Există o serie de diferențe între medicamentele eliberate pe bază de rețetă și cele fără prescripție medicală, așa cum poate atesta orice persoană care a vizitat o cameră de urgență sau un medic de familie pentru tratament. Medicamentele eliberate fără prescripție medicală sunt, în general, destinate afecțiunilor minore, cum ar fi indigestie, dureri de cap sau tuse, în timp ce medicamentele eliberate pe bază de rețetă pot fi utilizate pentru a trata afecțiuni majore, cum ar fi diabetul, cancerul sau bolile de inimă, de exemplu. Medicamentele fără prescripție medicală nu sunt, de obicei, formulate pentru a fi la fel de puternice ca omologii lor prescrise, deși acest lucru nu este neapărat o reflecție asupra eficacității lor.
O diferență între cele două tipuri de medicamente este accesul. Doar profesioniștii medicali calificați și autorizați pot comanda medicamente eliberate pe bază de rețetă pentru pacienții lor și numai farmaciștii calificați pot completa aceste comenzi. Medicamentele eliberate fără prescripție medicală, însă, nu necesită prescripție medicală, iar multe pot fi achiziționate din alte puncte de vânzare decât farmacii. Un medicament prescris este destinat unui anumit pacient și nu poate fi împărtășit legal altora. Medicamentele fără prescripție medicală pot fi însă înmânate oricărui prieten, coleg de muncă sau membru al familiei care suferă de aceeași afecțiune, atâta timp cât sunt respectate instrucțiunile de dozare corespunzătoare.
O altă diferență între cele două medicamente este formularea. Medicamentele prescrise sunt de obicei formulate la o putere terapeutică pentru ca medicul să ofere un tratament agresiv. Utilizarea neautorizată a acestor medicamente s-ar putea sfârși într-o tragedie, deoarece există o mulțime de interacțiuni medicamentoase care trebuie luate în considerare înainte ca pacientul să primească medicamentul. Medicamentele fără prescripție medicală, pe de altă parte, sunt în general formulate la o putere considerată „sigură și eficientă” de către Food and Drug Administration (FDA). Dacă instrucțiunile de dozare sunt respectate în mod corespunzător, multe medicamente fără prescripție pot fi utilizate împreună fără teama de interacțiuni periculoase sau supradoze.
Costul este o altă diferență între multe dintre aceste medicamente. Aproape toate formulările de medicamente eliberate pe bază de prescripție medicală sunt protejate de legile brevetelor pentru un anumit număr de ani, ceea ce înseamnă că compania de medicamente responsabilă pentru crearea unui medicament prescris poate stabili un preț corespunzător pentru medicamentele lor exclusive. De exemplu, un singur producător de medicamente poate face un ajutor pentru somn pe bază de rețetă numit Ambien®, deși alte medicamente pot atinge obiective similare. Cu toate acestea, majoritatea formulelor de medicamente fără prescripție medicală nu mai sunt secrete de proprietate, așa că o serie de companii pot produce aspirina sau sirop de tuse și pot concura unul lângă altul pe rafturile magazinelor.
Medicamentele prescrise sunt, de asemenea, acoperite de multe planuri de asigurare, ceea ce înseamnă că pacienții plătesc doar o mică deductibilă pentru beneficiile medicamentelor scumpe pe bază de rețetă. Medicamentele fără prescripție medicală sunt rareori acoperite de asigurare, ceea ce înseamnă că consumatorul trebuie să plătească întregul preț de piață pentru acele medicamente. Unele medicamente fără prescripție medicală, în special cele care au fost odată disponibile numai pe bază de rețetă, pot fi moderat scumpe, deși majoritatea medicamentelor fără prescripție medicală pentru afecțiunile de rutină sunt în general ieftine. În timp ce un medicament prescris poate avea sau nu o versiune generică mai puțin costisitoare, un medicament fără prescripție medicală produs de o companie recunoscută, cum ar fi Bayer, poate fi nevoit să concureze cu mărci de magazine mai ieftine sau medicamente similare produse de companii mai puțin cunoscute.