στην ηλικία, τη διατροφή, τον τρόπο ζωής και το περιβάλλον.
Υπό κανονικές συνθήκες, ο ανθρώπινος ξενιστής και η χλωρίδα του εντέρου του έχουν μια συμβιωτική σχέση όπου και τα δύο είναι ωφέλιμα μεταξύ τους. Ο ανθρώπινος ξενιστής παρέχει τροφή και ένα σταθερό περιβάλλον για τη χλωρίδα του εντέρου. Εν τω μεταξύ, η χλωρίδα του εντέρου προσφέρει οφέλη στον ανθρώπινο ξενιστή της αποτρέποντας τον αποικισμό επιβλαβών βακτηρίων στο έντερο, αποτρέποντας τη φλεγμονή του εντέρου, συμβάλλοντας στην ανάπτυξη του ανοσοποιητικού συστήματος, ενισχύοντας την απορρόφηση τροφής και νερού και συνθέτοντας βιταμίνες Κ και Β12.
Η ανάπτυξη επιβλαβών βακτηρίων αποτρέπεται μέσω της επίδρασης φραγμού, που σημαίνει ότι η προσκόλληση της χλωρίδας του εντέρου στην εντερική επένδυση ανταγωνίζεται και αναστέλλει την εισβολή επιβλαβών βακτηρίων. Ο ρόλος του στην πρόληψη της φλεγμονής του εντέρου και στη συμβολή στην ανάπτυξη του ανοσοποιητικού συστήματος αποδίδεται στην ικανότητα της εντερικής χλωρίδας να διεγείρει τους λεμφικούς ιστούς του εντέρου να παράγουν αντισώματα σε επιβλαβή βακτήρια. Η ανάπτυξη των λεμφικών ιστών μπορεί επίσης να προκληθεί από τη δράση λιπαρών οξέων βραχείας αλυσίδας, τα οποία είναι προϊόντα ζύμωσης υδατανθράκων από βακτήρια. Επιπλέον, τα λιπαρά οξέα βραχείας αλυσίδας ελέγχουν τον πολλαπλασιασμό και τη διαφοροποίηση των κυττάρων που καλύπτουν το έντερο που βοηθούν στην πρόληψη τραυματισμού της επένδυσης του εντέρου.
Εκτός από τη ζύμωση των υδατανθράκων, τα ένζυμα που παράγονται από τη χλωρίδα του εντέρου ενισχύουν επίσης την απορρόφηση των υδατανθράκων. Αυτά τα ένζυμα αφομοιώνουν τους υδατάνθρακες σε μια μορφή χρήσιμης ενέργειας και θρεπτικών συστατικών για τον άνθρωπο. Επιπλέον, ενισχύεται η απορρόφηση του νερού και των διαιτητικών μετάλλων όπως ο σίδηρος, το ασβέστιο και το μαγνήσιο, τα οποία είναι επίσης απαραίτητα για τις μεταβολικές λειτουργίες του ανθρώπινου σώματος.