Η μετρονιδαζόλη για τα χλαμύδια δεν είναι αποτελεσματική — η εσφαλμένη αντίληψη ότι η μετρονιδαζόλη είναι η θεραπεία εκλογής για τα χλαμύδια πηγάζει από το γεγονός ότι αυτό το φάρμακο χρησιμοποιείται συχνά ως μέρος μιας ομάδας φαρμάκων που χορηγούνται όταν ένα άτομο παρουσιάζει συμπτώματα σεξουαλικά μεταδιδόμενης ασθένειας (ΣΜΝ) όπως τα χλαμύδια. Η μετρονιδαζόλη περιλαμβάνεται στην ομάδα για τη θεραπεία πιθανής λοίμωξης από τριχομονάδα.
Υπάρχει ένας αριθμός κοινών σεξουαλικά μεταδιδόμενων ασθενειών που μπορεί να εμφανιστούν με παρόμοια συμπτώματα, όπως εκκρίσεις από τον κόλπο ή το πέος, πόνο κατά την ούρηση ή επώδυνη σεξουαλική επαφή. Εάν εμφανιστεί κάποιο από αυτά τα συμπτώματα, θα πρέπει να αναζητηθεί ιατρική βοήθεια και να ληφθεί θεραπεία. Τα χλαμύδια συνήθως προκαλούνται από έναν αναερόβιο οργανισμό που ονομάζεται Chlamydia trachomatis, ο οποίος μεταδίδεται σεξουαλικά. Μπορεί να παραμείνει χωρίς συμπτώματα ή να εμφανίζεται με τα συμπτώματα που αναφέρονται παραπάνω.
Αν και η μετρονιδαζόλη για τα χλαμύδια δεν είναι αποτελεσματική, μια σειρά από άλλα αντιβιοτικά χρησιμοποιούνται για την αποτελεσματική θεραπεία των χλαμυδίων. Αυτές περιλαμβάνουν δοξυκυκλίνη, αζιθρομυκίνη ή κλαριθρομυκίνη. Η επιλογή της χρήσης θα γίνεται από τον συνταγογραφούντα ιατρό ανά ασθενή, λαμβάνοντας υπόψη το κλινικό ιστορικό και την εικόνα κάθε ασθενούς. Η πλήρης πορεία θα πρέπει να ολοκληρωθεί για να ελαχιστοποιηθεί η πιθανότητα υποτροπής και όλοι οι σεξουαλικοί σύντροφοι θα πρέπει να υποβάλλονται σε θεραπεία ταυτόχρονα.
Ενώ η μετρονιδαζόλη δεν χρησιμοποιείται για τα χλαμύδια, χρησιμοποιείται για τη θεραπεία της βακτηριακής κολπίτιδας ή της ουρηθρίτιδας που προκαλείται από άλλο αναερόβιο, το Trichomonas vaginalis. Συνήθως χρησιμοποιείται ως μία δόση ή ως κύκλος επτά ημερών και πρέπει να τηρούνται η συνταγογραφούμενη δόση και διάρκεια. Σε περίπτωση λοίμωξης από Trichomonas, οι σεξουαλικοί σύντροφοι θα πρέπει επίσης να αντιμετωπίζονται.
Όπως με οποιοδήποτε φάρμακο, η μετρονιδαζόλη μπορεί να αλληλεπιδράσει με άλλα φάρμακα, συμπεριλαμβανομένων των ομοιοπαθητικών, των συμπληρωματικών και των μη συνταγογραφούμενων σκευασμάτων, επομένως αυτά θα πρέπει να συζητηθούν με τον θεράποντα ιατρό. Το αλκοόλ θα πρέπει να αποφεύγεται εντελώς κατά τη διάρκεια της θεραπείας με μετρονιδαζόλη. Μπορεί να εμφανιστούν ανεπιθύμητες ενέργειες, όπως ναυτία και έμετος, διάρροια και δυσάρεστη γεύση στο στόμα. Εάν κάποιο από αυτά είναι σοβαρό, θα πρέπει να ζητηθεί η συμβουλή γιατρού.
Η συνδρομική θεραπεία των κολπικών εκκρίσεων δίνεται συχνά με την παρουσίαση των μη ειδικών συμπτωμάτων των ΣΜΝ. Αυτό συνεπάγεται την ταυτόχρονη χορήγηση τριών αντιβιοτικών για τη θεραπεία των τριών πιο συχνά εντοπιζόμενων ΣΜΝ: γονόρροιας, χλαμύδια και τριχομονάδας. Οι στρατηγικές πρόληψης ΣΜΝ είναι ζωτικής σημασίας καθώς η παρουσία οποιασδήποτε ή όλων αυτών των ασθενειών αυξάνει τον κίνδυνο μετάδοσης του HIV, ενός ανίατου ΣΜΝ. Η χρήση προφυλακτικού και η ενθάρρυνση λιγότερων σεξουαλικών συντρόφων είναι τα πρώτα βήματα που είναι απαραίτητα για την επιβράδυνση της επιδημίας.