Amigdala este o structură din creier asociată de obicei cu stări emoționale. Există, totuși, o legătură puternică între amigdală și memorie. Acționând împreună cu alte părți ale sistemului limbic, cum ar fi hipocampul, această parte a creierului ajută la reglarea și codificarea amintirilor emoționale. Comportamentul viitor este adesea dictat de memoria emoțională. Asocierea unei emoții precum frica cu un anumit eveniment poate ajuta să reacționăm la stimuli periculoși, sau un sentiment de plăcere cu un anumit aliment poate ajuta la ghidarea viitoarelor alegeri de dietă.
Există două teorii concurente cu privire la modul în care amigdala ajută la formarea memoriei emoționale. Amigdala poate codifica în mod direct memoria emoțională într-o oarecare măsură, lucrând cu hipocampul. În mod alternativ, poate furniza intrare pentru procesarea memoriei efectuată de hipocamp. Unii cercetători au propus chiar o integrare fluidă a acestor teorii, în care reglarea emoției și a memoriei poate avea loc de fapt folosind activitatea în ambele structuri. Amigdala este strâns legată de memorie, chiar dacă amigdala nu formează amintiri de la sine.
Condiționarea unui răspuns de frică este o legătură importantă între amigdală și memorie, dar această structură influențează de fapt memoria în alte moduri. Amigdala pare să regleze modul în care alte regiuni ale creierului codifică amintirile pe termen lung. Când grade mai mari de excitare emoțională în timpul unui eveniment activează această parte a creierului, evenimentul pare să fie mai puternic codificat și mai ușor de rememorat. Această legătură între amigdală și memorie ar putea explica de ce oamenii își amintesc mai ușor evenimentele traumatice și decât cele fără conținut emoțional.
Capacitatea amigdalei și a memoriei de a lucra împreună poate fi esențială pentru supraviețuire. De asemenea, este important de reținut că a avea o conexiune prea puternică și a-ți aminti prea ușor evenimentele înspăimântătoare sau traumatizante poate fi un deficit. O teorie din spatele tulburării de stres post-traumatic (PTSD) este că stimulii stresanți, sau stimuli similari evenimentului traumatic inițial, supraactivează amigdala. La rândul său, individul cu PTSD își amintește de evenimentul traumatizant, alături de emoțiile negative care l-au însoțit inițial. O supraactivare similară ar putea fi, de asemenea, o caracteristică a unor forme de tulburări de anxietate.
Chiar și emoțiile pozitive pot facilita stocarea amintirilor. Excitarea emoțională de orice tip duce la activitate sincronizată în amigdala, care ar putea fi legată de o capacitate crescută de a forma conexiuni neuronale. Aceste conexiuni consolidate pot promova interacțiunea care permite amintirilor să fie amintite mai rapid. Amigdalele mai mari pot avea o capacitate mai mare de a realiza această performanță.