Το DNA του σπέρματος παρέχει το μισό γενετικό υλικό για ένα μωρό, εάν το σπέρμα καταφέρει να γονιμοποιήσει ένα ωάριο. Το κατεστραμμένο DNA μπορεί να είναι αιτία υπογονιμότητας αλλά και προβλημάτων με το έμβρυο. Μπορεί να υπάρχουν περιβαλλοντικές αιτίες βλάβης στο DNA του σπέρματος, όπως φάρμακα χημειοθεραπείας ή η χρήση τσιγάρων. Οι λοιμώξεις, οι ορμονικές ανισορροπίες και η προχωρημένη ηλικία μπορούν επίσης να επηρεάσουν αρνητικά την ποιότητα του DNA του σπέρματος.
Οι υγιείς, γόνιμοι άνδρες μπορούν να παράγουν μικρή ποσότητα σπέρματος με γενετική βλάβη μαζί με φυσιολογικό σπέρμα. Όταν τα περισσότερα ή όλα τα σπερματοζωάρια έχουν γενετικά προβλήματα, τότε προκύπτουν προβλήματα γονιμότητας. Αυτά τα σπερματοζωάρια μπορεί να μην είναι σε θέση να γονιμοποιήσουν σωστά ένα ωάριο. Μερικές φορές, το σπέρμα που γονιμοποιεί ένα ωάριο μπορεί να παράγει ένα κατεστραμμένο έμβρυο. Η εγκυμοσύνη μπορεί στη συνέχεια να αποβάλει ή εάν η γυναίκα φέρει το μωρό μέχρι τη λήξη, το μωρό μπορεί να έχει ιατρικά προβλήματα που προέρχονται από ζητήματα DNA του σπέρματος.
Προβλήματα ανδρικής γονιμότητας μπορεί να προκύψουν από βλάβη στο DNA του σπέρματος από περιβαλλοντικές αιτίες. Αν ο άντρας καπνίζει τσιγάρα, για παράδειγμα, είναι πιο πιθανό να αναπτύξει γενετικά προβλήματα στο σπέρμα του παρά αν είναι μη καπνιστής. Η ρύπανση του αέρα μπορεί επίσης να οδηγήσει σε βλάβη στο DNA του σπέρματος, όπως μπορεί να έρθει σε επαφή με ορισμένα φυτοφάρμακα.
Τα φάρμακα που στοχεύουν τα καρκινικά κύτταρα θέτουν τους άνδρες σε υψηλό κίνδυνο γενετικής βλάβης. Τα σπερματοζωάρια είναι πιο ευαίσθητα σε χημειοθεραπευτικά φάρμακα από άλλα κύτταρα του σώματος, καθώς παρουσιάζουν τον ίδιο τύπο πολλαπλασιασμού με τα καρκινικά κύτταρα. Η ακτινοθεραπεία είναι μια άλλη ιατρική θεραπεία που μπορεί να μεταλλάξει το DNA στα σπερματοζωάρια. Η βλάβη του σπέρματος από αυτές τις θεραπείες μπορεί να διαρκέσει πολύ, εάν τα κύτταρα στους όρχεις που παράγουν το σπέρμα έχουν μεταλλαχθεί.
Η ηλικία φαίνεται επίσης να έχει επίδραση στην ποιότητα του DNA του σπέρματος. Σε φυσιολογικούς, υγιείς άνδρες, οι όρχεις καταστρέφουν το σπέρμα που παρουσιάζει βλάβη στο DNA. Αυτή η διαδικασία ποιοτικού ελέγχου γίνεται συνήθως λιγότερο αποτελεσματική καθώς ο άνδρας μεγαλώνει. Εάν ένας άνδρας έχει μη φυσιολογικό επίπεδο ορμονών όπως η τεστοστερόνη, αυτό μπορεί επίσης να μειώσει την ποιότητα του DNA του σπέρματος.
Οι λοιμώξεις μπορούν επίσης να παράγουν σπέρμα με βλάβη στο DNA. Μερικές φορές μια λοίμωξη προκαλεί φλεγμονή της αναπαραγωγικής οδού και ως εκ τούτου εκθέτει το σπέρμα σε πιο αντιδραστικά είδη οξυγόνου (ROS), εξαιρετικά αλληλεπιδραστικά μόρια που μπορεί να έχουν επιζήμια επίδραση στο DNA. Αυτά τα ROS υπάρχουν επίσης σε μεγάλους αριθμούς σε άνδρες που έχουν διεύρυνση των φλεβών στο όσχεο, μια κατάσταση που ονομάζεται κιρσοκήλη.
Το σπέρμα απαιτεί ένα δροσερό περιβάλλον σε σύγκριση με το υπόλοιπο σώμα. Αυτός είναι ο λόγος που οι όρχεις βρίσκονται έξω από το σώμα. Όταν ένας άνδρας πάσχει από μια ασθένεια που προκαλεί πυρετώδη υψηλή θερμοκρασία, το σπέρμα του μπορεί να καταστραφεί. Μπορεί επίσης να επηρεάσει αρνητικά την ποιότητα του σπέρματός του εάν κάνει ζεστά μπάνια, οδηγεί πολύ ή κάνει οτιδήποτε άλλο που θερμαίνει τους όρχεις του, όπως να κρατά ένα φορητό υπολογιστή στην αγκαλιά του.