Μια μεθοδολογία ελέγχου είναι η σειρά εργασιών ή δραστηριοτήτων που πραγματοποιεί μια λογιστική εταιρεία όταν εξετάζει τις οικονομικές πληροφορίες ενός πελάτη. Κάθε μεθοδολογία είναι τυπικά διαφορετική λόγω των διαφορών στις λειτουργίες του πελάτη. Η ανάπτυξη μιας μεθοδολογίας ελέγχου περιλαμβάνει τέσσερα στάδια: σχεδιασμό, επιτόπια εργασία, υποβολή εκθέσεων και παρακολούθηση. Κάθε βήμα έχει μερικά διαφορετικά καθήκοντα που πρέπει να ολοκληρώσουν οι ελεγκτές για να αναπτύξουν πλήρως μια εφαρμόσιμη μεθοδολογία. Μεγάλο μέρος της δουλειάς έρχεται αφότου μια εταιρεία υπογράφει την επιστολή αρραβώνων με έναν πελάτη.
Ο προγραμματισμός έρχεται μετά την πρώτη υπογραφή του πελάτη με μια λογιστική εταιρεία. Οι ελεγκτές λαμβάνουν συνέντευξη από την ομάδα διαχείρισης της εταιρείας και αναπτύσσουν ένα σχέδιο ελέγχου και ένα χρονοδιάγραμμα. Η μεθοδολογία ελέγχου περιλαμβάνει επίσης ένα προκαταρκτικό πεδίο εφαρμογής. Οι ελεγκτές εξετάζουν προηγούμενες εκθέσεις ελέγχου, τρέχουσες πληροφορίες και άλλες πληροφορίες για να καθορίσουν πώς να ολοκληρώσουν την επιτόπια εργασία. Εταιρείες με ιστορικά οικονομικά προβλήματα μπορεί να αναγκάσουν τη λογιστική εταιρεία να απορρίψει τον πελάτη λόγω αυξημένου ελεγκτικού κινδύνου.
Η επιτόπια εργασία είναι όπου οι ελεγκτές ολοκληρώνουν την πλειοψηφία των ελεγκτικών εργασιών. Η μεθοδολογία ελέγχου περιγράφει το μέγεθος του δείγματος, τις μεθόδους ελέγχου και τους εσωτερικούς ελέγχους που πρέπει να δοκιμάσουν οι ελεγκτές. Η ανάλυση κινδύνου αποτελεί επίσης μέρος αυτής της διαδικασίας. Οι ελεγκτές δημιουργούν μια βασική εκτίμηση για τους κινδύνους που επικρατούν στις λειτουργίες του πελάτη. Ο εντοπισμός του κινδύνου κατά τα πρώτα στάδια της επιτόπιας εργασίας επιτρέπει στους ελεγκτές να συζητήσουν πώς να προσεγγίσουν αυτούς τους τομείς και να αλλάξουν τη μεθοδολογία ελέγχου για να εξασφαλίσουν πλήρη έλεγχο των πληροφοριών του πελάτη.
Η φάση αναφοράς ενός ελέγχου είναι η αρχή του τέλους για ολόκληρη τη διαδικασία. Η μεθοδολογία ελέγχου συνήθως περιγράφει το προσχέδιο πίνακα που προετοιμάζουν οι ελεγκτές για τον πελάτη τους. Ο πίνακας περιλαμβάνει μια σύντομη έκθεση σχετικά με τα ευρήματα του ελέγχου και την ουσιώδη επίδραση που έχουν τα στοιχεία στις χρηματοοικονομικές πληροφορίες. Η μεθοδολογία απαιτεί συνήθως ένα προσχέδιο πίνακα που οι ελεγκτές συζητούν με τον πελάτη πριν εκδώσουν μια επίσημη έκθεση ελέγχου. Οι ελεγκτές μπορούν να αλλάξουν τις απόψεις τους για ορισμένα ευρήματα, εάν ο πελάτης μπορεί να αποδείξει ότι τα στοιχεία δεν είναι ζητήματα.
Η παρακολούθηση του ελέγχου είναι το τελικό στάδιο μιας μεθοδολογίας ελέγχου. Εάν ένας πελάτης λάβει ειδική ή αρνητική γνώμη ελέγχου —που υποδεικνύει πρόβλημα με τις τρέχουσες χρηματοοικονομικές πληροφορίες— είναι απαραίτητος ένας δεύτερος έλεγχος για να διασφαλιστεί ότι αυτά τα προβλήματα δεν υπάρχουν. Η μεθοδολογία ελέγχου απαιτεί συνήθως έναν διορθωτικό έλεγχο όπου οι ελεγκτές επιστρέφουν στον πελάτη και δοκιμάζουν όλους τους τομείς που απέτυχαν στον αρχικό έλεγχο. Οι ελεγκτές επανεξετάζουν νέες πληροφορίες για να διασφαλίσουν ότι ο πελάτης άλλαξε τις λογιστικές πρακτικές για να διορθώσει τα προηγούμενα σφάλματα. Συνήθως ακολουθεί ο διορθωτικός έλεγχος. την ίδια —αν και λιγότερο έντονη— μεθοδολογία.