Structura amilazei, o enzimă care descompune amidonul și zaharurile complexe în zaharuri simple, este de obicei destul de simplă, dar enzima joacă un rol important în digestia carbohidraților. Există două variante diferite ale acestei molecule, numite alfa amilază și beta amilază. Corpul uman are două tipuri de alfa amilază, unul în salivă și unul în pancreas. Ambele molecule sunt importante în digestia carbohidraților, deoarece organismul nu poate digera zaharurile complexe și amidonul fără a le descompune mai întâi. Beta amilaza nu este prezentă în corpul uman și se găsește de obicei în plante și semințe.
În timp ce structura și tipul de amilază pot varia între organisme, există unele caracteristici pe care toate moleculele de amilază le au în comun. Alfa și beta amilazele conțin ambele o structură numită regiune de butoi, care contribuie în mare parte la forma generală a enzimei. De asemenea, toate enzimele au o zonă esențială numită sit activ. Aceasta este partea enzimei care se leagă de un complex de zahăr sau amidon pentru a-l descompune. Procesul de descompunere a carbohidraților din locul activ implică interacțiuni între mai multe grupuri de atomi și ioni, atât în locul activ, cât și pe molecula de carbohidrați.
În corpul uman, structura amilazei este similară indiferent dacă se găsește în saliva sau în pancreas. Ambele variante umane de amilază sunt molecule mici compuse dintr-un singur lanț de blocuri numite aminoacizi. Lanțul de aminoacizi formează trei regiuni distincte numite domenii și fiecare domeniu are o funcție biologică specifică care ajută la descompunerea carbohidraților. Două dintre aceste domenii sunt strâns asociate împreună, în timp ce al treilea domeniu poate varia semnificativ între amilaze. În ciuda asemănării lor, amilazele salivare și pancreatice nu sunt interschimbabile; amilaza pancreatică termină de obicei treaba pe care a început-o amilaza salivară.
Deși structura amilazei este de obicei simplă, există unele variante care sunt semnificativ mai complexe decât majoritatea. Majoritatea alfa amilazelor sunt foarte asemănătoare ca lungime, dar unele se pliază în mai mult decât cele trei domenii comune. Unele beta-amilaze sunt enorme în comparație cu alfa-amilaze, conținând patru lanțuri separate de aminoacizi în loc de unul. În acest caz, se construiește o structură de amilază de patru ori mai mare decât majoritatea celorlalte. Multe culturi alimentare familiare conțin acest tip de amilază, inclusiv orzul, soia și cartofii dulci, dar dimensiunea moleculei de amilază nu sporește sau diminuează proprietățile nutriționale ale plantei.