Υπάρχουν πολλές πιθανές αιτίες για ένα έλκος πέους, καθεμία με τις δικές της συγκεκριμένες θεραπευτικές επιλογές. Γενικά, τα έλκη στον ιστό του δέρματος αντιμετωπίζονται με συνδυασμό αντιβιοτικών, αντιφλεγμονωδών φαρμάκων και παυσίπονων. Οι πληγωμένες περιοχές θα πρέπει να διατηρούνται υγρές για να ενθαρρύνεται η σωστή επούλωση. Για να διασφαλιστεί η αποτελεσματική μακροπρόθεσμη ανακούφιση, πρέπει να αντιμετωπιστεί συγκεκριμένα η υποκείμενη αιτία του έλκους. εάν το έλκος είναι αποτέλεσμα σύφιλης, για παράδειγμα, θα πρέπει να χορηγούνται στον ασθενή ενδομυϊκές δόσεις πενικιλίνης-G. Η ίδια αρχή θεραπείας ακολουθεί και για άλλες αιτίες του έλκους του πέους, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου, του κανκροειδούς και του έρπητα.
Είναι επιτακτική ανάγκη ο ασθενής να διατηρεί το έλκος του πέους απαλλαγμένο από μόλυνση, καθώς αυτό θα μπορούσε να οδηγήσει σε σοβαρές επιπλοκές στην υγεία του. Οι ιατροί συχνά συνιστούν τη χρήση τοπικών αντιβιοτικών για την αποτροπή δυνητικά επιβλαβών μικροοργανισμών, εκτός εάν ο ασθενής εμφανίσει ανεπιθύμητες αντιδράσεις στο φάρμακο. Σε ορισμένες περιπτώσεις, η χρήση αντιβιοτικών μπορεί να συμβάλει στην εξέλκωση, καθιστώντας τον έλεγχο πριν από τη θεραπεία σημαντική παράμετρο. Σε περίπτωση που δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν αντιβιοτικά, τα τοπικά αντισηπτικά είναι μια πιθανή, αν και πιο άβολη, εναλλακτική.
Ένα έλκος μπορεί να αναπτύξει κάποιο πρήξιμο, το οποίο προσθέτει στην ενόχληση του ασθενούς και περιπλέκει τη θεραπεία. Οι ιατροί συνιστούν τη χρήση από του στόματος ή τοπικών αντιισταμινικών για τον έλεγχο της φλεγμονής. Εάν η θεραπεία δεν είναι σε θέση να μειώσει αποτελεσματικά το πρήξιμο, οι ασθενείς μπορούν να επιλέξουν να δοκιμάσουν πιο ισχυρά κορτικοστεροειδή για να λύσουν το πρόβλημα. Τόσο τα αντιβιοτικά όσο και τα αντιφλεγμονώδη φάρμακα μπορούν να χρησιμοποιηθούν σε συνδυασμό με παυσίπονα για τη μείωση της ενόχλησης που βιώνουν οι ασθενείς με ελκωμένο πέος.
Εκτός από αυτές τις γενικές θεραπείες, οι ασθενείς θα πρέπει να υποβάλλονται σε εξετάσεις και να υποβάλλονται σε θεραπεία για οποιεσδήποτε ιατρικές παθήσεις που μπορεί να έχουν συμβάλει στον σχηματισμό του έλκους του πέους. Ένα έλκος πέους μπορεί να σχηματιστεί ως αποτέλεσμα μιας σειράς σεξουαλικά μεταδιδόμενων ασθενειών, γεγονός που καθιστά απαραίτητο τον ασθενή να αντιμετωπίσει τη ριζική λοίμωξη. Ο έρπης μπορεί να αντιμετωπιστεί με αντιιικά φάρμακα όπως η ακυκλοβίρη και η πενσικλοβίρη, μειώνοντας σημαντικά την πιθανότητα περαιτέρω ανάπτυξης έλκους. Οι λοιμώξεις από την άλλη πλευρά, μπορούν να εξαλειφθούν με αντιβιοτικά όπως η αζιθρομυκίνη και η ερυθρομυκίνη.
Ο καρκίνος του πέους μπορεί επίσης να οδηγήσει σε έλκος. Οι όγκοι που σχηματίζονται στην περιοχή των γεννητικών οργάνων μπορεί να εξελκωθούν και το περιβάλλον δέρμα συχνά σκληραίνει. Υπάρχουν διάφορες θεραπευτικές επιλογές για τέτοιες περιπτώσεις, όπως χημειοθεραπεία, ακτινοθεραπεία και χειρουργική αφαίρεση των όγκων. Τα ποσοστά επιτυχίας τείνουν να διαφέρουν από ασθενή σε ασθενή, γεγονός που καθιστά δύσκολο για τους γιατρούς να εγγυηθούν μακροπρόθεσμη ανακούφιση. Η θεραπεία θα κάνει τον καρκίνο πιο διαχειρίσιμο, ωστόσο, και συνήθως μειώνει τον ρυθμό με τον οποίο αναπτύσσονται τα έλκη.