Η φροντίδα ενός μπονσάι κυπαρισσιού μπορεί να εξαρτάται από το συγκεκριμένο είδος δέντρου που επιλέγεται, καθώς υπάρχουν περισσότερα από 100 διαφορετικά στελέχη κυπαρισσιού διαθέσιμα για εκπαίδευση ως μπονσάι. Οι δημοφιλείς εκδόσεις του μπονσάι κυπαρισσιού περιλαμβάνουν το Lawson — Chamaecyparis lawsoniana, το ιαπωνικό Hinoki — Chamaecyparis obtuse και το ιαπωνικό Sawara — Chamaecyparis pisifera. Ένας άλλος κοινός τύπος μπονσάι κυπαρισσιού που συνιστάται για αρχάριους, αν και δεν είναι αληθινό είδος κυπαρισσιού, είναι το Φαλακρό ή Βάλτο κυπαρίσσι — Taxodium distichum. Η φροντίδα των κυπαρισσιών μπορεί επομένως να ποικίλλει, καθώς ορισμένοι προτιμούν τις ξηρές κλιματικές συνθήκες όπως το ιαπωνικό Hinoki, και κάποιοι είναι εγγενείς σε ελώδεις περιοχές και προτιμούν ένα σταθερά υγρό περιβάλλον όπως το Φαλακρό κυπαρίσσι. Κατά γενικό κανόνα, ωστόσο, τα κυπαρίσσια είναι εύκολο να αναπτυχθούν ως μπονσάι, επομένως έχουν γίνει μια πολύ δημοφιλής επιλογή από το 2011 και είναι δέντρα που προτιμούν το πλήρες φως του ήλιου και την τακτική λίπανση.
Τα περισσότερα είδη κυπαρισσιών είναι σχετικά ανθεκτικά, επομένως κάνουν καλά δείγματα μπονσάι, καθώς η προσαρμογή ενός δέντρου σε έναν τρόπο ζωής μπονσάι μπορεί να είναι μια αγχωτική διαδικασία για το δέντρο. Όσον αφορά τη συχνότητα ποτίσματος, το κυπαρίσσι Hinoki είναι το είδος που απαιτεί τις πιο ξηρές συνθήκες. Το έδαφος για το Hinoki θα πρέπει να είναι υγρό τις περισσότερες φορές, αλλά είναι ένα είδος ανθεκτικό στην ξηρασία που μπορεί να επιβιώσει σε ψυχρότερες και ξηρότερες συνθήκες από άλλα μπονσάι κυπαρισσιού. Σε αυτό το φάσμα, το κυπαρίσσι Sawara απαιτεί περισσότερο νερό, καθώς είναι εγγενές σε υγρές περιοχές, και το Φαλακρό κυπαρίσσι απαιτεί μια σχεδόν σταθερή κατάσταση υγρού εδάφους καθώς είναι εγγενές στους βάλτους. Τα σαβάρα και τα φαλακρά κυπαρίσσια μπορούν επίσης να πεθάνουν εάν εκτεθούν σε κρύες συνθήκες και πρέπει να ξεχειμωνιαστούν σε θερμοκήπια.
Τα μπονσάι γενικά μπορεί να είναι επιρρεπή σε πιο συχνές επιθέσεις από παράσιτα και ασθένειες από τα αντίστοιχά τους στην άγρια φύση λόγω των περιορισμένων συνθηκών στις οποίες καλλιεργούνται. Ενώ το δέντρο Hinoki είναι αρκετά ανθεκτικό στα παράσιτα και τις ασθένειες, τα κυπαρίσσια Sawara και φαλακρός συχνά προσβάλλονται από αφίδες ρίζας και έχουν ευαίσθητα κλαδιά που πρέπει να κλαδεύονται με τσιμπήματα με τα δάχτυλα αντί να κοπούν για να αποφευχθεί η αδικαιολόγητη ζημιά στα δέντρα. Το κυπαρίσσι Lawson, το οποίο είναι ένα από τα πιο δημοφιλή ποικιλίες μπονσάι κυπαρισσιού που καλλιεργούνται, απαιτεί επίσης συνεχώς υγρό έδαφος όπως το Sawara, αλλά όχι συνθήκες με νερό που τείνει να απολαμβάνει το Φαλακρό κυπαρίσσι. Μία από τις συνθήκες καλλιέργειας που είναι κοινή σε όλα τα δημοφιλή μπονσάι κυπαρισσιού είναι ότι όλοι προτιμούν το πλήρες φως του ήλιου, πράγμα που συχνά σημαίνει ότι τα ίδια τα δοχεία μπονσάι διατηρούνται καλύτερα σε εξωτερικούς χώρους.
Το φαλακρό κυπαρίσσι πήρε το όνομά του από το γεγονός ότι είναι ένα μοναδικά φυλλοβόλο κωνοφόρο δέντρο που χάνει τα φύλλα του που μοιάζουν με βελόνα τον χειμώνα. Το φύλλωμα θα γίνει πρώτα πορτοκαλί και μετά καφέ, κάτι που, σε άλλα μπονσάι κυπαρισσιού, θα έδειχνε ότι το δέντρο πεθαίνει. Στο Φαλακρό κυπαρίσσι, αυτό είναι ένα φυσικό γεγονός του φθινοπώρου. Ο προσδιορισμός της κατάλληλης στάθμης νερού για το Φαλακρό κυπαρίσσι μπορεί επίσης να γίνει με την παρακολούθηση των επιπτώσεων της πτώσης στο νέο φύλλωμα, κάτι που δείχνει ότι χρειάζεται περισσότερο νερό.
Η φύτευση του μπονσάι κυπαρισσιού συνιστάται επίσης να επαναλαμβάνεται κάθε δύο έως τρία χρόνια για όλα τα είδη, αν και μερικά αναπτύσσονται πιο γρήγορα από άλλα. Το Hinoki τείνει να αναπτύσσεται πιο αργά, επομένως μπορεί να μεταφερθεί λιγότερο συχνά από ποικιλίες όπως η Sawara. Το φαλακρό κυπαρίσσι μεγαλώνει πιο γρήγορα και μπορεί να μεταφερθεί με ασφάλεια κάθε χρόνο. Επειδή ο φλοιός του μπονσάι κυπαρισσιού μπορεί να είναι ευαίσθητος, πρέπει επίσης να ληφθεί μέριμνα για την καλωδίωση των δέντρων για να αποκτήσουν συγκεκριμένα σχήματα. Καθώς το σύρμα σφίγγεται, θα πρέπει να αφαιρεθεί και να αντικατασταθεί με πιο χαλαρές περιελίξεις ή καθόλου.