Αν και η διπολική και η σχιζοφρένεια εξακολουθούν, ως επί το πλείστον, να θεωρούνται δύο ξεχωριστές ψυχιατρικές ασθένειες, σχετίζονται με πολλούς τρόπους. Και οι δύο ασθένειες αναπτύσσονται συνήθως στα τέλη της εφηβείας ή στις αρχές της ενηλικίωσης. Οι γενετικοί αιτιολογικοί παράγοντες έχουν βρεθεί ότι είναι πολύ παρόμοιοι στις δύο ασθένειες του εγκεφάλου. και οι δύο διαταραχές εμφανίζονται συχνά στις ίδιες οικογένειες. Μερικοί άνθρωποι διαγιγνώσκονται με συμπτώματα και των δύο ασθενειών. Η σχιζοφρένεια και η διπολική ή μανιοκαταθλιπτική διαταραχή μοιράζονται επίσης κοινά συμπτώματα και θεραπείες.
Ορισμένα φάρμακα που συνταγογραφούνται τόσο για τη διπολική όσο και για τη σχιζοφρένεια χαμηλότερα επίπεδα πρωτεϊνικής κινάσης C (PKC) στον εγκέφαλο. Τα υψηλά επίπεδα αυτής της πρωτεΐνης του εγκεφάλου πιστεύεται ότι αυξάνουν τη σοβαρότητα των συμπτωμάτων που σχετίζονται και με τις δύο ασθένειες, όπως η ακρόαση ή η θέαση πραγμάτων που δεν υπάρχουν, οι συγκλονιστικές σκέψεις και οι μεγαλειώδεις ή ψευδείς πεποιθήσεις που σχετίζονται με την προσωπική δύναμη κάποιου. Σε αυτό που ονομάζεται δυσφορική διάθεση στη σχιζοφρένεια, οι σχιζοφρενείς συχνά βιώνουν σοβαρή ευερεθιστότητα, άγχος και κατάθλιψη παρόμοια με αυτά που τείνουν να έχουν οι διπολικοί, ή οι μανιοκαταθλιπτικοί, στις καταθλιπτικές τους περιόδους. Εάν δεν αντιμετωπιστούν, τόσο οι διπολικοί όσο και οι σχιζοφρενείς είναι εξαιρετικά πιθανό να κάνουν κατάχρηση ναρκωτικών ή αλκοόλ ως τρόπο «αυτοθεραπείας».
Η κύρια διαφορά μεταξύ των συμπτωμάτων της σχιζοφρένειας και της διπολικής διαταραχής είναι η διάθεση. Η διπολική νόσος θεωρείται μια διαταραχή της διάθεσης που χαρακτηρίζεται από δύο ακραίες διαθέσεις: τη μανιακή αισιοδοξία και την καταθλιπτική απελπισία. Οι διαφορετικές διαθέσεις είναι τόσο έντονες που παρεμβαίνουν στην καθημερινή ζωή του διπολικού. Συχνά συνταγογραφείται ένας σταθεροποιητής διάθεσης όπως το λίθιο. Οι σχιζοφρενείς δεν έχουν δύο ξεχωριστές περιόδους διαθέσεων, αλλά αντιθέτως βιώνουν συνεχώς διαφορετικές ομάδες συμπτωμάτων γνωστών ως αρνητικών και θετικών. Αυτά μπορούν να ελεγχθούν με αντιψυχωσικά φάρμακα όπως το Haldol. Τα αρνητικά συμπτώματα είναι τα πιο δύσκολο να αντιμετωπιστούν με φάρμακα. Εμφανίζονται ως υπολειτουργικά, όπως έλλειψη συναισθήματος, ομιλίας ή έκφρασης, ενώ τα θετικά σχιζοφρενικά συμπτώματα υπερλειτουργούν, όπως το να ακούς φωνές ή να πιστεύεις ότι κατέχεις υπεράνθρωπες δυνάμεις.
Είναι πιθανό ένα άτομο να έχει και τις δύο ασθένειες ή τουλάχιστον επικαλυπτόμενα συμπτώματα. Η σχιζοσυναισθηματική διάγνωση αναφέρεται σε ένα άτομο με σχιζοφρένεια και μια διαταραχή της διάθεσης όπως η διπολική ή η μείζονα κατάθλιψη. Μια μείζονα καταθλιπτική διαταραχή διαφέρει από τη διπολική στο ότι δεν έχει τη μανιακή φάση. Η διπολική και η σχιζοφρένεια θεωρούνται ότι σχετίζονται ιδιαίτερα. Μελέτες έχουν δείξει ότι η σχιζοφρένεια κάνει ένα άτομο πιο επιρρεπές στην ανάπτυξη διπολικής διαταραχής.
Η ύπαρξη μελών της οικογένειας είτε με σχιζοφρένεια είτε με διπολική διαταραχή αυξάνει τον κίνδυνο εμφάνισης μιας ή και των δύο ασθενειών. Μια οικογένεια με ιστορικό μιας ασθένειας είναι πιθανό να έχει και την άλλη διαταραχή. Η διπολική και η σχιζοφρένεια έχουν γενετικά στοιχεία που συνδέονται και με τις δύο διαταραχές του εγκεφάλου.