Οι χωνικοί χυμοί διασπούν χημικά τα τρόφιμα σε συστατικά που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να τροφοδοτήσουν το μεταβολισμό του σώματος. Η ακριβής χημική αντίδραση που προκύπτει εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από τον συγκεκριμένο χυμό. Ερεθίσματα από τα τρόφιμα, όπως η όραση, η μυρωδιά και η γεύση, πυροδοτούν αυξημένη παραγωγή χωνευτικών χυμών. Καθώς τα τρόφιμα υποβάλλονται σε επεξεργασία στο γαστρεντερικό σωλήνα, η παραγωγή χυμού αυξάνεται ακόμη περισσότερο από τα όργανα κοντά και συνδυάζεται με το φαγητό. Στη συνέχεια, οι χυμοί διαχωρίζουν τα διάφορα συστατικά των τροφίμων, όπως η ζάχαρη και η πρωτεΐνη, το ένα από το άλλο και τα προετοιμάζουν για απορρόφηση στο σύστημα.
Το σάλιο είναι ο πρώτος από τους χωνευτικούς χυμούς που επηρεάζει την τροφή. Η αμυλάση – επίσης αναφέρεται ως “πτυαλίνη” -, ένα ένζυμο που βρίσκεται στο σάλιο, ξεκινά την πέψη καταλύοντας καταλύοντας τη διάλυση του αμύλου σε πιο απλά σάκχαρα. Καθώς το άτομο μασάει, το σάλιο αναμιγνύεται καλά στο φαγητό, ενεργώντας πάνω στο άμυλο που υπάρχει και λιπαίνει το φαγητό για προετοιμασία για άλλες πεπτικές διαδικασίες.
Στη συνέχεια, η τροφή καταπίνεται και μεταφέρεται στο στομάχι, το οποίο περιέχει γαστρικό χυμό. Αυτός θεωρείται ένας από τους πιο πτητικούς πεπτικούς χυμούς, με το υδροχλωρικό οξύ να είναι ένα από τα κύρια συστατικά του. Το ισχυρό οξύ χρησιμεύει για τη διάλυση της τροφής, ενώ τα ένζυμα πεψίνη και ρενίνη διασπούν την πρωτεΐνη σε απλούστερα αμινοξέα. Το χλωριούχο κάλιο και το χλωριούχο νάτριο που υπάρχουν στον χυμό βοηθούν στην εξουδετέρωση του οξέος, επιτρέποντας την ασφαλή μεταφορά τροφής από το στομάχι στο λεπτό έντερο ή στο δωδεκαδάκτυλο.
Το δωδεκαδάκτυλο περιέχει δύο πεπτικούς χυμούς: τον παγκρεατικό χυμό και τη χολή. Αρκετά ένζυμα δρουν στα τρόφιμα στον παγκρεατικό χυμό. συγκεκριμένα, αμυλάση, λιπάση και τρυψίνη. Η αμυλάση στον παγκρεατικό χυμό, όπως και στο σάλιο, καταλύει τη διάσπαση σύνθετων σακχάρων σε πιο απλά σάκχαρα. Η λιπάση, από την άλλη πλευρά, καταλύει τη διάσπαση των λιπιδίων μέσω υδρόλυσης. Με τον ίδιο τρόπο, η τρυψίνη καταλύει τη διάλυση χημικών δεσμών σε πεπτίδια για να απελευθερώσει απλούστερα αμινοξέα.
Η χολή, ο δεύτερος από τους πεπτικούς χυμούς του δωδεκαδακτύλου, αποτελείται κυρίως από νερό. Περίπου το 10 τοις εκατό της χολής περιέχει χολικά άλατα, ωστόσο, τα οποία χρησιμεύουν για τη γαλακτωματοποίηση σταγονιδίων λίπους από μερικώς αφομοιωμένα τρόφιμα σε μικκύλια. Αυτά τα λίπη, τα τριγλυκερίδια και τα φωσφολιπίδια συνδέονται μεταξύ τους για να σχηματίσουν δομές γνωστές ως μικκύλια. Η αυξημένη επιφάνεια που δημιουργείται από τη γαλακτωματοποίηση επιτρέπει στη λιπάση στον παγκρεατικό χυμό να δράσει στο λίπος, διασπώντας τα τριγλυκερίδια σε απλούστερα λιπαρά οξέα και μονογλυκερίδια. Αυτές οι ουσίες απορροφώνται στη συνέχεια μέσω των λαχνών στην εντερική οδό, για να χρησιμοποιηθούν για τις διαφορετικές μεταβολικές διαδικασίες του σώματος.