Η χρήση αντιβιοτικών για φλεγμονές είναι κάτι που ακόμη μελετάται. Έχουν αποδειχθεί αποτελεσματικά στη θεραπεία της φλεγμονής του εντέρου και μιας ποικιλίας άλλων καταστάσεων. Άλλοι τύποι φλεγμονής μπορεί να μην βοηθηθούν καθόλου. Τα αντιβιοτικά είναι επίσης ιδιαίτερα αποτελεσματικά για τη φλεγμονή που προκαλείται από βακτηριακή λοίμωξη. Αυτή είναι μια κοινή αιτία φλεγμονής, αν και μπορεί να υπάρχουν και άλλα συμπτώματα.
Τα αντιβιοτικά είναι φάρμακα που συνταγογραφούνται σε όσους πάσχουν από βακτηριακή λοίμωξη, καθώς και από ορισμένες φλεγμονώδεις καταστάσεις, όπως η νόσος του Crohn. Παρά την κοινή παρανόηση, τα αντιβιοτικά δεν είναι αποτελεσματικά όταν χρησιμοποιούνται για ιογενείς ή μυκητιασικές λοιμώξεις. Για το λόγο αυτό, τυχόν φλεγμονώδη συμπτώματα που σχετίζονται με λοίμωξη θα πρέπει να προσδιοριστεί ότι προέρχονται από βακτήρια πριν από τη θεραπεία με αντιβιοτικά.
Όταν η φλεγμονή προκαλείται από μόλυνση, τυπικά θα σημειωθούν άλλα συμπτώματα. Αυτά περιλαμβάνουν συχνότερα πόνο, ερυθρότητα, πύον, διαρροή, αιμορραγία ή πυρετό. Το δέρμα μπορεί επίσης να αισθάνεται ζεστό στην αφή. Η σοβαρότητα αυτών των συμπτωμάτων θα εξαρτηθεί από το πόσο έχει μολυνθεί η περιοχή και πόσο διαδεδομένη έχει γίνει η μόλυνση.
Έχει αποδειχθεί ότι η χρήση αντιβιοτικών για τη φλεγμονή μπορεί να είναι αποτελεσματική, ακόμη και σε καταστάσεις όπου δεν ευθύνονται τα βακτήρια. Υπάρχει μια μεγάλη ποικιλία καταστάσεων που έχει αποδειχθεί ότι προκαλούν φλεγμονώδεις αποκρίσεις και ορισμένες έχουν αντιμετωπιστεί επιτυχώς με τη χρήση αντιβιοτικών φαρμάκων. Ορισμένα από αυτά θα μπορούσαν να σχετίζονται με βακτηριακή λοίμωξη, αν και απαιτείται περισσότερη έρευνα για να προσδιοριστεί ακριβώς πόσο αποτελεσματικά είναι αυτά τα φάρμακα.
Η χρήση αντιβιοτικών για τη φλεγμονή είναι πιο κοινή στη θεραπεία ορισμένων παθήσεων του εντέρου. Αν και είναι συχνά δύσκολο να προσδιοριστεί τι προκαλεί πρήξιμο και πόνο στο παχύ έντερο, η υπερανάπτυξη βακτηρίων είναι μια πιθανή αιτία. Ορισμένοι επαγγελματίες υγείας υποστηρίζουν ότι η χρήση αντιβιοτικών για αυτόν τον σκοπό μπορεί επίσης να σκοτώσει τα «φιλικά» βακτήρια που βρίσκονται στα έντερα, οδηγώντας σε περισσότερα προβλήματα. Η χρήση μιας προβιοτικής φόρμουλας μπορεί να προσφέρει ανακούφιση παρόμοια με τη χρήση αντιβιοτικών, αλλά χωρίς αυτή την παρενέργεια.
Η χρήση αντιβιοτικών για φλεγμονές που δεν σχετίζονται με λοιμώξεις μπορεί να είναι επικίνδυνη για διάφορους λόγους. Πολλά αντιβιοτικά φάρμακα μπορεί να προκαλέσουν ανησυχητικές παρενέργειες όπως ναυτία και ζάλη. Μπορούν επίσης να οδηγήσουν σε πρόσθετη μόλυνση, όπως μόλυνση ζύμης, η οποία μπορεί να προκαλέσει δυσφορία και να οδηγήσει στην ανάγκη πρόσθετων θεραπειών. Για το λόγο αυτό, επαναλαμβανόμενες δόσεις αντιβιοτικών θα πρέπει να χορηγούνται με προσοχή εάν η αρχική θεραπεία δεν ήταν αποτελεσματική. Αυτό θα μπορούσε να υποδηλώνει ότι μια βακτηριακή λοίμωξη δεν ευθύνεται για τα συμπτώματα.